Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
27 |
23.1 |
511165 |
92.8% |
474361 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 100.0%
| 49.1
/ NA
| 21 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (14/7); total (14/7) |
TCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGT > CP000730/76831‑77100
|
tctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAagg > 2:407426/1‑141 (MQ=255)
ccccATGCCACGAAATTAGAATCAGGCAAGCAAGTTAATCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACt < 2:244957/139‑1 (MQ=18)
gCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTg > 2:308335/1‑141 (MQ=255)
ttAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAAAATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGGTTTg > 2:150137/1‑141 (MQ=255)
catcatGCGAGCAAATAAAGCTAACACTCACATAGTAAATTAATTGATAGCTATTTTTTTTTACTTTGAAACAGAACCTATAAAAAACATCGGCTTAAAAGTTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAATTTGTGTc < 2:269553/141‑1 (MQ=255)
gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAgg > 2:12914/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:415300/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:415246/1‑141 (MQ=255)
aactaaaaagaaaaaTGAGTGGTTAGATATATGTTTTTACATTGCAACAGAACCTAGAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAAAAAAAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaat < 2:71381/129‑1 (MQ=255)
tAGTGGTTAGCTATATTTTTTTATTTTGCAGCAGTACCTATGAAAAACATGGTCTTTATAGGTTAATTTATATGGTATTAGTGCAAACATTGATTTGGGTCAGAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaatgtttgttaattt > 2:336520/1‑130 (MQ=255)
tAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAATATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATTATAtttt > 2:13430/1‑141 (MQ=255)
aGTGGTTAGCTATATTTTTTTTTTTTTTTACAGAACCAATAAAAAACATGGGCTTAAAAGTTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATTAATGATTCTTAAtttt > 2:36633/1‑141 (MQ=255)
gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGGATGAATCATATttttt > 2:242428/1‑140 (MQ=255)
cTATAGTTTTTTACTTTGCGACAGAGAGTAGAAAAAACATGGGGTTAAAAGGTGAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAGAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 2:18974/141‑1 (MQ=255)
tataTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGa < 2:249229/141‑1 (MQ=255)
atatTTTTTTATTTTGCAACAGAACCTATAAAAACCATGGGCTTAACAGGTTAATTTATATAGTATTACGGCAAACATTGATTTGTGTCAAAAATTATGGGTATTAAAAAAATAAATGAATCATAATATTACCAAGCTGAt > 2:404597/1‑141 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATACTTTTATCAAGCTATTTGgagg > 2:62071/1‑140 (MQ=255)
tttGCAACATAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATGAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaa < 2:99694/141‑1 (MQ=255)
ttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAATGGAGAGGTTaaa > 2:388971/1‑141 (MQ=255)
aacgcaCCTATAAAAAACATGGACTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAACGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 2:317634/136‑1 (MQ=255)
cTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata > 2:204288/1‑141 (MQ=255)
gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAGGGGAATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATACAATTTTTTGAGt > 2:104980/1‑141 (MQ=255)
|
TCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGT > CP000730/76831‑77100
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
