Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F68 I1 R1
|
10 |
128.3 |
2671774 |
89.8% |
2399253 |
257.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,685,527 |
A→G |
G354G (GGT→GGC) |
fumC ← |
fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,685,527 | 0 | A | G | 98.7%
| 549.3
/ ‑4.8
| 154 | G354G (GGT→GGC) | fumC | fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (85/67); minor base T (2/0); total (87/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCTTCAAAT > NC_000913/1685261‑1685797
|
cgcggcgcAAGGTCCGCAGCGTTTAAGATCGTCCCTTCTTTATGCGTTTTGTTTGGGATCTCGGCGGATTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTGAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAg < 3:295115/270‑1 (MQ=255)
ccAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGGCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcg < 1:562684/275‑1 (MQ=255)
ccAACGCAAGGTCCGCAGCTTTGAAGGTCAGCCCTTATTTATGCTCTTTTTTGGCGAGCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGccc < 2:602920/278‑1 (MQ=255)
gcgcAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCCCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCCTTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAATTTGACGGAAGCcccccc > 4:427975/1‑277 (MQ=255)
gcgcAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTATGTCATAACCAATGAGGGTGTTAAGCGCAG‑CCACCAGCATCAGAGACTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTGCCATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCAATCTGCCAGCAAGCGCACAGATTGCAGGAACTTGTAGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTGAAAGTTGCCgataccccc > 3:697006/1‑266 (MQ=255)
cAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAACCTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGcccccc > 3:603852/1‑275 (MQ=255)
gggCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTTATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCTATCTGCCATCAAGCTCACCGATTGCAGGAAATTGTTGTTCACCCTTGGACGGCAGACGTTCAGTTCAAGATTGCCGGAAGCGccccccct > 2:250999/1‑272 (MQ=255)
gggCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTg > 2:99447/1‑278 (MQ=255)
gggCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGAGTCGGTTCAATACCCCCTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCACGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATTACCATGTGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGGGccccccc > 1:677681/1‑272 (MQ=255)
gccgccTCTTTTAATGTCATCCCTTTTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCTGCGGTTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTGAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGtt < 3:624572/275‑1 (MQ=255)
cGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCg < 2:196747/278‑1 (MQ=255)
gCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTCGGCGGTTTTTTGGCGATCTCGACGGCTTTGTCATAAACAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TAACCAGCATCAGCGATTAATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGAt < 1:673075/275‑1 (MQ=255)
gtttAAGGTTTGCCCTTCGTTATGCGCTTTGTTGGGGTTGTGGGCGGCTTTGGCATAAACAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCTGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGNGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCAcgt < 4:335068/277‑1 (MQ=255)
tCAGCCCTTCTTTAGGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGTATCAACGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTccc < 2:122511/277‑1 (MQ=255)
cAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATTTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTCGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCACGTTGATCGCCACGTCGTTc > 1:643052/1‑274 (MQ=255)
cAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTc > 1:536498/1‑274 (MQ=255)
gCCCTTCTTTATTCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCAACAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCACCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCAt < 2:306224/277‑1 (MQ=255)
ttgtttATGCGGTTTTTTGGCGAACTCGGCGGCTTTGTCCTAACCAATGTGTGTGTTAAGCGCCG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAACGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCt < 2:197496/275‑1 (MQ=255)
tttATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCt < 3:536498/275‑1 (MQ=255)
tATGCGCTTTTTTGTCGCTCTCGGCGCTGTTGTCGTAACCAATTTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGAcag < 2:146097/278‑1 (MQ=255)
tATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGAcag < 2:427975/278‑1 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACTAGCATCAGCGATTCATTGTGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTACAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTCCTGGAAATTGTGGATTACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCACAGTTGCCGGAAGCTCCCCCCATGTTGATCGCCAGGTGGTTCCCAATACCCTGAcaccc > 2:254114/1‑275 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCTTCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCACCCCATGTTGATCGCCACGACGTTCCCCATCACCTGAccgca > 2:288064/1‑278 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCCATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGCAGAGCCCCCCATGTTGGTCGCCACGTCGTTCCCCCTCCCCTGAcagcg > 2:158395/1‑277 (MQ=255)
gATCTCGGCGGATTTTGCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTa < 1:92818/275‑1 (MQ=255)
cttggcggcTTTTTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGcc < 4:609841/274‑1 (MQ=255)
ctctGCGGCTTTGTCATGACCAATGTGCGTGTTAAGCGCAG‑TGACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCGCACCATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTGTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTAACAGCAGAGCATGGTTAAt < 1:586085/274‑1 (MQ=255)
ggcggcTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TAACCAGAATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCt < 1:609114/275‑1 (MQ=255)
ggggtttggTCAAAACCAAGGTGTGGTTTAAGCGAAG‑TAACAAGAAACAGATATTCATTTGGTAATTGAGTGATTCGCTCACGATTCGGTTAAATACCCACTGCGAAGTTTTTGTTAAAATCTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGAAGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 4:250999/270‑1 (MQ=255)
gggggtttGTCATAACCAATGTGGTTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGATCACGATTCGGTTCAATACCCTCTGCGCAATGTTTGTTAAAACTTTCCATTCCATCTGCCAGCCAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGGTCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTc < 3:483567/270‑1 (MQ=255)
gcTTTGTCATAACCATTGTGAGTGTTAA‑CCCAGATCACCAGCATCAGCGATTAATTGGGTAATTTATGGATTCGATATCGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGCCGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 3:164465/275‑1 (MQ=255)
gcTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAACCTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 1:603852/275‑1 (MQ=255)
gTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 1:247551/270‑1 (MQ=255)
gTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTg < 2:463448/278‑1 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGCTTGCAGGAAATTGTGGATCACCGTTGGACGGAAGACGTTAAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCACGTTGATCGCAACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCAGGGGAAAGGCCTCAAACTGTCTTTGGtgtcgtttc > 4:369841/1‑270 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAg > 3:658928/1‑192 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACCGCAGAGCCTGGTTAATGCCTCCCACTTGTTTGTGTTCACTTTc > 4:38131/1‑278 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGAAGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGACACGGCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGGTAAGGCTTCAACCCGTGTTGGGTTCACt > 3:181144/1‑275 (MQ=255)
gtgtTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCgg < 2:107766/278‑1 (MQ=255)
gtTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCCCGTCGTTCCCCATCCCCTCACCGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTTGGTTCCCTTTcccc > 3:529847/1‑274 (MQ=255)
ttAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCgg < 1:655249/275‑1 (MQ=255)
ttAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCg > 1:427138/1‑274 (MQ=255)
gcAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGa > 1:181384/1‑274 (MQ=255)
aggccaccgCATCCGCGATTCCTTGACTAATTTATTGATTCGCTCACGATTCGCTTCCATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTg < 3:476344/267‑1 (MQ=255)
tCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGa < 1:517553/163‑1 (MQ=255)
cAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCt > 1:362473/1‑275 (MQ=255)
cAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCAt > 2:234479/1‑278 (MQ=255)
gattattgtaggaaTTGGTGGATTCGCTTACGAGTCGGTTCAATACCCAATGCGAAGTGTTTGTTAAAACGGTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTc < 4:390068/266‑1 (MQ=255)
gATTCATTGGGTAATTGATTGATCCGCTAACGATTCGGTTCAATACCCAATGCGAAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTTGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTc < 4:424448/278‑1 (MQ=255)
gATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTTGGTTCAATACCCACTGCGCAGTTTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCAACGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTc < 2:562662/278‑1 (MQ=255)
tGAGTAATTGATTGTGTCGCTCAGGAGTCAGTTCCATACCCACTGCGGAGGGTTTGTTATAACTTTCCATGCCATCTGGCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCCAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCATGTTGAGCGCCACGTCGTTCCCCAGCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGAtt < 4:143551/278‑1 (MQ=255)
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|
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAG‑TCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCTTCAAAT > NC_000913/1685261‑1685797
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
