Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
234,994 |
G→T |
20.5% |
S77* (TCA→TAA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 234,994 | 0 | G | T | 20.5%
| 622.8
/ 30.8
| 313 | S77* (TCA→TAA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/120); new base T (40/38); total (155/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
AGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACA > CP009273/234848‑235141
|
ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAt < 2:1619798/148‑1 (MQ=255)
gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 2:2552546/148‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatta < 1:158286/148‑1 (MQ=255)
aaTTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 2:3153635/148‑1 (MQ=255)
ttAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCg > 2:514608/1‑148 (MQ=255)
tAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAgt > 1:3657808/1‑148 (MQ=255)
gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaa < 1:2118877/148‑1 (MQ=255)
ttGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaagta < 2:2910617/148‑1 (MQ=255)
gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaa < 1:1099534/148‑1 (MQ=255)
gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaa < 2:251825/148‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaaa < 1:3311728/148‑1 (MQ=255)
tatCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTa < 2:3513510/148‑1 (MQ=255)
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAc < 1:2813599/148‑1 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACa < 2:2252760/148‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTAGAATTATTTTTTTATATTAATTAAAAtaaaatta > 1:1002281/1‑141 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAat > 1:2534216/1‑148 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat < 2:668956/148‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAat > 1:2684097/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt > 2:60678/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 2:1144792/148‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAATGAATATTTa > 1:3406018/1‑148 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaa > 2:1942561/1‑148 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaa < 1:1923059/148‑1 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATATTAATTAAAATTACATTAATATTTaaaa > 1:1328806/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTaaaa > 1:394100/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTTAATGAATATTTaaaa > 1:490506/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGAATATTTaaaa > 2:3076351/1‑148 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaaa < 1:3750828/148‑1 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaaa > 1:1246072/1‑148 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 2:1580652/148‑1 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGa < 2:3344575/148‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:182225/148‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTATAATTATTTTATTATATTAAGTAAAAATAAAATAATAattaaaaattaaaaaa > 1:1681955/1‑146 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGa < 2:3439294/148‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACTATAGCATTTTGTAAAAATATAAGATTTAGCTTTTTTGTTATGTGTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTATTTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:2329367/148‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAAAATTTAAAAATGAAAAAGaaa > 1:76122/1‑146 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:3047676/148‑1 (MQ=255)
gTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTGAGTAAAATTAAATTAAAAATTAATATTGAAAACGAAAt > 1:2311516/1‑148 (MQ=255)
ttATTACGATATGTATTAGTAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCGTATGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaa < 2:3234446/147‑1 (MQ=255)
atATTACGATATTTTTTTGTAAAAATATAAGTGTTTGCTTTATTTTTTTGTGTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAATTTACATTAATTTTTAAAAAGTAAAACGACATGaa < 2:708468/147‑1 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAc > 2:624109/1‑148 (MQ=255)
taTAGCTATTATTAAATATATAATTGTTAGGTGTATTTTTTTGTTTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAg < 2:2856005/147‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGc > 2:84874/1‑148 (MQ=255)
aTAGATATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATATTGATTTTATTATCGTAATTAAATTTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGc < 1:3178224/148‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTTTTATAGTAAATAAAAATAAAAGAAAAATTAAAAAGGTAAACCAAAATAAAACCAAGcac > 1:2569581/1‑148 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGcac > 2:1048701/1‑148 (MQ=255)
attattAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTTTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:932571/148‑1 (MQ=255)
attattAAAAATATAAGATTTAGGTGTTTTTTTTTTTCTGTGGATAATTTGACTACCTCGTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTTTTATCTTAATTAAAATTAATTGAATATTTAAAACGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 1:2453244/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:931557/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:1533249/148‑1 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAAt > 1:2488174/1‑148 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACACAAGCACAGaaa > 2:2600754/1‑147 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTTAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAAAGACAATAAAAAGAAGCACACAAta > 1:1716685/1‑147 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTTTTAATAATGTTTTTATTATAGTAATTAAAATTAAATGAATAATTAAAAATTAAAAAGAAATGAAAACGAAGCACAGAAta > 1:1436159/1‑147 (MQ=255)
