Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
234,994 |
G→T |
26.1% |
S77* (TCA→TAA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 234,994 | 0 | G | T | 26.1%
| 327.2
/ 27.8
| 189 | S77* (TCA→TAA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/65); new base T (17/41); total (82/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
CAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAC > CP009273/234847‑235140
|
aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGAt > 1:2628066/1‑149 (MQ=255)
aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAt < 2:3027068/149‑1 (MQ=255)
aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAt < 1:945064/149‑1 (MQ=255)
ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAattatt > 2:3563740/1‑149 (MQ=255)
gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTtta > 1:1494623/1‑149 (MQ=255)
gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTtta > 1:810072/1‑149 (MQ=255)
gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt > 2:883196/1‑149 (MQ=255)
aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACTTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatta < 2:453247/149‑1 (MQ=255)
aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatta > 2:1403576/1‑149 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 1:204549/149‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 1:2651147/149‑1 (MQ=255)
ttAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgt < 2:2486238/149‑1 (MQ=255)
ttAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgt > 2:1502523/1‑149 (MQ=255)
gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaag < 2:2794294/149‑1 (MQ=255)
tATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaagt < 2:1510130/149‑1 (MQ=255)
tATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGTTTAATAATTATTTtattatatttatt > 1:3928862/1‑142 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACAt < 2:2193799/149‑1 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGa < 1:2460588/149‑1 (MQ=255)
tgACAACAGCAGCTATAAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTATTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAata < 2:3498248/149‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAata > 2:517004/1‑149 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATAttt < 1:3422716/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTaa > 2:2529484/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3984633/149‑1 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa < 1:2696073/149‑1 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 2:2408602/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:4176536/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc > 2:1973465/1‑149 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAt > 2:2378091/1‑149 (MQ=255)
ttttACTATAGCTTTTATTAAAAATATATGTGTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTTTTATCTTAATT‑AAAATTAATTTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAc < 1:3426334/147‑1 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTAATT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAAGaaaacc > 1:550700/1‑146 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATT‑AAAAATACATGAATATTTAAAAATTAAAAAGACATTAAAACGa > 1:5014466/1‑149 (MQ=255)
actatatCTATTATAAAAAATATAAGTTTTAGCTTTTTTTTTATGTCTGTGGCTAAATTCAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAATT‑AAATTTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGaa < 2:4373717/146‑1 (MQ=255)
aCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAATTTGACTCCCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGaa < 2:2601079/149‑1 (MQ=255)
attgCTTTTATTAAAAATATAATTTTTAGCTTTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATGGTAATT‑AAATTTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGca < 2:1890107/146‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAAAGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAATTAAAACTAAATGAAACCGAATcaaa > 1:1499043/1‑147 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTAAATTAATATTTAAAAATGAAAACGACCTTAAAACGAAGcaca > 1:2345358/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAAATAAAAGAATATTTAAAAACGAAAAAGACAAGAAAACCAATcaca > 1:2609715/1‑149 (MQ=255)
ttttattaAAATTATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACATTATTTTTTTTTTTTAATATTTATTTTTTTATCTTAAGT‑AAATTTAATTGATTATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 1:3720080/147‑1 (MQ=255)
ttgTAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACTTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 2:3534797/147‑1 (MQ=255)
ttaaaaaaTATATGTTTTCGCTGTTTTGTTTTGTGTGTGTCTAATTTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTATCGTAATA‑AAATTTAAATTAATATTTAAAAATTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 1:2234169/146‑1 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc > 1:296517/1‑149 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGACCAGAATCAAc > 2:5131871/1‑149 (MQ=255)
tAAAATTATATTTGTTTGGTGTTTTTTTTTGTGTGTGGCTAATTTGACTACTTTGTTTTTTTTTTTTAAGATTTTTTTTTTTTTGTTATTT‑AAATTTACATTAATTTTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 1:4464268/149‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTATGTCGGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGT‑AAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 1:1292238/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTCGCTTTATTGTTATGTGTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATAAAGAATTATTTTATTATCTTAAGT‑AAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAt < 2:471848/149‑1 (MQ=255)
aaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATTAAAACGAAGCACAGAATCAACAttat > 2:4441323/1‑147 (MQ=255)
aaTATAAGAGTCAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCTAATTGGACTACATTCTTTTTTTTTATAAAGAATTTTTTTATTATCGAAATT‑AAAATAACATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct < 1:1865717/149‑1 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTTTTATCTTAATT‑AAATTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc < 1:3859730/149‑1 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTcc > 1:4181789/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAACAACATTCTcc > 2:4848432/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATcc > 2:4805704/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACAATAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACACAAACAACAATCAcc > 2:4848552/1‑149 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAATAAAAATTAAAT‑AAAATTTAAAAAGGAAAACGAAAATAAAAAGAAGCACAGAAACAACAAtctcaa > 1:1131804/1‑147 (MQ=255)
taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTCTCaaa > 2:4997282/1‑149 (MQ=255)
aagttttAGCTTTTTTTTTTTTTGTGTGGCTAATTTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATCGTATTT‑AAAATTACTTGAATATTTAAAATGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:3310205/144‑1 (MQ=255)
agTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAAGT‑AAATTTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCAt < 1:295423/149‑1 (MQ=255)
gTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa > 2:2851573/1‑149 (MQ=255)
ttAGCTGTATTGTTTTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATT‑AAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa < 2:2449235/149‑1 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATAATaaa > 2:194022/1‑149 (MQ=255)
aGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAAATAAATGAATATTTAAAAAAGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATCaaaaaa > 1:4492871/1‑149 (MQ=255)
cTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATTATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTAAAAGAATATTTAAAAATGAAAAAGACAAGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATAAACAAACATAAAata > 1:1555486/1‑149 (MQ=255)
gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt > 2:1305770/1‑149 (MQ=255)
gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAAATACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCCAAGCACAGAATCAAAAATCACCAATAATAAAAAAtt > 1:2553016/1‑149 (MQ=255)
tttttttATGTGTGGGGCTAAATTGAATACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTTTTATCGTAATT‑AAAATTAAATTAATTTTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:4693236/144‑1 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 2:162673/149‑1 (MQ=255)
tttGTTTTGTGTGTGGCTAATTTGACAACTTTGTTTTTTTTGTTTATTATTTTTTTTTTTTTGTTATTT‑AAATTTAATTTATTATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTc < 1:1888525/148‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAATATTGTTTTTATTATCGTAATT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTg < 1:5086122/149‑1 (MQ=255)
ttttCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATT‑AAATTTAATTTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 2:104021/146‑1 (MQ=255)
ttgtgtgtgGCTAAATTGACTACTTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTTTTTTATTATCGTATGT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:2171243/148‑1 (MQ=255)
agttCTGTGGCTAAATTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATT‑AAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:1208497/146‑1 (MQ=255)
aggTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 2:103996/147‑1 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATCTTAAGT‑AAATTTACATTAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg < 1:696555/149‑1 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:3350506/1‑149 (MQ=255)
gTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGc < 2:4199034/149‑1 (MQ=255)
tCTGTGGAGAAATTTACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTATGT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCa < 2:3300335/149‑1 (MQ=255)
tgtgGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAATT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:233552/149‑1 (MQ=255)
tgtgGCTAATTTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:2835835/149‑1 (MQ=255)
tgtgGCTAAATTGACTACTTTGTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTAATA‑AAATTTAAATGAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:3069302/149‑1 (MQ=255)
tgtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt > 1:5170536/1‑149 (MQ=255)
tgtgGCGAAATTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTTTTATCTTAATT‑AAAATTAAATTAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:2494092/149‑1 (MQ=255)
tgGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtttt < 2:3526235/149‑1 (MQ=255)
tgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAATAAGAAATAATTTATTATACTAAGT‑AAAAATAAAATAATATATAAAAATGAAAACGAAAATAAACAGAAGCAAACAAACAAAATTCTCCAAAAATAAAATATTTACGAGGAGCAtttt > 2:22784/1‑149 (MQ=255)
gggCTAATTTTACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTATTTTATTATCGTAAGT‑AAATTTACATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtttt < 2:929112/148‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGA‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat < 2:255200/149‑1 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:765895/149‑1 (MQ=255)
ggACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa < 2:4982522/148‑1 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATT‑AAAATTACATGAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 2:1131804/149‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 2:1578921/149‑1 (MQ=255)
tttttttttATTAACAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 2:1494623/148‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt > 1:4656260/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt > 2:2668991/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 2:810072/149‑1 (MQ=255)
ttttttATTAATATTTATTTTATTATCGTAATT‑AAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:1105953/149‑1 (MQ=255)
ttttttATTAATAATTTTTTTATTATATTAATT‑AAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:5057543/149‑1 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCTTAATA‑AAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa < 1:4024023/149‑1 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:3225720/1‑149 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 2:3960567/1‑149 (MQ=255)
ttGATTTTTTTATCTTAAGT‑AAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc < 1:618048/148‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTATTATCGTAATT‑AAAATTAAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc < 1:816444/149‑1 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGAATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:231610/1‑149 (MQ=255)
|
CAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAC > CP009273/234847‑235140
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
