Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
127 |
310.1 |
10402230 |
94.2% |
9798900 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,036 |
G→T |
17.6% |
S63Y (TCC→TAC) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,036 | 0 | G | T | 17.6%
| 519.6
/ 19.4
| 241 | S63Y (TCC→TAC) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/52); new base T (2/54); total (132/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-21 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAA > CP009273/234888‑235183
|
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg > 2:628928/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3183070/149‑1 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑aaa > 2:2101592/1‑149 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGG‑AAAAc > 1:2971837/1‑149 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTATATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAc < 2:3020079/149‑1 (MQ=255)
aatggTGATATTAAGATAGATTTTATTAAAAATATAATTGTTAGGTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACTTTCGTTTTTTTTTTTATTAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑a < 1:1746049/146‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑Ac < 2:856417/149‑1 (MQ=255)
tggTGCTATTCCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTTGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACa < 2:4892775/148‑1 (MQ=255)
aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑TAAACG‑ACa > 2:4194695/1‑149 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGaa > 2:313233/1‑149 (MQ=255)
cTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACAAGaaa > 1:2424075/1‑149 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATAGTTATTTAAATTAAAAGAATATTTAAAAATG‑AAAAAG‑ACATGaaaac > 1:1386374/1‑147 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGTTTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCg < 2:1152772/149‑1 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAATG‑AAAACG‑AAATGAAACCg > 1:5039526/1‑149 (MQ=255)
tACGATTGATATTATTAAAAATATAATATTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGa < 2:5074894/149‑1 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTTAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAAACGa > 1:4601850/1‑149 (MQ=255)
ttAGATATTTTTAAAAATATAATATTTTGTTTTATTTTTTTTTCTGTGGCGAATTTGACTACTTTCGTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTTTTATCTTAATTAAATTTACTTTATTATTTAAAAAGT‑AACACG‑ACATGAAACCGAAGca < 2:600627/148‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTAGAATTATTTTATTTTAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTTAAAATG‑AAAAAG‑ACAATAAACCGAATca > 1:525316/1‑149 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGGTTTAGTAATATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTGATATTTAAAAAGT‑AAAAAG‑ACAAGAAACACAAGca > 1:524697/1‑149 (MQ=255)
catattatAAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGATAAATTCACTACCTTATTTTTTTTTATTAACAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAg < 2:556582/147‑1 (MQ=255)
ttttattaAAAATATATGTTTTTGCTTTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGTTTAAGATTTATTTTATTATCTTATTTAAAATTAATTTAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGaa < 1:349943/147‑1 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACAGAAGCACAGAATc > 2:2574431/1‑149 (MQ=255)
ttAAAAATATATGTGTTTGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc < 2:1545525/148‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:1078284/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTCTACGAGTTAGCTGTCTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTGGATTAAGATTGATTTTATTATGGTAAGTAAATTTACTTGAATATTTAAAACGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAt < 2:4729927/149‑1 (MQ=255)
aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTTTTTAGAATTATTTTTTTTTAGTAAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAGAACAT‑AAACCGAAGCACAGAAAAAACaat > 1:2202530/1‑147 (MQ=255)
aaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct > 2:2573321/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc > 2:1244014/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTCTcc > 2:3860328/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATAATTAAAAAGGAAAAACA‑ACA‑GAAAAACAATCACAGAATAAACATTCTcc > 2:1339178/1‑149 (MQ=255)
aaGTGTTTGCTTTATTTTTTTGTCTTTGGCTAAATTGACTACATTGGTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAAGAAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:771711/149‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGAATTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAAAATTTAAAAAGT‑AAAACG‑AAATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTAACCAAt > 2:720854/1‑149 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAG‑AAAAGAAACCGAAGCACACAATCAACATTCTCCAATCa > 2:3648294/1‑149 (MQ=255)
agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGTATGATTTTATTATAGTAATTTAAATTAAATGAATTTTTTAAATTG‑TAAAAG‑ACATGAAACAGAAGCACAGGATCAAAATTGTGCAATCAt > 2:4770593/1‑149 (MQ=255)
ttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATG‑AAAAAG‑ACATGAAACAGAAGCACAGAATCAAAATTATACAAtaataa > 2:4842004/1‑149 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACATTCGTTTTTTTGATTATGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaa < 2:292596/149‑1 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAAAATTATCCAATCAAAAAat > 1:2590051/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAatat > 2:2474427/1‑149 (MQ=255)