attAAAAATATAATTGTTTGGTTTATTTTTTTGTGTTTGGCTAATTTGAATACCTTGTTTTTTTTTATAAACAATTTTTTTTTTATCTTAATTAAATTTAAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 1:577398/146‑1 (MQ=255)
attAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTTTGTGTGTGGCGAAATTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAAGTAAATTTAAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 2:367435/146‑1 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGaaaaa > 1:889770/1‑145 (MQ=255)
ttaaatttataAGTGTTTGCTTTTTTGTTAGGTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 2:1233504/141‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTTAAAATGAAAACGACATGAAAACCAATCACacaaacaaa > 1:3008556/1‑147 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAAATATTTTTTTATAGTAAGTAAAAATACAAGAATATTTAAAAATGAAAAAAACAAGAAACCCAAGCACACaaaaaaaa > 1:681671/1‑142 (MQ=255)
aaaTATAAGTGTTTGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTTTTTTATTATCGTAATTAAATTTACTTTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt < 2:1766084/148‑1 (MQ=255)
aaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTTAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAtt > 1:840893/1‑148 (MQ=255)
atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACACAATCAACATtct > 1:2827502/1‑148 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATAGTAAATTAAAATACAAGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACaatatac > 1:2622419/1‑142 (MQ=255)
taAGAGTTAGCGGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 2:137235/148‑1 (MQ=255)
attgTTAGTTGTTTTGTTATGTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAAGTATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 2:208696/145‑1 (MQ=255)
agtgTTAGCTGTTTTGTTTTTTGTGTGGCTAAATTTACTACCTTGTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 2:398801/145‑1 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaaa > 2:2759054/1‑148 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt > 2:1458518/1‑148 (MQ=255)
ttttttttGTATGTGGATATATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 2:2735778/141‑1 (MQ=255)
tttGTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACGTTCTTTTTTTTTTTTAAGAATTTTTTTATTATGTTATTTAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:3074146/147‑1 (MQ=255)
aTTTTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 2:2813788/148‑1 (MQ=255)
ttttGTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAATATTGATTTTTTTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:806967/145‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:3590035/148‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:265595/148‑1 (MQ=255)
ttgtgtgtgGCTAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAATATTTATTTTATTATCTTAATAAAATTTACATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:2733051/147‑1 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACATAATCAACATTATCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa > 2:485224/1‑148 (MQ=255)
cTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAATACATGAATATTTTAAAATGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTACAATCATAAAATATTTGCGTGGTGCa > 1:618009/1‑148 (MQ=255)
tgtgGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAt < 2:1288913/148‑1 (MQ=255)
gtgGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTCATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:1285897/148‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAAATATTTTATTTTAGTTAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAAGAAAACGACAAGAAAACGAAGCACAAAAAAAACATTCTACAAAAAAAAAAAAATTAAGGGGAGCAtt > 1:3519365/1‑148 (MQ=255)
gACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCAAAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa > 1:2202030/1‑148 (MQ=255)
aCTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGAACAGAATCAACATTCTACAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:1489119/1‑148 (MQ=255)
aCTACATTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGAAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat < 2:3061471/148‑1 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTAAAGTAAATAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAAACAAGCAAAAAAAAAACAATAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAGTGGAGCAATTTATTATTGAAtata > 2:1405047/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTAATTTAATATCGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACATAAAAAACATTATCCAAACATAAAATATTTAAGTGGAGCATTTTATTATTTAAaata > 2:2529288/1‑148 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 2:1876205/1‑148 (MQ=255)
cGTTTTTTTTATTAAGATTGATTTTTTTATCGTAAGAAAAATTACATCAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:1678440/148‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:3274716/148‑1 (MQ=255)
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aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:2007588/1‑148 (MQ=255)
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gATTTTATTATCGTAAGAAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 2:1985685/148‑1 (MQ=255)
|
AGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACA > CP009273/234848‑235141
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
