Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F17 I0 R1
|
93 |
279.2 |
9183790 |
95.6% |
8779703 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,036 |
G→T |
20.7% |
S63Y (TCC→TAC) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,036 | 0 | G | T | 20.7%
| 493.2
/ 20.3
| 249 | S63Y (TCC→TAC) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (131/42); new base T (3/61); total (134/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.69e-25 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAA > CP009273/234888‑235184
|
aGCTATTACAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAgg < 2:3192561/149‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGa > 2:1074097/1‑149 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAAT‑ACAATAATATTTAAAAATGaa > 1:500920/1‑149 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGaa < 2:3021814/149‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTATAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATT‑AAATTAATAATTAAAAATGaaaa > 1:3494787/1‑149 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTAATTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAATTaaaa > 1:3210860/1‑149 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGaaaa < 1:2975740/149‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAAAGATTTTATTATAGTAAGTAAAAAA‑ACAAAAAAATTTAAAAAGGaaaa > 1:81073/1‑149 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGa > 1:2511542/1‑149 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGa < 2:3728663/149‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAATGAAAACGAc > 2:1264033/1‑149 (MQ=255)
tggTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 1:1875422/148‑1 (MQ=255)
aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACa > 2:616409/1‑149 (MQ=255)
aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAATGAAAACGaaa > 2:2069225/1‑147 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaa > 2:1171871/1‑149 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAcc > 2:2727910/1‑149 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCg > 2:1393663/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTTGAAAAAATATATGTGTTCGGTTTTTTGTTTTGTCGGTGGCTAAATTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATGTTATGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcaca < 1:2619156/149‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑ACATGAATAATTAAAAATGAAAACTACATGAAACCGAAAcaca > 2:3456504/1‑149 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATAGTAAATAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAATGAAAACCACAAGAAACCGAAGcacat > 2:3108771/1‑148 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAAAGATTTTTTTATAGTAATTAAAATT‑AAAATAATATTTAAAAATGAAAAAGAAAAGAAACCCAAAcacac > 1:2371749/1‑148 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcacac > 2:3699182/1‑148 (MQ=255)
tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTGTTTTTATTATCTTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:1837576/149‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAAATATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑AAAAGAATAATTAAAAATGAAAAAGACAAGAAAACCAAGCACAGAAt > 1:3960662/1‑149 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 2:1781656/149‑1 (MQ=255)
tAAAATTATTAGAGTTTGGTTTTTTTTTTTGTGTGTGGTTATTTTGACTACTTTGTTTTTTTTTTTTAATATTTTTTTTTTTTTCTTATGTAAATTT‑AATTTTTTATTTAAATTGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 1:4358490/149‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTTTGTGTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTATTTTTTTATCGTATGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:2822899/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTTTTTGAGTTCGCTTTTTTTTTTTGTCGGTGGCTAATTTGACTACCTTGGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAATTAAATTT‑ACTTGAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAt < 1:4045594/149‑1 (MQ=255)
aaaaTATAATTGTTTGTTTTTTTTTTATTTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTGTTTTTTTTTATTATGATTTATTTTTTTATCTTATGTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt < 1:977461/149‑1 (MQ=255)
atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAATATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAACACAAGAAACCCAAGCACAGAATCAACaaaaac > 1:1723812/1‑144 (MQ=255)
tataAGATTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc < 2:134780/149‑1 (MQ=255)
tatttAGTTGTATTTTTATGGTTGTGGCTAATTTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTTTCTTAATTAAATTT‑AATTTAATTTTTAAAACGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa < 1:3133612/146‑1 (MQ=255)
gagTTAGCTTTTTTTTTTTGTCTGTGCCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATAAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa < 1:1500593/149‑1 (MQ=255)
ttAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCGAAATGGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTATGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa < 2:1645824/149‑1 (MQ=255)
tAGGTGTTTTGTTTTGTGTGTGGATAAATTTACTACATTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTATTTAAATTT‑ACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaa < 2:2018479/149‑1 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAATAAAAAT‑ACAATAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATTAAAAAGAAGCACACAAACAACAATCACCAaaaataaaat > 1:1341428/1‑149 (MQ=255)
tGTTTTTTTATTTCTGTGGCTAATTTGACTACATTTTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTATTATCTTAATTAAATTT‑AAATTAATTTTAAAAAATTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 1:3516387/149‑1 (MQ=255)
gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACCAAGCACAGAAAAAACAATATCCAATAAAAAAATAtt > 1:1014303/1‑149 (MQ=255)
gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAATGAAAAAGAAATGAAAACGAAGCACAGAATAAAAATTCTACAATAATAAAAAAtt > 1:3714054/1‑149 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:330015/1‑149 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATTAAACCCAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAAAATaaaaaaatt > 2:94137/1‑144 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAATGAAAACGACAAGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCAAAAAATAatta > 1:354288/1‑148 (MQ=255)
tttttttgtgtgtgGCTAATTTTACTACATTGTTTTTTTTTTTTAATAATTTTTTTTTTATCTTATTAAAATTT‑AATTTATTATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTcc < 1:1004750/143‑1 (MQ=255)
ttGTTTGTGGCTATTTTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTATTTTTTTTTTTTTTTTCTTATTAAAATTT‑AATTTAATATTAAAAAATGAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:3109515/148‑1 (MQ=255)
aTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATCTCCAATCATAAAATATTTACGTgta > 2:3610119/1‑147 (MQ=255)
gtgGCTAAATTGAATACATTTTTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATCTTAA‑TAAAATTAACATTAATATTAAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:913664/149‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTTTAGTAAGTAAAATT‑AAAGGAATATTTAAAAAAGAAAACGACAAGAAACCCAAGCACACAATAAACAATATCCAATCAAAAAATATTTAAGTGGGGCCttt > 1:1603593/1‑149 (MQ=255)
gctaatttGACTACTTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTTTTATCGTATTTAAAATT‑AAATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:684678/143‑1 (MQ=255)
gcaaaaTTGACTACCTTAGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTTTTATGGTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:1539762/146‑1 (MQ=255)
aCTCCCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTATGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAata < 2:2354320/149‑1 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 1:760699/1‑149 (MQ=255)
tggTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:1984254/147‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATAATCTTAATTAAATTT‑ACATTAATATTAAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 1:3553781/149‑1 (MQ=255)
tttttttttttTAAAATTTATTTTATAAGCGTAATTAAAATA‑AATTTAAAATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:1202164/148‑1 (MQ=255)
tttttttttATTAATATTTTTTTTATTATCTTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:3328136/148‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTGTTTAATAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:752897/149‑1 (MQ=255)
ttttttTATAAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTaa < 2:3960662/149‑1 (MQ=255)
ttttttATTAATAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:4525743/149‑1 (MQ=255)
tttttGATTAATATTTTTTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:3706106/149‑1 (MQ=255)
tttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc > 2:4454351/1‑149 (MQ=255)
gATTAAGATTTATTTTTTTATCGTATTTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCgg < 1:1779902/149‑1 (MQ=255)
aTTAATATTTATTTTATTATCGAAAGTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 1:1835900/149‑1 (MQ=255)
aTTAATAATGATTTTATTATATTAATTAAATTT‑AATTTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 1:616409/149‑1 (MQ=255)
aTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt > 2:1767112/1‑149 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:3310914/1‑149 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 2:2453186/1‑149 (MQ=255)
aaTTATTTTATTATCTTAATTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa < 1:2581863/149‑1 (MQ=255)
aaTTATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa < 1:2179144/149‑1 (MQ=255)
ttttttATCTTAATAAAAATT‑AAATTAATAATAAAAAATCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga < 1:2677215/149‑1 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:536191/1‑149 (MQ=255)
ttatCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa > 2:2366676/1‑149 (MQ=255)
tatCTTAATTAAAATT‑AATTGAATATTTAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt < 1:197705/149‑1 (MQ=255)
tCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTg > 1:4163188/1‑149 (MQ=255)
gtaattaaAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:1436721/149‑1 (MQ=255)
gtaagtaaAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAGTGaa > 1:2871385/1‑149 (MQ=255)
gaaattaaAATT‑ACATCAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 1:2606823/144‑1 (MQ=255)
agtaaAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc > 1:4136937/1‑149 (MQ=255)
aaaaaTT‑AAATGAATATATAAAAAGGAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAg < 1:1608050/148‑1 (MQ=255)
aaTT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGa > 1:2562742/1‑149 (MQ=255)
aTT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:4118344/1‑149 (MQ=255)
taaattaaTATTAAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaaaa < 1:3218086/143‑1 (MQ=255)
aCATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaaaaa < 1:4512828/149‑1 (MQ=255)
aCATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaaaaa > 1:3414414/1‑149 (MQ=255)
tGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACATAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCTTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTATCTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaataa > 1:3803048/1‑149 (MQ=255)
tGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATTAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaataa < 2:3362693/149‑1 (MQ=255)
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AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAA > CP009273/234888‑235184
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
