Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,036 |
G→T |
10.9% |
S63Y (TCC→TAC) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,036 | 0 | G | T | 10.9%
| 484.1
/ 3.8
| 205 | S63Y (TCC→TAC) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/57); new base T (5/30); total (116/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAA > CP009273/234888‑235184
|
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGa > 2:1663600/1‑149 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGaaa‑a < 1:1485633/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑Ac < 1:2449379/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑Ac < 1:2449309/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑Ac < 2:192806/149‑1 (MQ=255)
tAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAATGaaa‑aag > 1:2630183/1‑147 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAAATATTTTATTATATTAATTAAAAATAAAAT‑AATAATTAAAAAGTaaa‑aaaa > 1:2812153/1‑146 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTTATAAATATTTTATTTTAGTAAGTAAAAATAAAAG‑TAAATTTAAAAAGGAAA‑AAGa > 1:2812517/1‑149 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGAc > 1:1258230/1‑149 (MQ=255)
aaGGTGATATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGAc < 2:1403585/149‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACAt > 2:2823422/1‑149 (MQ=255)
tATTACGATAGATATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAAc < 2:4098790/149‑1 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGTCTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATG‑AATATTTTAAAAGGAAA‑AAGACATGAAACCg > 1:2537368/1‑149 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGATA‑ACGACATGAAACCGa < 2:2277973/149‑1 (MQ=255)
aCGATTGTTTTTTGTAAAAATATATGTGTTTGGTGTTTTGTTTTGTGTGTGGGGAATTTGACTACCTGCGTTTTTTTTTTTAATATTGTTTTTATTATGTTAATTAAATTTACATG‑AATATTTAAAATGTAAA‑ACGACATGAAACCGaa < 2:918370/149‑1 (MQ=255)
aCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGaa > 2:648912/1‑149 (MQ=255)
tAGTTATTATTAAAAATATAAGTTTTAGATGTTTTGTTATGTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTTTTAATATTTATTTTTTTATCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGcac < 2:593949/149‑1 (MQ=255)
gCTACTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAg > 2:4330064/1‑149 (MQ=255)
tattatTAAAAATATAAGTGTTAGTTTTATTGTTATTTCTGTGGCGAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:4123215/149‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:4715258/1‑149 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATc > 2:155903/1‑149 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGGCAA‑ACGTCATGAAAACCAAGCACAGAATaaa > 2:4610820/1‑149 (MQ=255)
tAAAAATATAATAGTTAGCTTTTTTGTTATGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:2375967/149‑1 (MQ=255)
aaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCCAAGCACACAATCAAAAtta > 1:2669703/1‑148 (MQ=255)
atatatGAGTTAGCTTTTTTGTTTTTTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGTTTTTATTATCTTATGTAAAATTA‑ATGTAATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtctc < 1:3096657/149‑1 (MQ=255)
tttatgtgTTTGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAATGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc < 2:3755529/142‑1 (MQ=255)
aagttttATCTGTATTTTTATGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTGTTTTTTTTGATTATGATTTATTTTATTATCTTAAGTAAATTTAATTT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 2:1231640/144‑1 (MQ=255)
agagTTAGCTTTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTGGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTTTCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc < 2:2748509/149‑1 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 1:317323/1‑149 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAAACGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:2567404/1‑149 (MQ=255)
gtgTTAGCTTTTTTGTTATGTCTGGGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTTTTATCTTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa < 2:3605987/147‑1 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa > 2:780334/1‑149 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAAtaa > 2:255854/1‑147 (MQ=255)
ttAGCTTTATTTTTTTTTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAATATTGATTTTTTTATTTTAATTAAATTTAAATT‑ATTATTTAAAATGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa < 1:1000264/149‑1 (MQ=255)
aGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAAATATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAAAT‑AATATTTAAAAATGAAA‑AAGAAAATAAAACGAAGCACAGAAAAAACAATATACAATAaaaaaa > 1:106476/1‑149 (MQ=255)
aGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACAAG‑AAAAATTAAAAAGGAAA‑AAGACAATAAACCGAACCACACAAACAAAAATCACCAATCaaaaaa > 1:3791812/1‑149 (MQ=255)
cTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATCAAAAAata > 2:1121333/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAaaat > 2:4490294/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑AAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCACCAATCATAAAatat > 2:2072952/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑AAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCAAAAAatat > 2:4489852/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATACATG‑AATAATTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCACCAATCATAAAatat > 2:1721174/1‑149 (MQ=255)
ttttttttATGTGTGTGGCTAATTTTACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATAATTTTTTTTTTATCTTAATTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAATGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 1:972630/143‑1 (MQ=255)
ttGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCATAAAATATTTcc > 2:3808379/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAAAT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑AAGACAAGAAAACCAAGCACAGAAAAAACAATATCCAATAAAAAAAAATTTCCGt > 1:3813223/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt > 2:580910/1‑149 (MQ=255)
ttATGTGTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTATTATCGTAATTAAAATTAATTT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTg < 1:3902253/149‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAAG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAAACAACAATCTCCAATCAAAAAATATTTCCCTg > 2:3373077/1‑149 (MQ=255)
tttgtgtgGGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGATTTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAATGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:290516/147‑1 (MQ=255)
tATGTCTGTGGAGAATTTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTTTTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:2600867/149‑1 (MQ=255)
aTGTCCGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAATGAAA‑AAGACATGAAAACCAAGCACAGAATCAAAAATCTACAAACATAAAAAATTTAAGTggt > 1:564788/1‑148 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGGAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAATGAAA‑ACGACATGAAACCCAATCACAGAATAAACAATCACCAATAAAAAAAAAATTCCGTTGAg > 1:794337/1‑149 (MQ=255)
tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTAATATCGTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAATGAAA‑AAGACATTAAAACGAAGAACCAAATCAACAATCACCAATAAAAAAATATTTACGTGGAGCa > 1:2311540/1‑149 (MQ=255)
tgtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt > 2:3020174/1‑149 (MQ=255)
tgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAGTAAGAATGATTTTATTAAAGTAAGTAAAATTACAAG‑AAAATTTAAAAAGGCAA‑AAGACAGGAAACCGAACCACAGAATCAACAATCTCCAAACATAAAATATTTCCGTGGAGCAattt > 2:3287013/1‑149 (MQ=255)
gctaaaTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:625802/146‑1 (MQ=255)
gAAATTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatta < 1:3300818/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAAAG‑AAAAATTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCCAAGCACAGAATCAAAATTCAACAAACATAAAAAATATACGAGGATCAATTtattat > 1:3949862/1‑149 (MQ=255)
atttGAATACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:115406/147‑1 (MQ=255)
aaTTTACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:478144/149‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTACAATAATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTATTTTTg > 2:4495489/1‑149 (MQ=255)
tGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa < 2:3545560/149‑1 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAAAAATTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATag > 2:259460/1‑149 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 2:4303218/149‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTTATAAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 2:160256/149‑1 (MQ=255)
ctttttttttATTAATAATTATTTTATTATCTAAACAAAAATTAATTG‑AATATTTAAAAAGCAAC‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt < 1:1665893/147‑1 (MQ=255)
ttttttATTAATATTTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 2:46/149‑1 (MQ=255)
ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt < 2:273443/149‑1 (MQ=255)
ataaaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTCCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 2:3132970/146‑1 (MQ=255)
aTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAATTTACTTG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAGTCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 2:481203/149‑1 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa < 2:794337/149‑1 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:939863/1‑149 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaa > 1:989287/1‑149 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:2064509/1‑149 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 1:3520890/1‑149 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag > 1:4761331/1‑149 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag > 2:858483/1‑149 (MQ=255)
ttatCGTAATTAAATTTAAATG‑AATATTAAAAATGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa < 1:3609641/149‑1 (MQ=255)
tatCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt > 2:3930953/1‑149 (MQ=255)
atCTTAATTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt < 1:2366792/149‑1 (MQ=255)
tCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTg > 2:2662460/1‑149 (MQ=255)
cttaattaaATTTACATT‑AATATTTAAAATTTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGa < 1:4525767/147‑1 (MQ=255)
gtatttaaAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 1:1834885/144‑1 (MQ=255)
gtaagtaaAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:2466322/149‑1 (MQ=255)
taagtaaAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAAt < 2:3791812/149‑1 (MQ=255)
ataaAATTTAATT‑AAATTTTAAAAAAGAAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc < 1:4004797/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTAAATT‑AATATTTAAAAAGTAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAgg < 1:1686015/149‑1 (MQ=255)
aaTTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGa > 2:1153271/1‑149 (MQ=255)
aTTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:3435714/1‑149 (MQ=255)
cATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaat > 2:2696015/1‑149 (MQ=255)
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ggAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTACAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATaaaaa > 1:4196691/1‑149 (MQ=255)
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AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAA‑ACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAA > CP009273/234888‑235184
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
