Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F999 I0 R1
|
42 |
139.8 |
10793925 |
96.0% |
10362168 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,829,233 |
C→A |
L97M (CTG→ATG) |
xanP → |
xanthine:H(+) symporter XanP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 86.6%
| 307.7
/ 44.2
| 112 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/6); new base A (49/48); total (58/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829188‑3829279
|
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt > 2:4382149/1‑50 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg < 2:1212991/50‑1 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 1:4462927/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttgt > 2:1544162/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:2973132/1‑50 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:1336382/1‑49 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:5328816/1‑49 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 2:2044483/1‑49 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCt < 1:1261022/49‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTa > 2:700597/1‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTa > 2:3091301/1‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCt < 2:5198587/49‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 1:3727168/50‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:935262/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt < 2:3773068/50‑1 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGATGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 2:277643/1‑50 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:206984/1‑50 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 1:366944/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 1:3082712/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 1:4615505/50‑1 (MQ=255)
tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:2938383/1‑49 (MQ=255)
tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:772553/1‑49 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:85451/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:757314/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:1371170/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 2:506325/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGCCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAg > 2:5053335/1‑50 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:1789249/1‑50 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 1:404866/49‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:892543/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 2:74480/1‑49 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 2:4172233/1‑50 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:4272625/1‑50 (MQ=255)
tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:4164290/1‑48 (MQ=255)
tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 2:2590875/1‑48 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:1796672/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:3351606/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:615310/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:2097018/1‑50 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:4481459/1‑50 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:4697356/1‑50 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 2:620638/1‑50 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:975592/49‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc > 2:934663/1‑50 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt > 2:5242506/1‑50 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 2:969800/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:2569700/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:877385/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:35370/1‑49 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:3448181/1‑49 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 2:4432323/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 2:1640946/50‑1 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc > 1:2995044/1‑49 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:1531026/50‑1 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:3116686/50‑1 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:1471588/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:1333272/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:2764086/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:5200701/1‑50 (MQ=255)
ggggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 2:2931686/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 2:4278101/50‑1 (MQ=255)
ggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt > 2:3802803/1‑50 (MQ=255)
ggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt < 1:233099/50‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:4809961/50‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 2:3396515/50‑1 (MQ=255)
ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:3054092/1‑50 (MQ=255)
ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:4925217/1‑50 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:212273/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:1964821/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 2:4140282/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:2339389/49‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:520640/49‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:1184136/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:3029179/50‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:2251444/50‑1 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 2:369878/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:1407096/1‑50 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 2:1680638/50‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc > 1:4071464/1‑50 (MQ=255)
tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:415699/1‑50 (MQ=255)
tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:3090587/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 1:5391997/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc < 2:1428670/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc < 1:4419673/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 2:77710/1‑50 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 2:436252/1‑50 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 2:2098673/50‑1 (MQ=255)
tCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 2:373920/1‑50 (MQ=255)
ccGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 1:419323/1‑49 (MQ=255)
ccGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 2:3217221/1‑49 (MQ=255)
cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa < 1:1490986/50‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:4149808/48‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:1500372/48‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 2:4763890/49‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 2:2396821/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:4668429/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTAGTTGCCCTGCt < 2:5303824/48‑1 (MQ=38)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:3537440/1‑50 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 2:4757684/1‑50 (MQ=255)
ggCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:2565357/1‑49 (MQ=255)
|
GCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829188‑3829279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
