Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I0 R1
|
51 |
81.0 |
1740380 |
95.7% |
1665543 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
100% |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 98.9%
| 261.1
/ ‑4.7
| 86 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (51/34); minor base C (1/0); total (52/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCA > CP000730/76837‑77102
|
gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAtt > 2:627152/1‑141 (MQ=255)
gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAtt < 1:665895/141‑1 (MQ=255)
aTCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAttt > 2:119870/1‑141 (MQ=255)
tCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTACTTta > 2:821744/1‑141 (MQ=255)
tACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATATTATACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtata < 2:835621/141‑1 (MQ=255)
aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCCAGTTACGAGTAAACTGAAATGATAATATTGAGGTTTGTTCTATTTTTTGACTTTGCAATTGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatat > 2:633838/1‑141 (MQ=17)
cGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCACCTGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatata > 1:371340/1‑141 (MQ=255)
gttgtcgcatggCCGCGTAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAATCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATGTATATAGTa < 2:370927/130‑1 (MQ=17)
ttttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTAt < 1:274902/141‑1 (MQ=255)
ttttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTAt < 1:864847/141‑1 (MQ=255)
ttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTa > 2:211816/1‑141 (MQ=255)
ttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTa > 2:437235/1‑141 (MQ=255)
ccctgcacagAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGc < 1:537449/132‑1 (MQ=255)
acgacACGACACTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTTGTGGTTAGCTATATTTTCTTACTTTGCAACAGATCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGAATTACTGaaa < 2:192765/137‑1 (MQ=18)
aTGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaa < 2:864593/141‑1 (MQ=255)
aTGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaa < 2:657347/141‑1 (MQ=255)
ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 2:758693/141‑1 (MQ=255)
cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt < 1:151880/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTCGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAt > 1:843527/1‑141 (MQ=255)
aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAtt > 2:508984/1‑141 (MQ=255)
ttAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTg < 1:5633/141‑1 (MQ=255)
tAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg > 1:504214/1‑141 (MQ=255)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACCGCAAACATTGATATggg > 2:418554/1‑141 (MQ=255)
catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑Tc < 2:474698/141‑1 (MQ=255)
tAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACTTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTa > 2:130393/1‑141 (MQ=255)
aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAg > 1:725542/1‑141 (MQ=255)
aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAg > 2:499998/1‑141 (MQ=255)
gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGT‑TCAAAAATTAgg > 2:423697/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTCTAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTa > 2:483593/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGA‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTa > 2:370975/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACATATAAAAAACATGGGATTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑Atga > 2:626498/1‑139 (MQ=255)
gCGAACACTGCCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTTCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTaaa < 1:379585/141‑1 (MQ=255)
gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACATAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTaaa < 2:723912/141‑1 (MQ=255)
acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTaaaaaaa > 1:795549/1‑141 (MQ=255)
gACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGA‑TTAAAAATTCGGGGT‑ATTAAAAAaatgaat > 1:326548/1‑141 (MQ=255)
gACAGGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTCTTTTCTTTTCTTCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTAATATAGTATTGCTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAaatgaaa > 2:524696/1‑140 (MQ=255)
aCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAGCAGAACCTATAAAAAACAAGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAATGATTTGGG‑TCAAAAAATAGGAGT‑TTTAAAGAaatgcata > 1:62162/1‑140 (MQ=37)
aCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAaatgaatg > 1:724615/1‑141 (MQ=255)
aTGAGAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAACAGGTTAATTTATATAGTATTAATACCAACATTGCTTTGGT‑TCAAAGATTACGGGT‑ATTaaaaaaagaaattaa > 2:523495/1‑133 (MQ=25)
gATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATc < 1:288281/141‑1 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCa < 1:474040/141‑1 (MQ=255)
