Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F21 I1 R1
|
21 |
59.1 |
1265912 |
91.6% |
1159575 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
76,969 |
G→A |
intergenic (+1027/‑107) |
USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 |
universal stress protein/lysophospholipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 96.1%
| 148.0
/ NA
| 51 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/24); minor base C (1/1); total (26/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGATAAT > CP000730/76824‑77111
|
gCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAagg < 1:353078/148‑1 (MQ=255)
cAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTGAAGCGAACACTGACATGATTAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt < 1:380069/148‑1 (MQ=255)
aGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGtt < 2:371437/148‑1 (MQ=255)
gTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTGTCTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTag > 2:604165/1‑147 (MQ=255)
ctTCAGTTCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAATCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTta < 1:484695/148‑1 (MQ=255)
ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAGATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGACCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTta > 1:460138/1‑148 (MQ=255)
tCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtata < 1:576783/148‑1 (MQ=255)
cAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGATATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatat > 2:69578/1‑148 (MQ=255)
aGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatata < 2:566935/148‑1 (MQ=255)
cGGATTGTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAAGTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAc < 2:7967/148‑1 (MQ=255)
ggATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCATTGGCTTCTATGAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATGTAGTATTACt > 1:204578/1‑148 (MQ=17)
gATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTg > 1:181625/1‑148 (MQ=255)
cGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGAGCTGATAACTTAGTGGGCAGCTATATTTGTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATAGAGTATTACTGGAAAcc > 2:382740/1‑147 (MQ=18)
ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAttt > 2:493526/1‑148 (MQ=255)
ccACGAAATTAGCATCATGCGAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGAGGTAAGCGATATTTTGTTAGTTTGCAACAGAACCTATCAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATGTATATAGTATTACTGCAAACAATGAttt > 2:192245/1‑148 (MQ=18)
aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTGAAGCGAACACTGACATAATAAATTAGTTGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCa < 2:619740/148‑1 (MQ=21)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaaa < 1:228910/148‑1 (MQ=255)
atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAACGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACCTTGATTTGTGTCAAAAATTa > 1:204963/1‑148 (MQ=255)
atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAATTTGGGTCAAAAATTa > 2:597909/1‑148 (MQ=255)
gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGCTTAGCTATATGTTTTTCAAATACAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAGTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa < 1:619385/148‑1 (MQ=37)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTTTTTTTCTACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATAAGGGGTATTaaaaaa > 2:219830/1‑148 (MQ=37)
ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa > 2:234400/1‑148 (MQ=255)
aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTAATTTGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAAATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatg > 2:424149/1‑148 (MQ=255)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaa < 1:290758/148‑1 (MQ=255)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaa < 1:237071/148‑1 (MQ=255)
cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaa > 1:379299/1‑148 (MQ=255)
acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAatgaatga > 1:123765/1‑148 (MQ=255)
acTGCCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAACGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATgaatgaat < 2:505664/148‑1 (MQ=255)
acTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATgaatgaat < 2:26956/148‑1 (MQ=255)
ttaCATGATAAATTAGTGTTTAGCTATATGTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCa < 2:469309/146‑1 (MQ=38)
tGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTGTTTTACTTTGCAACATAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCa < 2:370034/148‑1 (MQ=255)
ttgatgtttAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCaa < 2:95206/141‑1 (MQ=255)
tAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAg < 2:450537/148‑1 (MQ=255)
tatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:147296/148‑1 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaa > 1:546615/1‑148 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaa < 1:308685/148‑1 (MQ=255)
ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTCCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAACTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAt < 1:324916/148‑1 (MQ=255)
ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAt > 2:77826/1‑148 (MQ=255)
ctgtGCAACAGAACCTATAACAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa < 1:42381/145‑1 (MQ=255)
tttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 1:268077/148‑1 (MQ=255)
ttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTCTTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAGTGGAGAGGATAAAATGCAtt > 1:57819/1‑148 (MQ=255)
ttGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCCAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGTTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt < 1:323957/148‑1 (MQ=255)
gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 2:321912/1‑148 (MQ=255)
aaCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAt < 1:196585/148‑1 (MQ=255)
taAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTg > 2:425944/1‑148 (MQ=255)
aaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGCTTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 1:173793/1‑148 (MQ=255)
aTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaaaa > 1:294040/1‑148 (MQ=255)
aTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaaaa > 2:564805/1‑148 (MQ=255)
gggCTTAAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGa < 2:347865/148‑1 (MQ=255)
gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGGCTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGata > 1:488428/1‑148 (MQ=255)
cTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATCCATTATATAAAATTTAATGAGTCAAAAGataa > 2:105557/1‑148 (MQ=255)
ttAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGCGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGataat > 2:403903/1‑148 (MQ=255)
|
GCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGATAAT > CP000730/76824‑77111
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
