Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,540,399 |
A→G |
29.8% |
intergenic (‑114/+146) |
yddL ← / ← yddG |
putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,540,399 | 0 | A | G | 29.8%
| 372.8
/ 240.0
| 255 | intergenic (‑114/+146) | yddL/yddG | putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/85); new base G (40/36); total (134/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CCAGTTACAACCACCGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTT > CP009273/1540251‑1540546
|
ccAGTTACAACCACCGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATgaga < 1:620419/149‑1 (MQ=255)
cAGTTACAACCACCGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGaa < 1:435511/149‑1 (MQ=255)
cAGTTACAACCACCGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGaa < 1:3069875/149‑1 (MQ=255)
ttACAACCACCGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGaaaaa < 1:1336070/149‑1 (MQ=255)
accaccGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGAt < 2:642109/149‑1 (MQ=255)
acGCAAATATTTTTAATTTCATTTAACAGAATACTTTTAATTATCTTTAAACTTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCTTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTATAATTGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGaaa < 1:916020/148‑1 (MQ=255)
cAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAaataa > 1:2916845/1‑149 (MQ=255)
cAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAaataa > 2:518818/1‑149 (MQ=255)
attATTTTTAATTACATTTAA‑ATCATCCCTTTTATTTTACTTTAAAGTTTTTTCTTAACGAATTTTTAAAGGGCTCAATTTATAATTTAATAAGTTTTTTTAAAATTGAAGGTTAATTAAAAACATGCCAAAAAATAGATGAAataata < 2:2299974/147‑1 (MQ=255)
aCTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAataata < 1:1622539/149‑1 (MQ=255)
cTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAatat < 1:369541/149‑1 (MQ=255)
cTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGATAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAatat < 2:3740273/149‑1 (MQ=255)
tttttAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAAtattat > 2:2247927/1‑149 (MQ=255)
ttttAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATattatt > 1:3440599/1‑149 (MQ=255)
tttAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATAttattt < 1:549470/149‑1 (MQ=255)
tttAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATAttattt > 2:2407840/1‑149 (MQ=255)
ttAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATAttattta < 1:2441739/149‑1 (MQ=255)
tAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATAttatttat > 2:3460913/1‑149 (MQ=255)
tAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATAttatttat < 2:2639692/149‑1 (MQ=255)
aaTTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATc > 2:2210799/1‑149 (MQ=255)
aTTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCg > 1:2827961/1‑149 (MQ=255)
tttCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGa > 2:1191099/1‑149 (MQ=255)
tttCATTTAAAAGACTCATTTTAATTATCGTTAATCTTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATTAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGa < 1:109443/149‑1 (MQ=255)
cATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGatat > 1:1800064/1‑149 (MQ=255)
aaCAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGAt > 1:2332807/1‑149 (MQ=255)
aCAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTATAAACAATTAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATAGATATGTGAta > 1:3806517/1‑148 (MQ=255)
aCAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATc > 1:4072937/1‑149 (MQ=255)
aaTCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAg > 2:2196325/1‑149 (MQ=255)
aaTCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAg > 1:3255372/1‑149 (MQ=255)
aTCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGt < 1:4097199/149‑1 (MQ=255)
tCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTc < 1:3985758/149‑1 (MQ=255)
tttCATTCTCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTATTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACATTGAGAAAAATAGATGAAATTATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGtaa < 2:3647004/149‑1 (MQ=255)
aTTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATgag > 2:1223300/1‑149 (MQ=255)
cGTTAAACTTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGAtata < 1:1741970/149‑1 (MQ=255)
ttAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAg < 2:4017240/149‑1 (MQ=255)
ttAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAg > 1:3955103/1‑149 (MQ=255)
aaaCGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGt < 1:3289843/149‑1 (MQ=255)
aaaCGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGt < 1:1452205/149‑1 (MQ=255)
aaaCGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGt < 1:2584043/149‑1 (MQ=255)
aaCGTTTTTTCTATACGTA‑TTTTAATCGGAGTCATTTATATATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATTTAAGGTg < 1:856379/149‑1 (MQ=255)
aCGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGa > 2:772474/1‑149 (MQ=255)
cGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGaa < 1:2245275/149‑1 (MQ=255)
cGTATTTTCCAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAACAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGaa < 1:2119181/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTa < 2:2827961/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTa < 2:1086803/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGACTTa > 2:1527217/1‑149 (MQ=255)
ttttCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTAc > 2:957286/1‑149 (MQ=255)
ttCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTg > 2:2906449/1‑149 (MQ=255)
tatAAAAGAA‑TTTTAAACGGCTTCATTTATAAATGACATACTTTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTgg < 1:3298246/147‑1 (MQ=255)
cTAAACTAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGt < 2:3559714/149‑1 (MQ=255)
cTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGt < 2:879264/149‑1 (MQ=255)
aaCGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTAtt > 1:3138201/1‑149 (MQ=255)
aaCGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTAtt < 2:3375192/149‑1 (MQ=255)
aCGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTAttt > 1:2864219/1‑149 (MQ=255)
aCGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTAttt > 1:2528514/1‑149 (MQ=255)
aCGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTAttt > 2:1988728/1‑149 (MQ=255)
a‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGaaa > 2:867132/1‑149 (MQ=255)
ttttAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAat < 1:2214011/149‑1 (MQ=255)
agttATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTCTTTGAAATTTATTTTTTTAata > 1:1927758/3‑149 (MQ=255)
aTTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAata > 1:768611/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAata < 1:1640684/149‑1 (MQ=255)
aTTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAata > 1:26317/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAata > 1:26253/1‑149 (MQ=255)
tttATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATGTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAatat < 2:3243885/149‑1 (MQ=255)
ttATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATAtt > 1:1404480/1‑149 (MQ=255)
taAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTc < 2:444269/149‑1 (MQ=255)
taAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTc < 1:1223300/149‑1 (MQ=255)
taAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTc > 1:3727/1‑149 (MQ=255)
taAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTc > 2:3241426/1‑149 (MQ=255)
aaaTGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCg < 1:2664664/149‑1 (MQ=255)
aaaTGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCg < 2:2493256/149‑1 (MQ=255)
gACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAAt < 1:2260854/149‑1 (MQ=255)
aCTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATc < 2:3291882/149‑1 (MQ=255)
aCTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATc > 1:1052348/1‑149 (MQ=255)
aCTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATc > 1:580317/1‑149 (MQ=255)
tttttAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGAt > 1:3003345/1‑149 (MQ=255)
ttAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTaa < 1:2369342/149‑1 (MQ=255)
aaTAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTAc > 1:3908724/1‑149 (MQ=255)
aaTAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTAc > 1:1872778/1‑149 (MQ=255)
aTAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTAcc > 1:3650861/1‑149 (MQ=255)
aTAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTAcc > 1:1745353/1‑149 (MQ=255)
tAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCg < 1:1050957/149‑1 (MQ=255)
tAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCg < 1:2209710/149‑1 (MQ=255)
gAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCggg > 2:3831438/1‑149 (MQ=255)
aaTGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGc < 2:3440599/149‑1 (MQ=255)
aTGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGcc > 2:2364078/1‑149 (MQ=255)
aTGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGcc > 1:961550/1‑149 (MQ=255)
aTGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGcc > 2:1743594/1‑149 (MQ=255)
gTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTa < 1:2575549/149‑1 (MQ=255)
tAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGAccc < 1:3381029/149‑1 (MQ=255)
aaCAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCa > 2:129243/1‑149 (MQ=255)
cAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGt > 1:3331913/1‑149 (MQ=255)
cAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGt > 1:1873895/1‑149 (MQ=255)
aaTGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGtt < 2:2342347/149‑1 (MQ=255)
aTGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTa < 1:772474/149‑1 (MQ=255)
tGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGTGATATAAGGTGAATTAGTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAt > 2:1803906/1‑149 (MQ=255)
gaggAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAtt < 1:3460913/149‑1 (MQ=255)
gagaAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAtt > 1:142855/1‑149 (MQ=255)
agaAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAttt > 2:1511925/1‑149 (MQ=255)
agaAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAttt > 2:2085210/1‑149 (MQ=255)
|
CCAGTTACAACCACCGCAACTATTTTTAATTTCATTTAACAGAATCCTTTTAATTATCGTTAAACGTATTTTCTAAACGAA‑TTTTAAACGGCGTCATTTATAAATGACATACTGTTTTTAAAATAGAATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTT > CP009273/1540251‑1540546
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
