Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F57 I1 R1
|
21 |
130.5 |
2698390 |
92.1% |
2485217 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
478,502 |
C→A |
D342E (GAC→GAA) |
ndhF → |
NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 99.4%
| 559.5
/ NA
| 176 | D342E (GAC→GAA) | ndhF | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (86/88); total (86/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAG > CP000730/478357‑478647
|
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ttATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCt < 1:62234/149‑1 (MQ=255)
ttATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCt < 1:584692/149‑1 (MQ=255)
ttATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCt < 1:1261487/149‑1 (MQ=255)
ttGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTa < 1:1309216/148‑1 (MQ=255)
aTGTTAGTTCAATGTGCATTGGTTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTa < 2:1314878/149‑1 (MQ=255)
aTGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTa < 2:405446/149‑1 (MQ=255)
tGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTAt > 2:1339803/1‑149 (MQ=255)
ttAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATgg > 1:1137174/1‑149 (MQ=255)
aGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAGGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCt > 1:365472/1‑149 (MQ=255)
aGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCt > 1:688003/1‑149 (MQ=255)
aGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCt > 1:793677/1‑149 (MQ=255)
aaTGTGCATTGGGTGTATATTCAACAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGAtt > 1:1003138/1‑149 (MQ=255)
gtgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTc < 1:1016407/149‑1 (MQ=255)
tgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTGTTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCGACATTGTTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAAAAGCTTATGGCTGGATTGTCa > 1:818463/1‑149 (MQ=255)
tgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTCAAGCAGCCTCTGGCTGGATtctcc > 2:1308066/1‑148 (MQ=255)
tgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa > 1:1123325/1‑149 (MQ=255)
tgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa > 2:463174/1‑149 (MQ=255)
gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCAt > 2:1062072/1‑149 (MQ=255)
gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCAt > 1:242401/1‑149 (MQ=255)
cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATg < 2:39607/149‑1 (MQ=255)
aTTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATgg < 1:1084707/149‑1 (MQ=255)
ttGGGTGTATATTCAGCAGCGCTTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATggg > 1:1198569/1‑149 (MQ=255)
ggTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACg < 1:957608/149‑1 (MQ=255)
ggTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGAACGGTACTTTGAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACg < 1:249057/149‑1 (MQ=255)
tgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtg < 1:370663/149‑1 (MQ=255)
tgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtg < 2:1133207/149‑1 (MQ=255)
gttaatTCAGCAGCGATCATTCATTTAATATTGACAGGTTTTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGAGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtgt < 1:12197/145‑1 (MQ=255)
gtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGGAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgggt > 2:409352/1‑149 (MQ=255)
gtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtgt > 1:202918/1‑149 (MQ=255)
tataTTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCGGGATTGTCATGGGACGTGTa > 2:23237/1‑149 (MQ=255)
tCAGCATCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGc < 2:69191/149‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCTATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTTTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGc < 2:35534/149‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAGGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGATGGATTGTCATGGGACGGGTGttgac > 1:598438/1‑146 (MQ=255)
tCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGc < 2:550766/149‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGGGTATTAGc > 1:479597/1‑149 (MQ=255)
caggaggtattattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAATCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCt < 2:629723/141‑1 (MQ=255)
agcagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCta > 1:1087083/1‑149 (MQ=255)
gcagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtat > 2:11221/1‑149 (MQ=255)
gcagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtat > 1:231623/1‑149 (MQ=255)
cagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtatt > 1:1055533/1‑149 (MQ=255)
gcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGAGGTGTATTAGCtatta‑t > 2:943898/1‑149 (MQ=255)
accccccatCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGCATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtatta‑t > 2:889839/9‑149 (MQ=255)
gATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTCAAGAAGCTTATGGTTGGCTTGTCATGGGATGTGTCTTTGCTATTA‑TCg > 1:1027816/1‑149 (MQ=255)
tattCATTTAATATTGCACGGTAGTTTGAAAGCAACATTATTTTTACAATGAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCACAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTgg > 1:1002630/1‑149 (MQ=255)
cATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCAtt > 1:1265814/1‑149 (MQ=255)
tttAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTc < 2:781437/149‑1 (MQ=255)
tttAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGATCTATCGTGAAGCGATTCGATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTGATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCAtttt > 1:924787/1‑148 (MQ=255)
ttAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCt > 1:1105038/1‑149 (MQ=255)
atcttGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTAtt < 2:1065027/146‑1 (MQ=255)
tatTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTAttt < 2:591772/149‑1 (MQ=255)
tagagCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTAttt < 1:147751/145‑1 (MQ=255)
tGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTgg < 1:500975/149‑1 (MQ=255)
tGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTgg < 2:854831/149‑1 (MQ=255)
tGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTgg > 1:257111/1‑149 (MQ=255)
tGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTgg > 2:224976/1‑149 (MQ=255)
cACGGTATTTTTAAAGCAGCATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTCCTATTTTGGAt > 1:974376/1‑149 (MQ=255)
cACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGAt > 2:812609/1‑149 (MQ=255)
cACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAAGTATTA‑TCGTGGCATTTCTGTTTTGGAt > 2:1258274/1‑149 (MQ=255)
cACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTAGCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGAt > 2:1155023/1‑149 (MQ=255)
aCGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTTTTAGCTATTC‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATg < 1:672210/149‑1 (MQ=255)
cGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGGGTATTAGCTATGA‑TCGTGGCGTTTCTATTTTGGTTGa > 1:166334/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagtag < 1:424767/149‑1 (MQ=255)
ttttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTg < 1:939617/149‑1 (MQ=255)
ttttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTg > 1:1010355/1‑149 (MQ=255)
ttttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTg < 2:718480/149‑1 (MQ=255)
tttttttatttttattTTTAAAATCAGGTTCTATAGTGAAGCGATTTACTATTCAAAAAAAAGAATCTGCTAAAGAAGCTTATGGTTGGATTGTAATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTATATTTTGGATGAGTAGTGag > 2:1203134/12‑148 (MQ=255)
ttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGAc > 2:165894/1‑149 (MQ=255)
gCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCAAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAg > 2:1009389/1‑149 (MQ=255)
aaCATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTg < 2:374570/149‑1 (MQ=255)
aaCATTATTTTTACAAGCAGTTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTg < 2:1324754/149‑1 (MQ=255)
ttattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCata < 1:1307929/149‑1 (MQ=255)
ttattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCata < 2:1198569/149‑1 (MQ=255)
ttttACCATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGaa < 2:101887/149‑1 (MQ=255)
ttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGTTTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGaa > 1:872702/1‑149 (MQ=255)
ttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGAAGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGaa > 1:1282565/1‑149 (MQ=255)
tttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAg < 2:1087083/149‑1 (MQ=255)
tttACAATCAGGTTCTAGCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAg < 1:210826/149‑1 (MQ=255)
tACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGTTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAgtg < 2:849330/149‑1 (MQ=255)
tACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAgtg < 1:1050399/149‑1 (MQ=255)
cAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGCGTAGTGACAGAAGTGCCTCTGCAGTGtt > 2:249898/1‑149 (MQ=255)
tCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGAACATGGATTAGCTCCAATTCGT‑GCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACt < 1:643197/149‑1 (MQ=255)
tCGTTAAGCGATTCAATCTTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGGAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt < 2:271741/149‑1 (MQ=255)
tCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACACGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt < 1:83837/149‑1 (MQ=255)
tCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt < 1:192666/149‑1 (MQ=255)
tCGTGAAGCGATTAAATATTCCAAAACGAGCCTCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt < 1:722166/149‑1 (MQ=255)
cGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTc < 1:1062072/149‑1 (MQ=255)
gAAGCGATTCAATATTCCAAGAGAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAg < 2:1214798/149‑1 (MQ=255)
gAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATCGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGCGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAg < 2:961802/149‑1 (MQ=255)
cGATTCAATATTCAAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATAAGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATg > 2:605935/1‑149 (MQ=255)
aaTATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCAtt < 1:1339803/149‑1 (MQ=255)
atatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACGGAAGTGCATATGAAGTGTTAGGTGCACTCATTATGGGATGCGCATTa > 2:322534/1‑149 (MQ=255)
atatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTa > 1:298773/1‑149 (MQ=255)
atatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTa > 1:725229/1‑149 (MQ=255)
aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCt < 1:96611/149‑1 (MQ=255)
aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCt < 1:1238609/149‑1 (MQ=255)
gCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGaa > 2:1181447/1‑149 (MQ=255)
cATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAAt > 1:1160932/1‑149 (MQ=255)
cATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTATATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTTTCTTGGGAt > 1:516932/1‑149 (MQ=255)
aGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAg < 1:930334/149‑1 (MQ=255)
|
TTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTA‑TCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAG > CP000730/478357‑478647
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
