Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
85 |
107.7 |
2387914 |
93.1% |
2223147 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
478,502 |
C→A |
100% |
D342E (GAC→GAA) |
ndhF → |
NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 99.1%
| 398.3
/ ‑4.7
| 112 | D342E (GAC→GAA) | ndhF | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (55/56); total (55/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCA > CP000730/478365‑478639
|
gTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCt > 2:928154/1‑141 (MQ=255)
tgtgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGc < 1:697820/141‑1 (MQ=255)
tgtgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGc > 2:703172/1‑141 (MQ=255)
tgtgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGc < 1:308170/141‑1 (MQ=255)
gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTgg > 2:590438/1‑141 (MQ=255)
gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTgg < 2:1057175/141‑1 (MQ=255)
cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGa < 2:505214/141‑1 (MQ=255)
ttGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGAtt < 2:1075960/141‑1 (MQ=255)
ggTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTc < 1:677784/141‑1 (MQ=255)
gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa < 1:343024/141‑1 (MQ=255)
gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa > 1:1061983/1‑141 (MQ=255)
gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa > 1:1062003/1‑141 (MQ=255)
gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa > 2:884276/1‑141 (MQ=255)
gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa < 1:404505/141‑1 (MQ=255)
gtgtATACTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa < 1:969843/141‑1 (MQ=255)
gtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATg > 2:31468/1‑141 (MQ=255)
atatTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATggg > 1:235911/1‑141 (MQ=255)
tatTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGa < 1:329410/141‑1 (MQ=255)
tatTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTCAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGa < 2:251668/141‑1 (MQ=255)
ttCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACg < 1:1040831/141‑1 (MQ=255)
cagcagCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtg < 2:685711/141‑1 (MQ=255)
cagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTAt > 1:254751/1‑141 (MQ=255)
agcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGTGACGTGTAtt > 1:504923/1‑141 (MQ=255)
gcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTa < 1:714825/141‑1 (MQ=255)
cGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCGGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAg < 2:45233/141‑1 (MQ=255)
tattattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGc < 2:891465/140‑1 (MQ=255)
gATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGc < 1:56627/141‑1 (MQ=255)
attattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTTTATTTTTTTTCTATCGTAAAGCGCTTCAATATTCCAAAACAAGTATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGAGACGTGTAtttttt > 2:146192/1‑137 (MQ=255)
attattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCt < 1:286354/141‑1 (MQ=255)
tattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtat > 1:437465/1‑141 (MQ=255)
ttCATTTAATATTGCACGGTATTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtattt > 2:694188/1‑140 (MQ=255)
cATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAAGCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTAAATATTCCAAAACAAGCATCCGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATc < 1:101391/141‑1 (MQ=255)
tttAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGt > 2:1135147/1‑141 (MQ=255)
tAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTgg > 1:595716/1‑141 (MQ=255)
tGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTc > 2:556987/1‑141 (MQ=255)
gCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCt > 1:798307/1‑141 (MQ=255)
gCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCt > 2:90516/1‑141 (MQ=255)
gCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCt < 2:200552/141‑1 (MQ=255)
gCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGCCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCt > 2:1007487/1‑141 (MQ=255)
aTTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGTTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTAGTATCGTGGCATTTCTATTTTgg < 2:643048/141‑1 (MQ=255)
aTTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTgg < 2:437727/141‑1 (MQ=255)
tttttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGa > 1:609723/1‑141 (MQ=255)
tttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATg > 1:116630/1‑141 (MQ=255)
tttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATg > 2:156278/1‑141 (MQ=255)
aaaGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagt > 1:187700/1‑141 (MQ=255)
aaGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagta < 1:430129/141‑1 (MQ=255)
aaCATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGa > 2:121343/1‑141 (MQ=255)
cATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACa > 2:703676/1‑141 (MQ=255)
ttattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGa > 1:868384/1‑141 (MQ=255)
ttattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGa > 2:617389/1‑141 (MQ=255)
tattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGaa > 2:673201/1‑141 (MQ=255)
tattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGaa > 1:216056/1‑141 (MQ=255)
attTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAg > 2:396904/1‑141 (MQ=255)
tttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGt > 1:774331/1‑141 (MQ=255)
ttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTg > 1:411694/1‑141 (MQ=255)
tttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGc < 2:194247/141‑1 (MQ=255)
tACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGGGACAAGAGTGCat > 2:293763/1‑141 (MQ=255)
aCAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGAATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCata > 2:401097/1‑141 (MQ=255)
aaTCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCTAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATg < 1:75629/141‑1 (MQ=255)
aaTCAGGTTCTACCGTGAAGCGATTCAATATTCCAATACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATg < 2:832547/141‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAg < 1:606715/141‑1 (MQ=255)
aGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTg > 1:28779/1‑111 (MQ=255)
aGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTg < 2:28779/111‑1 (MQ=255)
gTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAgtgt > 2:1135931/1‑141 (MQ=255)
tCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTa < 1:184566/141‑1 (MQ=255)
aTCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGt > 1:1087647/1‑141 (MQ=255)
gTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCa < 1:1113113/141‑1 (MQ=255)
gTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCa < 1:848278/141‑1 (MQ=255)
gAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACt < 1:327731/141‑1 (MQ=255)
gAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACt > 1:503819/1‑141 (MQ=255)
gAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACt > 1:716834/1‑141 (MQ=255)
gCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAt < 1:1047988/141‑1 (MQ=255)
cGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt > 2:690580/1‑141 (MQ=255)
cGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt < 1:655684/141‑1 (MQ=255)
aTTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCt < 1:678249/141‑1 (MQ=255)
ttCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTa < 1:641028/141‑1 (MQ=255)
tatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATg > 2:129655/1‑141 (MQ=255)
ccAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTTTATTCTGGTTGCGTAGTGTCTGCAGCGCATATCTTGCGTTAAGTGCACTTATTCTAGGATGGTCa > 1:1134005/1‑141 (MQ=255)
ccAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCa > 2:864514/1‑141 (MQ=255)
ccAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGAACTCATTCTAGGCTGGTCa > 2:1149746/1‑141 (MQ=255)
aaaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTa > 2:517927/1‑141 (MQ=255)
aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTAc < 2:465465/141‑1 (MQ=255)
aCAAGCATCTGCTAAAGTAGCTTATGGCTGGATTGTCATTGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACt < 1:556357/141‑1 (MQ=255)
aCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTATCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACt < 1:467917/141‑1 (MQ=255)
aCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagtagt < 1:483397/88‑1 (MQ=255)
aCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagtagt > 2:483397/1‑88 (MQ=255)
aCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACt < 1:647692/141‑1 (MQ=255)
cAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACtt < 2:934474/141‑1 (MQ=255)
aaGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg < 2:914722/141‑1 (MQ=255)
aaGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg > 1:138763/1‑141 (MQ=255)
aaGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg < 1:703676/141‑1 (MQ=255)
aaGCAACTGCTAAAGAAGCTGACGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGGCATTACTTg > 2:247026/1‑141 (MQ=255)
cATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTAt > 1:398515/1‑141 (MQ=255)
cTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCtt > 2:729307/1‑141 (MQ=255)
tGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTg < 2:265899/141‑1 (MQ=255)
tGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTg < 2:540057/141‑1 (MQ=255)
gCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTgg > 1:1047334/1‑141 (MQ=255)
gCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTgg < 1:106107/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGa < 1:452926/141‑1 (MQ=255)
aaaGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAAt < 1:31468/141‑1 (MQ=255)
|
GTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCA > CP000730/478365‑478639
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
