Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F999 I0 R1
|
96 |
52.5 |
3964927 |
95.8% |
3798400 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,829,233 |
C→A |
L97M (CTG→ATG) |
xanP → |
xanthine:H(+) symporter XanP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 100.0%
| 224.9
/ NA
| 54 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (34/20); total (34/20) |
GGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829187‑3829279
|
ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt > 1:2887774/1‑50 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt < 1:1640602/50‑1 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg < 1:1346714/50‑1 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 1:3112870/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 1:2554348/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 1:1883580/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 1:2145350/1‑50 (MQ=255)
tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 1:2853477/1‑49 (MQ=255)
tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 1:2148832/1‑49 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 1:2882719/1‑48 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:1627921/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg < 1:3150970/50‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:3425667/1‑50 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:3005377/1‑50 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 1:2199144/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg < 1:3067353/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg < 1:1827417/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:1484357/1‑49 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:1285189/1‑49 (MQ=255)
aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCa > 1:2971836/1‑50 (MQ=255)
aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCa > 1:394141/1‑50 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:224259/1‑49 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:3185156/1‑49 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:2607969/49‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc < 1:3159168/50‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGGTGTCTATTCAGGGCACCAGc > 1:2342074/1‑50 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt > 1:2237434/1‑50 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:2807886/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:1184811/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:1763968/1‑50 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc > 1:545771/1‑49 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc > 1:1418147/1‑49 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:1557153/50‑1 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:3865522/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 1:2937452/49‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt > 1:235597/1‑50 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt > 1:295284/1‑50 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:871077/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt > 1:2850173/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:3016755/50‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:2920424/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:725020/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:1242801/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:2764633/1‑50 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 1:3284811/50‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 1:3796137/50‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 1:1172156/50‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 1:387387/1‑50 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:3700491/50‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa < 1:2137469/50‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:2322693/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:341166/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:1208573/1‑50 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:2400421/1‑50 (MQ=255)
|
GGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829187‑3829279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
