Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP009273 |
2,263,137 |
C→A |
100% |
intergenic (+91/‑321) |
lpxT → / → mepS |
lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP009273 | 2,263,137 | 0 | C | A | 98.2%
| 693.0
/ 2.9
| 216 | intergenic (+91/‑321) | lpxT/mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/4); new base A (116/96); total (116/100) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-02 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTC > CP009273/2262991‑2263283
|
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cACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtc > 1:853373/1‑150 (MQ=255)
aCCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtct > 2:4655430/1‑150 (MQ=255)
ttttGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAg < 1:1997093/150‑1 (MQ=255)
ttttGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAg < 2:450702/150‑1 (MQ=255)
cAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAaatg < 1:5029037/150‑1 (MQ=255)
tCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAaatgaatg < 1:2582781/150‑1 (MQ=255)
aCTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGa > 1:2254199/1‑150 (MQ=255)
cTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGAt > 1:1268769/1‑150 (MQ=255)
tACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGagt > 2:4851570/1‑148 (MQ=255)
aCCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTg > 1:3694761/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaCAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCg > 2:5133025/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGt > 2:659247/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGt > 2:659358/1‑150 (MQ=255)
aaaaCAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGtt > 1:2776058/1‑150 (MQ=255)
aaaaCAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGtt < 1:4672067/150‑1 (MQ=255)
aaacaaacATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGttt < 1:1159846/150‑1 (MQ=255)
acaaacaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCa > 2:1585370/1‑150 (MQ=255)
caaacaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCAc < 2:3205029/150‑1 (MQ=255)
aaacaTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACt < 1:147250/150‑1 (MQ=255)
caTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCaa < 2:4714817/150‑1 (MQ=255)
aTTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAAt < 1:5005940/150‑1 (MQ=255)
ttCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTg < 1:3693669/150‑1 (MQ=255)
ttCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTg < 1:3212224/150‑1 (MQ=255)
tCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGt > 1:4841824/1‑150 (MQ=255)
tCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGt > 1:2044971/1‑150 (MQ=255)
ccAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTa < 1:3017073/150‑1 (MQ=255)
ccAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTa > 1:4074864/1‑150 (MQ=255)
cAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTaa > 2:1510069/1‑149 (MQ=255)
cAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTAc > 1:3566889/1‑150 (MQ=255)
cAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTAc > 2:1893257/1‑150 (MQ=255)
aaCAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACttt > 2:839553/1‑150 (MQ=255)
aCAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTa < 2:1282937/150‑1 (MQ=255)
cAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTaa > 1:1804987/1‑150 (MQ=255)
aTAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTCAATGAATGGATTGCATGAGTTTCACTCAATTGTACTTTAAttt > 2:2642031/1‑149 (MQ=255)
aTAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTg > 2:3877117/1‑150 (MQ=255)
tCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCaa < 2:4941885/150‑1 (MQ=255)
tAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGc > 1:4538301/1‑150 (MQ=255)
tAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCttat < 1:1951878/150‑1 (MQ=255)
aaCATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCttatt < 1:563439/150‑1 (MQ=255)
aaCATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCttatt > 1:3090239/1‑150 (MQ=255)
aaCATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATACTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCttatt > 2:2548936/1‑150 (MQ=255)
catcaGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACtt > 2:4992206/1‑150 (MQ=255)
catcaGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACtt > 2:226662/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCAGTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTg < 1:3023037/150‑1 (MQ=255)
aGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTg < 1:2972527/150‑1 (MQ=255)
aGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTg > 1:5128642/1‑150 (MQ=255)
gTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTAt < 1:1705026/150‑1 (MQ=255)
gTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTAt > 2:2059028/1‑150 (MQ=255)
ttATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATc < 2:1015174/150‑1 (MQ=255)
ttATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATc < 1:3285567/150‑1 (MQ=255)
tATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCa > 1:2038605/1‑150 (MQ=255)
tATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCa < 2:2869216/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCAc > 1:4266028/1‑150 (MQ=255)
tttttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACt > 2:3496501/1‑150 (MQ=255)
ttttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACtt < 1:1019744/150‑1 (MQ=255)
tttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACttt < 1:1220247/150‑1 (MQ=255)
ttATAGTGAGGATAATCCTGATGGTGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACtttt < 2:4018103/150‑1 (MQ=255)
ttATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACtttt > 2:2192295/1‑150 (MQ=255)
tataGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACttttt > 2:2764300/1‑150 (MQ=255)
tataGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACttttt > 1:2826474/1‑150 (MQ=255)
taGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCt > 1:849170/1‑150 (MQ=255)
aGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCtt > 1:2957208/1‑150 (MQ=255)
tGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTtat < 1:2548225/150‑1 (MQ=255)
gAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTtata < 1:2348569/150‑1 (MQ=255)
gAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGAAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTtata < 2:4634007/150‑1 (MQ=255)
aGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaa > 1:3888460/1‑150 (MQ=255)
ggATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaa > 1:3572455/1‑150 (MQ=255)
gATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaa > 1:1133771/1‑150 (MQ=255)
gATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaa > 1:4582568/1‑150 (MQ=255)
aTAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTCTaaaac > 2:3371821/1‑149 (MQ=255)
aTAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaaa > 2:1466943/1‑150 (MQ=255)
aTAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaaa > 2:4019335/1‑150 (MQ=255)
tAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATaaaaaa > 2:715407/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAAt < 1:673676/150‑1 (MQ=255)
ccTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCAt > 1:3834597/1‑150 (MQ=255)
cTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATg > 1:4003565/1‑150 (MQ=255)
gatgatGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTa > 2:2191597/1‑150 (MQ=255)
atgatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTaa < 1:4413343/150‑1 (MQ=255)
atgatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTaa > 1:4908764/1‑150 (MQ=255)
tgatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTaaa > 2:3530327/1‑150 (MQ=255)
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AGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTG < SRR19973063.2982029/150‑1 (MQ=60)
GTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTAT < SRR19973063.1710223/150‑1 (MQ=60)
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TTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATC < SRR19973063.3296103/150‑1 (MQ=60)
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TATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTATGTATCA > SRR19973063.2045121/1‑150 (MQ=60)
ATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCAC > SRR19973063.4279595/1‑150 (MQ=60)
ATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACAAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATAAC > SRR19973063.5098413/1‑150 (MQ=60)
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AATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGA > CP009273/2262989‑2263285
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |