Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I0 R1
|
106 |
58.2 |
1336546 |
90.2% |
1205564 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
100% |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 100.0%
| 182.2
/ NA
| 58 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (27/31); total (27/31) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAA > CP000730/76833‑77103
|
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGtt > 1:318483/1‑141 (MQ=255)
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGAGCGTAAAAGGtt > 2:509734/1‑141 (MQ=255)
cAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa < 1:575207/141‑1 (MQ=255)
aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatat > 1:226951/1‑141 (MQ=255)
gATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGt > 1:562339/1‑141 (MQ=255)
tttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGATAAGTGATATCGTAtt > 1:601320/1‑141 (MQ=17)
ttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTa < 1:255484/141‑1 (MQ=255)
ccATGCCACGAAGTTAGCATCATGATAGCAAGTTAAGCGAACACTGAAATGAAAAATTAGTGGTTAGATATATCTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGc < 1:653228/141‑1 (MQ=18)
ccATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAATCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAATACATGGGCTTAAAAGGTTCATGTATATAGTATTACTGc < 1:370677/141‑1 (MQ=17)
tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATCATACATTAGTGGTTAGCCATATTTTTGTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa < 2:569464/141‑1 (MQ=21)
gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc < 1:445173/141‑1 (MQ=255)
gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc > 1:120988/1‑141 (MQ=255)
gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc > 1:120973/1‑141 (MQ=255)
ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 2:278074/141‑1 (MQ=255)
catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAATACCGGCATGAGAAATTTGTGGCACACTATAGTTGTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:481063/141‑1 (MQ=25)
catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACGGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:213641/141‑1 (MQ=255)
ccaGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAggg < 1:502269/139‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTCAAAGGTTAATTTATATAGAATTACTGCACACATTGATTTGGGGCCAAAATTAggagcat > 2:347982/1‑136 (MQ=25)
aaCACTGACGTGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAATTTGGGTCAAAAATTAGCGGTATTaaaaaa > 2:168614/1‑141 (MQ=255)
aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTCTTaaaaaa > 2:544718/1‑141 (MQ=255)
acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACGTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa > 2:172876/1‑141 (MQ=255)
gACATGATAAATTAGGGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaat < 1:277859/141‑1 (MQ=255)
aTGATAAATGAGTGGTTTGCTATATTTTGTTACTTTGCAACAGAACCTATATAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAAtgaatgaa < 1:150288/141‑1 (MQ=39)
aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATACAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 2:356394/1‑141 (MQ=255)
aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 1:119485/1‑141 (MQ=255)
tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAt > 1:646454/1‑141 (MQ=255)
tAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAg < 1:410213/141‑1 (MQ=255)
aGCTAAATTTTTTGACTTTGCAACAGAACCGATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAAGAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGc < 1:146763/141‑1 (MQ=255)
gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGAGTATAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt < 2:417757/141‑1 (MQ=255)
gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt < 1:323217/141‑1 (MQ=255)
atatTTTTTTTCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTTTATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGCCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCACGCAGAt > 2:262901/1‑141 (MQ=255)
atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGGTTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAGCAAGCTGAt > 1:138820/1‑141 (MQ=255)
atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTg > 1:73063/1‑141 (MQ=255)
atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAAGGAATCATAATTTTATCAAGCTGAGTg > 1:239350/1‑141 (MQ=255)
tttttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 2:446297/1‑141 (MQ=255)
tttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTACTTTATAAAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag < 1:347982/141‑1 (MQ=255)
tttAGTTTGCAAAAGAAACTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGAATAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 2:25139/141‑1 (MQ=255)
tttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag > 1:200053/1‑141 (MQ=255)
tACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTACAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:387785/141‑1 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATACACAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 1:305877/141‑1 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt > 2:590958/1‑141 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 2:501407/141‑1 (MQ=255)
aCTGTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAATAATTAGGGGTAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 2:371332/141‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa > 1:36435/1‑141 (MQ=255)
tGCAGCGGAGCCTATGAGAAGAATGGGCTTGAGAGGTTAATTTATATAGTATTAGTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATGAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaagg < 2:250042/141‑3 (MQ=255)
cAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTAATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 2:507959/141‑1 (MQ=255)
gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATta > 1:378031/1‑141 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAATGGAGAGGTTAAAATGCATtata < 2:476549/141‑1 (MQ=255)
cccacaaaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATTAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 1:335134/136‑1 (MQ=255)
ccTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 1:214201/141‑1 (MQ=255)
aacaaaCATGGGCTCAAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTTATTTGGGTCAACAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGACTCATTATTTTATCATGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTAGATAAAAt < 2:153663/138‑1 (MQ=255)
aCATGGGCTTAAAAGGTTAGTTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATGATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 2:491549/141‑1 (MQ=255)
aTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 2:662483/1‑141 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATACTAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTACATAAAATTTATTGAg > 1:417017/1‑141 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATCGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGGGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 1:615742/1‑141 (MQ=255)
gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa > 2:86681/1‑141 (MQ=255)
cTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGTGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaa < 1:509734/141‑1 (MQ=255)
cTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATAAGAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaa < 2:318483/141‑1 (MQ=255)
|
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAA > CP000730/76833‑77103
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
