Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A30 F33 I1 R1
|
10 |
135.0 |
2795192 |
89.2% |
2493311 |
261.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,685,527 |
A→G |
G354G (GGT→GGC) |
fumC ← |
fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,685,527 | 0 | A | G | 97.4%
| 539.0
/ NA
| 155 | G354G (GGT→GGC) | fumC | fumarate hydratase (fumarase C),aerobic Class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (79/72); minor base T (3/1); total (82/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCTT > NC_000913/1685261‑1685792
|
ccaacacAAGTGCCGCAGCTTGTACGTTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTCGCGATCTCCGCGGCTTTGTCATAACGCATGTGGTTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGTTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCTTGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGAACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcgc < 2:141649/270‑1 (MQ=255)
ccATCGCAAGGGCCGCAGCTGTTAATGTCCGCCCTTCGTTATGCGCGTTTTTGGCGATTTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTNCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAgcgc < 4:388436/276‑1 (MQ=255)
gcgcAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGccc > 2:281080/1‑275 (MQ=255)
cgcAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGACCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTAATTGCTTAGCTAACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATGGGACGGAAGACGTTAAGTTAAAAGTTGCAGGAAGCGcccc > 2:49507/1‑275 (MQ=255)
gggCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTTTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑GGt > 2:50770/1‑276 (MQ=255)
gggCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑Tg > 1:521650/1‑275 (MQ=255)
gCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCGTTATGCGCTTTTTTAGCGATCTCGGAGGCTTTGTCATAACCAATGTGTGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATGGATTCGCTCACGATTCCGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAATCTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGtt < 1:430751/275‑1 (MQ=255)
cGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑t < 2:402071/276‑1 (MQ=255)
gttAAGGTCATACCGTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCAcg < 2:602399/275‑1 (MQ=255)
cAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCCCTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATTCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTTGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGAGAG‑GCCCCCCACTGTTGA‑TGCCCAcgtcttgcg > 4:329650/1‑270 (MQ=255)
cAGCCCTTCTTTATGCGCTTTGTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAATCAATTTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGAGTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTccc < 2:387863/276‑1 (MQ=255)
cccTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGAGAGTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCCGTTCAAAGTTGCAGGAAGCGCACACCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTcacc > 2:86096/1‑276 (MQ=255)
tgggcTTTTTGGGCGATCTCGTCGGCGTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAACCGCCGGCACCAGCAGCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGa < 3:47969/270‑1 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGAGTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCCCCATTGGACGGACGACGATCAGTTGCAAGTTTCCAGTAGCGGCCCCAA‑TGTTGATTCTCCA‑GGCGTTCCCAATTACCTCAcg > 3:478488/1‑274 (MQ=255)
tGCGCTTTTTTGGCGATATCGGCGGCTTTGTCATAACCAATTTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGAcag < 2:672257/276‑1 (MQ=255)
tcTTTTGTGGCTGTCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTGACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGAcagca < 1:18489/274‑1 (MQ=255)
ttttGGCGATCTCGGCGGCTTTGTAATAACCAATGTGGGTGTTCAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGTGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCTCACTGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCa < 2:645120/276‑1 (MQ=255)
ggCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGAGTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGt < 2:457904/276‑1 (MQ=255)
cGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTa < 2:356895/276‑1 (MQ=255)
cGAGCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTa < 2:380087/276‑1 (MQ=255)
aTCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCCCCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACTTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCCCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACCTCGTTCCCCATCCACTTCCCGCAACGCATGGTTaa > 3:348133/1‑275 (MQ=255)
ctgcTTTGTCCTAACCAAGGTGAGTGTTAAACGCACTCACCAGCATCAGCTATTCATTTAGTAATTTGTTGAGTCGCTCACGCTTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcac < 2:684403/274‑1 (MQ=255)
gcTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 3:247640/275‑1 (MQ=255)
aCCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCCACACCTGACAGCCGAGCATGATTAATGCCTCACACTGTTTTGGGt > 3:181184/1‑275 (MQ=255)
aCCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGGCCTTCCCCATCCACTGACAGCAGAGCTTGGTTAATGCCTCCACCTGTGTTggg > 1:471840/1‑274 (MQ=255)
ccAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGt < 1:117865/274‑1 (MQ=255)
tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGTTTCACt > 1:57884/1‑275 (MQ=255)
tgtgGGCGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACCGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGTAA‑‑GCGCACCGACTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCCCGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCTGCACAATGTGGTGGGTGCAGtt > 2:184165/1‑276 (MQ=255)
ggTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTAACTTTcc > 2:628616/1‑275 (MQ=255)
gtgtTAAGCCCATTCACCAGCCTCACCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTGTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TTTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTccc < 2:710050/275‑1 (MQ=255)
tgtTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTc > 3:473459/1‑272 (MQ=255)
tttAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAACCTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCgg < 2:269995/275‑1 (MQ=255)
ttAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCgg < 1:563161/275‑1 (MQ=255)
ttAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGACCCCCA‑GTTTGA‑TCGCCCCGTCGGTCCCCATCCCCTTACAGCTAAGCATGGTTAAGTCCCCCCACTCTGTTTGGTCCACTTTcccctg > 4:645520/1‑273 (MQ=255)
tCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAg < 2:28057/275‑1 (MQ=255)
aTCAGCTGTTCATTGAGTAATTGAGTGATTGGCTCACGAGTCGGTTCAATACCCACTGCGCATTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGAACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCgg < 4:106836/275‑1 (MQ=255)
aTCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGc > 2:288394/1‑276 (MQ=255)
cAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCCCCTGGAAGCAGAGCCTGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGTGTTCCCTTTCACCGGCATGATTTAGCTGCCCGGCTc > 4:59604/1‑276 (MQ=255)
cAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGc < 1:523532/274‑1 (MQ=255)
cAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTACGCAGTGTTTGTTAAAGCTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCCCCATTGGACAGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCgg < 1:109426/273‑1 (MQ=255)
gCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGTTTCACTTTCCCCGGCATGCTTGAGCTGCCCGGCtta > 1:318790/1‑273 (MQ=255)
gCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCa > 1:271467/1‑275 (MQ=255)
tgttAATTGATTGATTCGCTCACCAGTCTGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTGCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATACCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGAt < 4:194809/273‑1 (MQ=255)
gAGTAATTGATTGATTCGCTCACGACTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTGCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGAt < 2:45659/276‑1 (MQ=255)
aGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCCCATTTTCCGGGAt > 1:411917/1‑275 (MQ=255)
attgattgATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCACTTCACAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATCGTTAATGCCTCACACTGTGTCTGGTTCCCCTTCCCCGGCCTGATTTAGCTTCCCGGCTCCTTTTCCgggttcgc > 3:491949/1‑269 (MQ=255)
cACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCg < 1:219513/275‑1 (MQ=255)
gcGATTCGGTTCAAAACACACATGGCAATGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTAGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCg < 4:86096/275‑1 (MQ=255)
tatCGGTTACATACCCCTTGGTCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCGGCCGGGAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAGTTTTTGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCACAGTTGCCGGTAGCGCCCCCCA‑TGTTGG‑TCGCCGCGTCGTTCCCCATCACCTGGCAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATAATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAgcg < 4:184165/274‑1 (MQ=255)
ttCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGcc < 4:453034/276‑1 (MQ=255)
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gttcaAAGTTGCCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACCCTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGCGATTTCACCACTTCCGCAGCCCGGGCCAGAGGCCCGCCCGCGGACCTCCTTGGCGACTTTCCTCAGTGCCGAAGCCAAACCTCTCCACGACCAGTTCGCCTGCAACAGGGCACCACAgtccacccagccct > 4:291494/1‑263 (MQ=255)
|
CCCAGCGCAAGGGCCGCAGCTTTTAAGGTCAGCCCTTCTTTATGCGCTTTTTTGGCGATCTCGGCGGCTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAA‑‑GCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCA‑TGTTGA‑TCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCTT > NC_000913/1685261‑1685792
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
