Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F67 I0 R1
|
51 |
74.6 |
1619566 |
95.7% |
1549924 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
100% |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 98.1%
| 262.3
/ ‑3.0
| 91 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/42); minor base T (3/0); total (49/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > CP000730/76831‑77101
|
tctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAagg > 2:265885/1‑141 (MQ=255)
ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTATGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAAGATGGGCTTAAAAGGt < 1:597037/141‑1 (MQ=255)
cTACGAATATTCGCCAGGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat < 2:188026/141‑1 (MQ=255)
gATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGCCATGATACATTAGTGGTTAACTCTATTTTGTTCATTTGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATTGt > 2:288044/1‑141 (MQ=17)
tCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGGTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTat > 1:695061/1‑140 (MQ=255)
tCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAc < 2:236660/141‑1 (MQ=255)
tCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAc < 2:274645/141‑1 (MQ=255)
gCCATGCCACGAAATTAGCCTAATACTTATAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTAAATAGTCTTACTg > 2:372695/1‑141 (MQ=18)
cATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCa > 2:277049/1‑141 (MQ=255)
cATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAACAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCa > 2:502533/1‑141 (MQ=255)
aTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAttt > 2:415973/1‑141 (MQ=255)
aTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAttt > 1:515349/1‑141 (MQ=255)
tAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg < 1:177619/141‑1 (MQ=255)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTgggg > 2:541732/1‑141 (MQ=255)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGATTCGCTATCTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACGTGGGCGAAAAAGGTTTATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAATTTggg > 2:528046/1‑141 (MQ=18)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATAAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATACGCGTTTACGATTTATTTATATCGTATTAATACCAAAATTGATTTggt > 2:83706/1‑140 (MQ=14)
catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAAATTGATTTGGGTc > 2:672534/1‑141 (MQ=255)
catcatGCCAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:252736/141‑1 (MQ=255)
atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAAAATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAATGTGGGTCa > 2:316210/1‑141 (MQ=255)
aacagacagacAAGATAAGCGAACACTCACATGATAAATTAGAGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCa < 2:164499/131‑1 (MQ=21)
cAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAggg > 1:681592/1‑141 (MQ=255)
gTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa < 1:378473/141‑1 (MQ=255)
gTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGGTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa < 1:514882/141‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCCACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTCGGCCAAAAATTAGGGGTAt < 1:453292/141‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCTAAAATTAGGGGTAt < 1:443286/141‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 1:685297/141‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 1:648597/141‑1 (MQ=255)
ttAACCGAACACTGACACTATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAATGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 1:244533/141‑1 (MQ=37)
tgaggCGAACACTGCCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAGTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTGTAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 2:584169/137‑1 (MQ=37)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTGAAAAAGTAGGGGTATTaaaa > 1:671775/1‑141 (MQ=255)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaa > 1:540216/1‑141 (MQ=255)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaa > 1:267255/1‑141 (MQ=255)
gAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATGaaaaa > 2:28699/1‑141 (MQ=255)
gAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTAATTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTTCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTTTTagaca > 2:80535/1‑137 (MQ=37)
acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTTTTaaaaaaa > 1:646033/1‑141 (MQ=255)
acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGGGGTCACAAATTAGGGGTATTaaaaaaa > 1:88852/1‑141 (MQ=255)
cATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAatgaatga > 2:682707/1‑141 (MQ=255)
aaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAACAAACATGGGCTTAATAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAGATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATaa > 2:678310/1‑141 (MQ=255)
ttATTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACACGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtt < 2:552927/141‑1 (MQ=255)
ttAGTTGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAATAGAACCTATAAATAAAATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtt < 2:86461/141‑1 (MQ=39)
aGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt > 1:63142/1‑141 (MQ=255)
ggTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAtt > 2:249404/1‑140 (MQ=255)
ttAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAACTGAATGAATCATAATTTTATCaa > 2:611170/1‑141 (MQ=255)
ttAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATAAATCATAATTTTATCaa > 2:410849/1‑141 (MQ=255)
ctAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAGACAAAGGCTTAAGAGGTTACTTTGTATTGTATTTGTGCAAACATTGATTTTGGTCCAAGAGTAGGGGAATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCaa > 2:133431/2‑141 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 1:415973/141‑1 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 2:515349/141‑1 (MQ=255)
atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAt < 1:471226/141‑1 (MQ=255)
atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAGTTTATCAAGCTGAt < 1:434129/141‑1 (MQ=255)
atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGACTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAt < 2:686649/141‑1 (MQ=255)
tttttAATTTGAAACAGAAAAAATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGTGTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag < 2:42349/141‑1 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGACCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga < 1:116162/141‑1 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga < 1:224043/141‑1 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCGTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga < 1:147976/141‑1 (MQ=255)
tACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTGAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGTGGTAGTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGCTGGGAAAGGt > 1:691306/1‑141 (MQ=255)
agttGCAAAAAAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGTGTCAAAAATTAAGAGTAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa < 2:674684/139‑1 (MQ=255)
tttttttcAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAATTGTTAATTTATATAGTATTACTGTAAACTTTGATTTGGGTTTTTTTTTTTGTGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTTATTGGAGGGGTGaa > 2:384631/8‑141 (MQ=255)
tttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGTAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaa > 2:542020/1‑141 (MQ=255)
tttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATACTTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaa > 2:262948/1‑141 (MQ=255)
tttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaa > 1:274481/1‑141 (MQ=255)
tttttaGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCTAAAATTATGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAt > 2:117511/6‑141 (MQ=255)
tctaCAGAACCTATAAAAAACACGGGCTTAAATGATTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGTGTCATAAATTAGTGATGTTAAAAAAATGAATGAGTCATAATTTTATCAAGCTGAATGGCGTGGTTaaagt > 2:487039/4‑139 (MQ=255)
gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAt > 1:11003/1‑141 (MQ=255)
gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAAAGGTTaaact > 2:229488/1‑139 (MQ=255)
gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATGATAGAGGGTaaagg > 2:156567/1‑139 (MQ=255)
cAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATg > 1:460860/1‑141 (MQ=255)
cAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTAGGTC‑AAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGc > 2:61759/1‑141 (MQ=255)
aaaaaGAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaatac < 2:122276/137‑4 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:169207/1‑141 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:62392/1‑141 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATGTGGGGCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAGCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:11616/1‑141 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACAAGGACTTTATTAAAAAATGTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:193812/1‑141 (MQ=255)
aaaCATATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGGCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATta < 1:616626/140‑1 (MQ=255)
aacaatattaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATTGGATTACTGCAAACAGTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata < 2:186275/132‑1 (MQ=255)
cTATAAAAAACATGGGCTTAGAAGGTTAGTTTATATAGTATTACTGCAAACATTTATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata > 1:524054/1‑141 (MQ=255)
cTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTGAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata > 2:380963/1‑141 (MQ=255)
tataCAAAACATTGGCTTAAAAGCATAATTGGTATAGTTTTCTTGTCATTACTAAGTTTGGTCAAAAATTAGGTGTATTAAAAAAATGAATAAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaa < 1:789447/141‑1 (MQ=255)
ataAAAAACATGGGATTAAAAGGTTAAATTATATAGTATTACTGCAAACATAAAAAAAAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 2:635197/141‑1 (MQ=255)
taAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATTATAATTTGATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa < 1:156552/141‑1 (MQ=255)
taAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa < 1:655290/141‑1 (MQ=255)
aaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATACAAttt > 2:344649/1‑141 (MQ=255)
aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:758585/141‑1 (MQ=255)
aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGAGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 2:291108/141‑1 (MQ=255)
cATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTg > 2:103282/1‑141 (MQ=255)
aTGGGCTGAAAAGGTTAATTTATATAGTCTTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATAAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATATATTGa > 2:101500/1‑141 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 2:467182/141‑1 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 1:400387/141‑1 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 1:425582/141‑1 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 1:164792/1‑141 (MQ=255)
ggggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 1:324596/140‑1 (MQ=255)
gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt < 1:249404/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:695061/141‑1 (MQ=255)
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TCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > CP000730/76831‑77101
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
