Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I0 R1
|
39 |
50.1 |
1100758 |
94.0% |
1034712 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
100% |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 96.1%
| 138.1
/ ‑1.3
| 51 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (27/22); total (29/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAG > CP000730/76833‑77099
|
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGt < 2:13772/140‑1 (MQ=255)
aTCTACGGTTTTTCGCCATGCCAAGAAATTAGCATCATGCTAGAAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAACACATGGGCTT‑AAAAGGTTAAtt < 2:277061/140‑1 (MQ=17)
gcTACGGATTTACGCCATGCAACGAAACTAGCATCATGCTAGTAAGTTAAGGGAACACTTAAATGATAAATTAGTTGTTAGATATCTTTTTTTACTTTGCAGCAGAACCTATAAAAAACATGTGCTT‑AAAAGGTTAAttt < 2:375031/139‑1 (MQ=255)
aCGGATGTTCGGCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTtata < 2:302127/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCACGCTAGCAAGTTAAGCGCTATTTGGTCAGATAAATTAGTGGTTAGTTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTAtt < 1:152791/140‑1 (MQ=18)
aCGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTATTGAAAACAt > 2:458237/1‑140 (MQ=255)
atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTGTTACGGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:544610/140‑1 (MQ=255)
agcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTTACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 2:371882/138‑1 (MQ=255)
tGCTAGAAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATTTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATAAAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 1:64335/140‑1 (MQ=255)
cTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt > 1:526241/1‑140 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTATTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCATAAATTAGGGGTa > 1:89936/1‑140 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa > 2:484707/1‑140 (MQ=255)
aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaa > 1:389796/1‑140 (MQ=255)
aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTAGGAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATGTAGTATTACTGGAAACATGGATTTGGGTCTAATTTTAGGGGtgtgtaata > 1:234502/1‑132 (MQ=21)
cacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa < 1:452590/140‑1 (MQ=255)
actgaactgaAAAATTAGTAGTTAGTTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAATAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTAAAGTGAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaat < 2:277942/140‑1 (MQ=37)
cTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATTAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTGAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatg > 1:152924/1‑140 (MQ=255)
tGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatga > 2:388935/1‑140 (MQ=255)
aCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGAAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaat > 1:432218/1‑140 (MQ=255)
aTGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAatgaatga > 1:533474/1‑140 (MQ=255)
gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACTTGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGACAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt > 1:8345/1‑140 (MQ=255)
gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt > 1:396142/1‑140 (MQ=255)
tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATAAGAGGTATTAAAAAAATAAATGAATCATAAtgtaa > 1:73442/1‑136 (MQ=39)
gggttggttttattttttAATTTGCAACACAACCGAGAAAAAACATGGTCTT‑AAAAGGTTAATTTATATACTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAt < 2:259843/128‑1 (MQ=255)
atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATGAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGGTgttg > 2:435760/1‑137 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCGAGCTGATTGgag > 2:495383/1‑140 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag > 1:231467/1‑140 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag > 2:492899/1‑140 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCAGAATGgag > 2:46840/1‑140 (MQ=255)
tttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAAGTTAATTTATATAGTATTACTACAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTACTTGgaaa > 2:76871/1‑138 (MQ=255)
tattttGTAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCAT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:128638/137‑1 (MQ=255)
tACTTTGAAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTA‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGAGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:1862/140‑1 (MQ=255)
tACGTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTAGTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:160605/140‑1 (MQ=255)
attatGCAACAATACCTGTAAAAATCATGGGCAT‑AAAATGTAAATTTATATAATATAACTCCAAACAAAGATTTGTGTTATAAATTATGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:46820/136‑1 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAGACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTGCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTTGGGGTATTAAAAAAATGAATGAGTCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:252549/140‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGACAAAATAATAATTTTATAAAGCTGAGTGTAGAGGta > 1:118267/1‑139 (MQ=255)
cTTTGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGTTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACTTTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 1:282901/140‑1 (MQ=255)
ttGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAAGGTAAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAAAAAAAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa < 2:432561/140‑1 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACATAGGCTT‑AAAAGGATAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTTATTTGGGACAAAAATTAGGAGTAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 1:200078/140‑1 (MQ=255)
aGAACCTACAAAAAGCATTGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAGTTGGTTCAAAAATTAGGGCTACTAAAAAAATGAATGAATCATAAGTTTAGCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 2:171474/140‑1 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGAATtat > 2:548749/1‑140 (MQ=255)
ccTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGTACAGGTTAAAATGCATtata > 2:211501/1‑140 (MQ=255)
ccTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtgta > 2:369875/1‑140 (MQ=255)
ccTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata > 2:250173/1‑140 (MQ=255)
ccTACAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAGAAGCATtgta > 2:64240/1‑140 (MQ=255)
tataAAAAACGTGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAGATGAGGGGGTAAAATGCATtatata > 1:85499/1‑140 (MQ=255)
tataAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGTGGTTAAAATGAATtatata > 2:252255/1‑140 (MQ=255)
aaaaCAGCGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATATTATTACCGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:55623/140‑1 (MQ=255)
tGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 1:515674/1‑140 (MQ=255)
tGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 1:279020/1‑140 (MQ=255)
gggCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATATGAGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 2:113286/140‑1 (MQ=255)
|
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAG > CP000730/76833‑77099
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
