Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F534 I1 R1
|
1235 |
230.2 |
7611948 |
95.1% |
7238962 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,263,137 |
C→A |
intergenic (+91/‑321) |
lpxT → / → mepS |
lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,263,137 | 0 | C | A | 100.0%
| 736.6
/ NA
| 220 | intergenic (+91/‑321) | lpxT/mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (128/92); total (128/92) |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCT > CP009273/2262990‑2263282
|
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cTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTctct < 2:3700829/150‑1 (MQ=255)
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aGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCAt > 2:695524/1‑150 (MQ=255)
ggAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATg > 1:206326/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGt < 2:116606/150‑1 (MQ=255)
aacaaacaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTc > 2:3185839/1‑150 (MQ=255)
acaaacaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCa > 1:2551980/1‑150 (MQ=255)
acaaacaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCa > 1:1891349/1‑150 (MQ=255)
acaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCa > 2:3142566/1‑150 (MQ=255)
acaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCa > 2:3143111/1‑150 (MQ=255)
caTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCaa > 2:393738/1‑150 (MQ=255)
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aaCAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACttt > 1:482548/1‑150 (MQ=255)
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aCTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGAcc > 2:1218991/1‑150 (MQ=255)
cacaGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAAc < 1:3199149/150‑1 (MQ=255)
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aaTTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCt > 1:3051929/1‑150 (MQ=255)
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aaCATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCttatt < 2:3298215/150‑1 (MQ=255)
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ttATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATc > 2:2474985/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCAc > 1:1550003/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCAc > 1:622855/1‑150 (MQ=255)
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tttttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACt < 2:61380/150‑1 (MQ=255)
ttttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACtt > 2:1316038/1‑150 (MQ=255)
ttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACtttt > 1:3771488/1‑150 (MQ=255)
taGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCt < 2:1467650/150‑1 (MQ=255)
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aTAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaaa > 2:2950367/1‑150 (MQ=255)
aTAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaaa > 1:3508002/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAAt > 1:123502/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAAt < 2:1261519/150‑1 (MQ=255)
tCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCa < 1:765034/150‑1 (MQ=255)
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tgatgaTGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGt > 1:1930311/1‑150 (MQ=255)
atgatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACTCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTATTTCTTATAAAAAATCATGTaa < 2:1067693/150‑1 (MQ=255)
atgatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTaa < 2:851824/150‑1 (MQ=255)
gatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTaaaa > 1:1002730/1‑150 (MQ=255)
atgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAAc < 2:2551980/150‑1 (MQ=255)
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TTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTT < SRR19973061.625918/150‑1 (MQ=60)
TTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTT > SRR19973061.481468/1‑150 (MQ=60)
TTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTT > SRR19973061.3781118/1‑150 (MQ=60)
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ATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCG > CP009273/2262990‑2263284
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
