Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F22 I1 R1
|
21 |
115.3 |
2512058 |
90.2% |
2265876 |
148.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 99.2%
| 378.4
/ NA
| 122 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/67); minor base C (0/1); total (53/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGATAAT > CP000730/76824‑77111
|
tctcTGCAGATCTGCGGATTTTCGCCATGCCACGAAACTAGCATCATGCTAGCAAGGTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAt < 2:207630/148‑1 (MQ=17)
ctctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAtt < 1:1067184/148‑1 (MQ=255)
tctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAttt < 2:704372/148‑1 (MQ=255)
tattaaGATCTACGGATTCTCGCCAAGACACGAAATTAGAAACATGCTAGCAAGTTTAGCGAACACTGACATGAAAAATTAGAATTCAGCTATATTTTTATACTTAGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGATAAttt < 2:407165/143‑1 (MQ=255)
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAAGACTGACATGATAAATTAGTGGTTAACTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat > 1:806607/1‑148 (MQ=255)
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat < 1:496125/148‑1 (MQ=255)
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat > 2:67524/1‑148 (MQ=255)
ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGCGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat < 1:359035/148‑1 (MQ=255)
tCAGATCTACGGATTTTCGCCAGGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTCTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtata < 1:155675/148‑1 (MQ=255)
aGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGTATCAAGTTAGCAAGGTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatata < 1:534851/148‑1 (MQ=17)
aGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatata < 2:896918/148‑1 (MQ=255)
aGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatata < 2:778116/148‑1 (MQ=255)
gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACCTGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAg < 2:905565/148‑1 (MQ=255)
gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAg < 1:1061119/148‑1 (MQ=255)
aaTCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAg < 2:1053034/147‑1 (MQ=255)
aTCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGt > 1:995771/1‑148 (MQ=255)
aTCTACGGAATTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTAACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGt < 2:806571/148‑1 (MQ=255)
tACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTAtt < 1:787274/148‑1 (MQ=255)
aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTa < 1:399876/148‑1 (MQ=255)
gCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt > 2:428658/1‑148 (MQ=255)
ccATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAtt < 2:485838/148‑1 (MQ=255)
cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTGAGTGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTATCTATATTTTTTTACTTTGCAAGAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTg < 2:431481/148‑1 (MQ=21)
tAGCATCCTGCGAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGCACCTGTAAGGAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 1:541524/148‑1 (MQ=21)
tAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGTACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 1:541408/148‑1 (MQ=255)
catcatGCTAGCAAGTTAATCGAACACTGACATGATAAATTAGGGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACGGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTGGATATTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAtt < 1:663439/148‑1 (MQ=25)
catcatGCGAGCAAGTTAAGCTAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAtt < 1:712376/148‑1 (MQ=255)
tcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAA‑GGTTAATTTATATAGTATTACTGCAACCATTGATTTGGGTCAAAAATTAgg > 2:296938/1‑148 (MQ=255)
atGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAggg < 1:166723/148‑1 (MQ=255)
tgtAGCAAGTTAAGCGAACATTGACATGATAAATTATTGGTTAGCTAAATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATCTGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGt < 2:609122/146‑1 (MQ=25)
cTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGTTACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa > 2:1124108/1‑148 (MQ=255)
aaGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa > 2:745030/1‑148 (MQ=255)
ttAAGCGAACGCTGACACGATATATTAGTGGTTAGCGATATTTTTTTACTTTGCAACATAACCTATAAAAAACATGAGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGTTTTGGGTCTAAATTTAGGGGTATTaaaaaa < 2:845425/148‑1 (MQ=37)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAATAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa < 2:715461/148‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa < 1:1195157/148‑1 (MQ=255)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaa > 2:276099/1‑148 (MQ=255)
aaCACTGATATTATAAATTAGTTGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaatg < 1:960630/148‑1 (MQ=255)
ccTGACCTAAAAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAAACTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAGTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATgaatgaat < 1:576434/147‑1 (MQ=38)
aTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt > 2:898889/1‑148 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt < 1:85176/148‑1 (MQ=255)
aTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTCGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt < 1:800994/148‑1 (MQ=255)
tAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAGGGTATTAAAAAAATGAATGAATAATAATTTTa > 2:372497/1‑148 (MQ=255)
tAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATAAGGGGTATTAAAAAAATAAATGAATAATAAttttt > 2:689817/1‑147 (MQ=255)
acttAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATc < 1:572392/146‑1 (MQ=255)
aaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATc < 1:348508/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCa < 1:262293/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCa < 1:254089/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTGGTTAGCCATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCa < 1:1013841/148‑1 (MQ=255)
aGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGTGCAAAAATTAGGGGGATTAAAAAAATGAATGAATGATAGTTTTATCAAGc > 1:246295/1‑148 (MQ=39)
gtcagccctatTTTTTTACTTTTCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATAATAATTTTATCAAGCGGAt > 2:1148277/9‑148 (MQ=255)
gTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATACTTTTATCAAGCTGAt > 2:1198876/1‑148 (MQ=255)
ttAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTCTTACTGCAAACATTGCTTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGCATCATAATTTTTTCCAGCTGAtt > 1:871286/1‑148 (MQ=255)
gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATGAACAACAGGAGGCCAAAAGGTTGATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGga < 2:746425/148‑1 (MQ=255)
gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGga < 1:1252837/148‑1 (MQ=255)
gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAAAACCTAGAAAAAACAGGGGCTTAAAAGGGTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGAGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGga < 2:438022/148‑1 (MQ=255)
aatagatTTTTTGACGTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGga < 2:588634/143‑1 (MQ=255)
cTATATTTTCTTATTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAGTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag < 1:510820/148‑1 (MQ=255)
atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGGATGAGAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag > 1:95866/1‑148 (MQ=255)
atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTAAAATTAACAATGTCGTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCGGATTGGAGAGGt > 1:1241934/1‑148 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACTGAACCTATAAAAAACAGTGGCTTAAAAGGTGAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaa < 1:874769/148‑1 (MQ=255)
gtcattccAACCGAACCAATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAGATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATg < 2:928375/141‑1 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGTGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGc < 1:1226813/148‑1 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGc < 1:631065/148‑1 (MQ=255)
aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGc < 1:428658/148‑1 (MQ=255)
aCTGTGCAACAGAACCTATAAAATACAGGAGCATAAATGGTTAAGTTACATAGTATTACGGCGAACAGTGACTGGGATCAAAAATTAGGGATATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGc < 2:78481/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 1:463206/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 1:1169957/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 1:712733/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 1:1132369/148‑1 (MQ=255)
tttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt > 2:1082413/1‑148 (MQ=255)
ttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:775056/1‑148 (MQ=255)
ttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 2:477739/1‑148 (MQ=255)
tGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATAATAATTTTATCAAGCTGATTGTAGAGGTGAAAATGCCttt > 2:633425/1‑147 (MQ=255)
gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtat > 2:1179557/1‑148 (MQ=255)
gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATGGGAGAGGTTAAAATGCATtat > 2:145434/1‑148 (MQ=255)
cAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaa > 1:499480/1‑148 (MQ=255)
cAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaa > 1:504668/1‑148 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa > 2:476322/1‑148 (MQ=255)
aGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa > 2:46856/1‑148 (MQ=255)
gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 2:1006566/1‑148 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:314506/148‑1 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:47578/148‑1 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATCGGACGGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt > 2:311071/1‑148 (MQ=255)
aaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGCATCATAATTTTATAAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 2:586680/1‑148 (MQ=255)
aaccATGGGGTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGGATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 1:304853/145‑1 (MQ=255)
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aaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc > 2:171520/1‑148 (MQ=255)
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|
GCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGATAAT > CP000730/76824‑77111
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
