Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F999 I0 R1
|
97 |
117.0 |
8624996 |
98.0% |
8452496 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,829,233 |
C→A |
L97M (CTG→ATG) |
xanP → |
xanthine:H(+) symporter XanP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 100.0%
| 356.0
/ NA
| 92 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (42/50); total (42/50) |
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279
|
tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 1:3668379/1‑50 (MQ=255)
tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 1:3110995/1‑50 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt < 1:4177014/49‑1 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt < 1:4016394/49‑1 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt < 1:6332925/49‑1 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 1:2468741/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:720919/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:716694/1‑50 (MQ=255)
tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc < 1:1926990/50‑1 (MQ=255)
tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:6111104/1‑50 (MQ=255)
tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:3018350/1‑50 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:5647407/1‑49 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:2170120/1‑49 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:6887318/1‑49 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCt < 1:7668206/49‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCt < 1:8509037/49‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:6800713/1‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:205477/1‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 1:5176874/50‑1 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt < 1:2981967/50‑1 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 1:1060218/1‑50 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg < 1:967616/50‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 1:5175618/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGc < 1:3286821/50‑1 (MQ=255)
aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCa > 1:4513544/1‑50 (MQ=255)
aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCa > 1:1514133/1‑50 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:2283892/1‑50 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc < 1:551871/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:2248266/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:4487396/1‑49 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:1824216/1‑49 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:3977651/1‑50 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:205952/49‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:2543886/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:6014505/1‑50 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:830318/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:7865733/1‑49 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:3652708/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:2035727/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:7511380/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:7352461/50‑1 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:1250294/50‑1 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:4967886/50‑1 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:1124252/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:2797881/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:3351310/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:1391600/1‑50 (MQ=255)
ggggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 1:901375/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 1:2399559/49‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 1:7268398/50‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 1:7576863/50‑1 (MQ=255)
ggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt > 1:5993317/1‑50 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:6783024/50‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:3363046/50‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:5761445/50‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 1:8439314/50‑1 (MQ=255)
ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:7811562/1‑50 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:7369460/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt > 1:3919211/1‑50 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:8466933/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:4408362/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 1:6646545/49‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTTAACTttgttg > 1:4438204/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:5678257/50‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:7284293/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:4170146/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:4363472/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:8378607/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 1:7449701/50‑1 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 1:5614924/50‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 1:4497347/50‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc > 1:765307/1‑50 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 1:4928570/50‑1 (MQ=255)
tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 1:7583149/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:1343894/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:4099787/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 1:3146616/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 1:5870363/50‑1 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:2712222/50‑1 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:1386308/50‑1 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:3187993/50‑1 (MQ=255)
ccGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 1:2695323/1‑49 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:4856540/48‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:5161248/48‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:6436763/48‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 1:3528546/49‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 1:2894391/49‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:8285055/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:6424569/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:2568922/1‑50 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:1956369/50‑1 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:3730455/50‑1 (MQ=255)
|
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