tttttGTTTTGTGTGTGGCTAATTTTACTACATTCGTTTTTTTTATTAATTTTGATTTTATTATCTTATTTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:3167942/146‑1 (MQ=255)
ttATTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:4641740/148‑1 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAAAATTTACGt > 2:3507067/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTATCCAATCATAAAATATTTACGt > 2:4023733/1‑149 (MQ=255)
ttgtgtgtgGCTAATTTGACTCCATTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAATTTAATTTAATATTTAAAATGG‑AACACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:3189477/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTGTGGCGAAATTTACTACATTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 2:1661275/149‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAG‑ACAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACAATATACAAACATAAAATATTTCAGTGGAGc > 1:3299183/1‑149 (MQ=255)
gctaaaTTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:4211307/146‑1 (MQ=255)
ctaaaTTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTATTTAAAATTACATTAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 1:714221/147‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat < 2:1859205/149‑1 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTAATATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTACAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTattatt > 2:2857254/1‑149 (MQ=255)
gACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAAAGAAAAATTAAAAAAG‑AAAAAC‑ACAAGAAACCCAAGCACACAATAAACAATATACACTAATAAAAAATTTACCGGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:3091849/1‑149 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAAAATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATATCCAATAATAAAATAATTACCTGGAGCATTTTATTATTTAAtatat > 2:1933100/1‑148 (MQ=255)
cttatttttttttATTAATATTTATTTTATTATATTAATAAAATTTAAATCAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 1:2397154/144‑1 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTAAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 1:4298762/149‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTTTTGATTAATATTGTTTTTATTATCTTAATAAAAATTACATTAATTTTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:2877831/149‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATATAgg > 1:1518398/1‑149 (MQ=255)
tctttttttttATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:940098/146‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt < 2:1981625/149‑1 (MQ=255)
ttttTATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt < 2:4095195/149‑1 (MQ=255)
ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt > 1:4644926/1‑149 (MQ=255)
taTTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCgg < 2:5187123/148‑1 (MQ=255)
aTTAAGATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 2:4495384/149‑1 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 2:766797/1‑149 (MQ=255)
tAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaa > 2:3448830/1‑149 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa > 2:3696879/1‑149 (MQ=255)
aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 2:44176/1‑149 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 2:1815098/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:902311/1‑149 (MQ=255)
attaTTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc < 2:3101930/146‑1 (MQ=255)
tGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 2:1452088/1‑149 (MQ=255)
aTTTTATTATCGTAAGTAAATTTACTTTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaaa < 2:808170/149‑1 (MQ=255)
ttttATTATCTTAATTAAAATTACTTGGATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAtag < 2:196044/149‑1 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:3113203/1‑149 (MQ=255)
ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 2:729029/1‑149 (MQ=255)
atCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt > 1:4720196/1‑149 (MQ=255)
tcttaattaaAATTAAATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTg < 2:4344125/146‑1 (MQ=255)
ttacgaaaaaTTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:3317161/143‑1 (MQ=255)
ttaattaaAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:3069982/148‑1 (MQ=255)
gtaattaaAATTACATTAATTTTTAAAAATG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:691052/149‑1 (MQ=255)
attaaAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc < 1:2012741/147‑1 (MQ=255)
agtaaAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc > 1:3352204/1‑149 (MQ=255)
aaattaaattAATTTTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg < 1:4018516/149‑1 (MQ=255)
aaaTTACATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg < 2:3239980/149‑1 (MQ=255)
aaaTTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg > 1:2754767/1‑149 (MQ=255)
aaaTTAATTTAATTTTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg < 1:1071267/149‑1 (MQ=255)
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AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAA > CP009273/234888‑235183
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
