Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F70 I1 R1
|
11 |
132.3 |
2683406 |
92.3% |
2476783 |
251.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,685,527 |
A→G |
G354G (GGT→GGC) |
fumC ← |
fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,685,527 | 0 | A | G | 98.3%
| 407.2
/ NA
| 117 | G354G (GGT→GGC) | fumC | fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (60/54); minor base T (2/0); total (63/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCT > NC_000913/1685261‑1685791
|
cccAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCACTACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCCTCTGCCAGCAACCGAACCGATTGAAGGAACTTGGGGATCACCATTGGAGGGAAGACGCTCATGTAAAGGTTGCCgggacg > 3:359245/1‑271 (MQ=255)
ccAGCGCAATGGCCCCAGCTTTTAAGGTCATCCCTTCTTTTTGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGGTAAGCTCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcgc < 4:173091/276‑1 (MQ=255)
cAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGCGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCCCACCGATTGCAGGAAAGTGTGGATAACCATTGGACGGAAGAAGTTCAGTTCAAAGTTTGCGGAAGCGcc > 4:549427/1‑276 (MQ=255)
gcgcAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCCCCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGccc > 2:378132/1‑275 (MQ=255)
gcgcAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCCCCGATTGCAGCAAATTTTGGATCACCATTTGACGGAAGACGTTCAGTTTCAAGTTTCCGGAAggggc > 1:190594/1‑270 (MQ=255)
gCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCCCCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGACGCGCCCCCCATGTTGa > 3:631186/1‑274 (MQ=255)
cTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCa < 2:85251/276‑1 (MQ=255)
ttgtaagtgcAGCCCTTCTTTATGTGCTTTTTTGTCGGTCTCGGCGGCGTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCa < 1:165150/266‑1 (MQ=255)
cAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTc > 1:197231/1‑274 (MQ=255)
aGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACCTCCTTccc > 1:282779/1‑275 (MQ=255)
ccTTCGTGATGCGCTTTTGTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGAGTGAGTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGGGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTGCCCCAt < 2:523677/275‑1 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTTATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACACACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGGTCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGACCCCCATGTTGTCGGCGACGTCGTTCCCCATCACTTGAca > 3:360452/1‑275 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGaacg > 2:534389/1‑273 (MQ=255)
tttttGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGc < 2:135100/276‑1 (MQ=255)
ttttGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGc < 1:631186/275‑1 (MQ=255)
ttttGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGAACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGc < 3:486234/275‑1 (MQ=255)
ttttGG‑GATCTCGGGGGCTTTGTCATAACCATTGTGGGTGTTACGCGCAGTCACCAGCATCAGCGGGTTATTGCGTACTGGGTCGCTTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTGTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCCAGCGCACCGCTTGCAGGAAATTGTGGATCAACATTGGACGGAAGGCGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGCTCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCa < 3:373403/275‑1 (MQ=255)
ttttGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAGACAATTTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTAACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCa < 1:359245/275‑1 (MQ=255)
tttGGCGATCTCGGGTGCTCTGTCGTAACCAATGTGGGTGTTAAGGACAGTCACCAGCCACAGCGATTCATTGATTAATTGATTGATTCGGTCACGATTCGGTTCAACACCCAATGGGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGAGTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCGGGAAGCGCCACCCATGTCGATCGCCACGGCGTTTCCCATCACCTGACAGCAGAGCa < 3:190594/275‑1 (MQ=255)
tttGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCa < 1:494656/275‑1 (MQ=255)
ggCGATCTCGTCTGCCTTGTCATAACCAATGTTGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGt < 4:534389/276‑1 (MQ=255)
cGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCTCAGTCACCAGCATCATCTATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAACACTTT‑CCATTCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTa < 2:611384/276‑1 (MQ=255)
gttccggctgTTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTTATTCATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAAt < 4:652577/272‑1 (MQ=255)
cggcggCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGcc < 3:197231/275‑1 (MQ=255)
cggcTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTGAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGGGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcac < 2:192454/276‑1 (MQ=255)
ggcTTTGTCATAAACAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATGGATTGAGTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAAGTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 2:575996/276‑1 (MQ=255)
ggcTTTGTCACAACAAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCAGCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 2:573307/276‑1 (MQ=255)
gcTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGATCACGCTTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 1:550164/275‑1 (MQ=255)
gatttGTCTGAACCAATATGGGTGTTAAACGAAGTCACAAGCCTCAGCGATTCATTGAGTAATTGGTTGATTTGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCAAGCCATCTGCCAGCAAGAGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 1:29206/273‑1 (MQ=255)
ttGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCGGTGTTTGGTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACt < 1:477683/274‑1 (MQ=255)
ctAACCGAAGTGTGTGTTAAGCGAAGTCACCATAATCAGCGATTCATTTAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCAGGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTgg < 4:541729/275‑1 (MQ=255)
aCCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTCTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCACCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGCTCGCCAc > 1:342973/1‑219 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACCGCAGAGCATGGTTAATGCCTCCAACTGTGTTGGTTTccttt > 4:642587/1‑272 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCCGCGCCTGGTTACTGCCTCACACTGGTTTGGGTTCACtt > 2:308718/1‑276 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGc > 4:311523/1‑253 (MQ=255)
gggTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTc < 2:311523/253‑1 (MQ=255)
ttAAGGGCAATCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCgg < 3:270666/275‑1 (MQ=255)
ttAAGCGCAGTCACCATCTTCAGCGATTCATTGGGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCgg < 1:360452/275‑1 (MQ=255)
aaGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATg > 1:340752/1‑235 (MQ=255)
aaGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCa < 3:663451/275‑1 (MQ=255)
gcgcAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGCTGGGTTCACTTTCCCCGGCAt > 3:576421/1‑274 (MQ=255)
cgcAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGATTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTTCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGa < 1:507995/275‑1 (MQ=255)
gcAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTa < 3:340752/235‑1 (MQ=255)
cAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGAGCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCCAAGACTGTGTTGCGTTCACTTTCCACGGCATGaatt > 4:649087/1‑273 (MQ=255)
tCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTACATTTCCCCGGCATGATTGAGc > 2:574521/1‑276 (MQ=255)
tCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCGGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCAACCGGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGttttgg > 3:256106/1‑272 (MQ=255)
tCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTAAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCCCCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGCTTCCATTTCCCCGGCATGATTGAg > 3:613518/1‑275 (MQ=255)
ccAACATAAGCGATTCATTGATGTATTGATTGATGCGCTCCAGATTCTGTTCAGTACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGc < 4:378132/276‑1 (MQ=255)
gCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCCCCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCCCTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAt > 2:9035/1‑276 (MQ=255)
gCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAt > 2:434715/1‑276 (MQ=255)
cATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGGTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCTTGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATAGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCg > 2:472087/1‑276 (MQ=255)
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ttGGGGATCCACATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGCTCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCCGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTgcgc < 3:575046/275‑1 (MQ=255)
gtactccATTGAACGGAAGACGTTCACTTCAAAGTTGCCGGAAGGCACCCCCATGTTTCTCGCCACGTCGTTCCCCATCACCGGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCCCACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAAc < 2:649087/271‑1 (MQ=255)
cACCATTGGACGGAAGAAGTTCAGGTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGGTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCa < 2:416525/275‑1 (MQ=255)
ccATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAg > 1:610375/1‑274 (MQ=255)
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ttcagttcaAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGGTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAg < 1:192663/275‑1 (MQ=255)
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|
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTT‑CCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAT‑TTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCT > NC_000913/1685261‑1685791
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