aTAAATGAGTGGTGAGTGATGTTTTTTTACTTTGCAAGCGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TAAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCa < 1:821744/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTTTTTTTTTTTAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGATTcttt > 2:415668/1‑138 (MQ=255)
aaaTTAGCGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:786031/1‑141 (MQ=255)
aaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATaa > 1:48275/1‑141 (MQ=255)
atgaGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt < 2:531626/138‑1 (MQ=255)
tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAt > 1:638662/1‑141 (MQ=255)
ttAGCTATATTTTTTTATTTTTTTACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGATTGAATCATAATTTTATCaa > 2:776298/1‑141 (MQ=255)
ttAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCaa > 1:66222/1‑141 (MQ=255)
tAGCTATATTTTTTTTTTTTTTTTTAGAACCTATAAAAAACAAGAGCTTAAAAGGTTAATTATTGGAGTATTACTGCAAACATTGCGTTGGG‑ACAAATATTAGGGGT‑ATTAAAAATATGATTGATTCATAATTTTATCagg > 2:814056/1‑139 (MQ=255)
tAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTACAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAg > 1:744061/1‑141 (MQ=255)
tAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAg > 1:744120/1‑141 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAACGGTTACTTTATATAGTATTACTGCAACCATTGATTTGGG‑TCAAACATTCGGGGT‑ATTAAAAAACTGAATGAATCATACATTTCTCAAGCTg > 1:826405/1‑141 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg > 2:508029/1‑141 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 1:148208/141‑1 (MQ=255)
cTATATCTTTTTACTTTGCAAAAGAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 1:576002/141‑1 (MQ=255)
tttttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑‑CGACCACGAGTATTGATAAAAACACTAAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 1:195299/1‑141 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga > 1:14219/1‑141 (MQ=255)
ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg > 1:211539/1‑141 (MQ=255)
ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATCTTATGAAGCTGATTGGAGAgg < 1:442629/141‑1 (MQ=255)
aatttGCAAGAAAACCTATAAAAAACAAGGGCTTAAAACGTTAAATTATATCCTATTACTACAAACATTGATTTGGGATCACCAA‑AAACTCA‑ATTAAAAAAATGCTTTAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGTGATGtt < 2:393299/139‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa > 1:746514/1‑141 (MQ=255)
ttGCACCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTCTCTAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑CTTAAAAAAATGCATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgagacgataga > 2:720824/1‑134 (MQ=255)
ttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaa > 2:574258/1‑141 (MQ=255)
gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAt > 1:67076/1‑141 (MQ=255)
aCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATCTAGTGTTACGGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 1:492593/141‑1 (MQ=255)
aCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa > 2:514764/1‑141 (MQ=255)
cAGAACCTATAAAAAATATGGGTCTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACGGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 2:827379/141‑1 (MQ=255)
aaCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtat > 1:325514/1‑141 (MQ=255)
aaCCGATAAAAAGCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑GCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAGTCATAGTTTTATCAAGCTGAATGGAGACGTTAAAATGCATtat > 1:610608/1‑141 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata > 1:758562/1‑141 (MQ=255)
ccTATAAAAAACGTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 2:217970/141‑1 (MQ=255)
ccTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 2:48275/141‑1 (MQ=255)
cgacagaaaaGATGGGATTAAAAGATTAATTTATATAGTACTACTGCAAACAATGAAAAGAA‑AAAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata < 2:343412/135‑1 (MQ=255)
taAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 1:506142/1‑141 (MQ=255)
aaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt > 2:159999/1‑141 (MQ=255)
aaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAt < 2:725542/141‑1 (MQ=255)
aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGTGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAAAGGTTACAATGCATTATATAAAATTTAtt > 2:219564/1‑141 (MQ=255)
aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:211816/141‑1 (MQ=255)
tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 2:66222/141‑1 (MQ=255)
gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt > 1:708006/1‑141 (MQ=255)
gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt > 2:284900/1‑141 (MQ=255)
ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 1:23797/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc > 2:338310/1‑141 (MQ=255)
gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAATTGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa < 1:725915/141‑1 (MQ=255)
gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa < 1:22540/141‑1 (MQ=255)
|
GATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑TCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCA > CP000730/76837‑77102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
