Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F999 I0 R1
|
91 |
166.1 |
11695708 |
96.8% |
11321445 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,829,233 |
C→A |
L97M (CTG→ATG) |
xanP → |
xanthine:H(+) symporter XanP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 92.0%
| 367.9
/ 22.1
| 114 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/5); new base A (41/63); total (45/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279
|
tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg < 2:4441726/50‑1 (MQ=255)
tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 2:5129295/1‑50 (MQ=255)
ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt > 1:3520411/1‑50 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt < 1:1416247/50‑1 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt > 2:1758342/1‑50 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt < 1:4281021/50‑1 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt < 1:4024257/49‑1 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 2:2610834/1‑50 (MQ=255)
cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg < 1:5371969/50‑1 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:192154/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:4977893/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt < 1:2700771/50‑1 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt < 1:4827701/50‑1 (MQ=255)
tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc < 1:5219862/50‑1 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 2:5781928/1‑49 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 1:2539673/50‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 2:2632080/50‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:3633012/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 2:1354037/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt < 2:414864/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:2567113/50‑1 (MQ=255)
tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:336082/1‑49 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 1:5317931/49‑1 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:5018446/49‑1 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:1141540/49‑1 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:1783706/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 2:3554609/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 2:2057508/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg < 1:3411797/50‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAggg > 1:3098067/1‑50 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:4256592/49‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 1:2592949/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGc < 2:4691820/50‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg < 1:1139876/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGc < 2:4554894/50‑1 (MQ=255)
aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCa < 1:351296/50‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc < 1:431324/50‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:2277333/1‑50 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 2:1710599/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 2:1583787/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 2:1450234/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:1833212/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:625744/1‑49 (MQ=255)
tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:142005/1‑48 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGTTGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:5382716/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:266509/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:277892/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:3834209/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:2230390/49‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:1628720/49‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc < 1:2795392/50‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt > 2:3196912/1‑50 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt > 2:555039/1‑50 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:4339304/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:656162/1‑50 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:3362262/1‑50 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:1842668/1‑49 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 2:367470/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 2:78883/50‑1 (MQ=255)
cTGGGGTCCGGTTGGCGCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 2:3999921/50‑1 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:5740421/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:2862627/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:3716075/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:1772133/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 1:3225288/49‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt > 2:2147302/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt > 1:1126547/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 2:5705544/50‑1 (MQ=255)
ggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt > 2:4766193/1‑50 (MQ=255)
ggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt < 1:3344020/50‑1 (MQ=255)
ggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt < 1:3979601/50‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt > 1:5633465/1‑50 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:5392646/50‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 2:4923787/50‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 2:3558927/50‑1 (MQ=255)
ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:2908498/1‑50 (MQ=255)
ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 2:1090140/1‑50 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:1293660/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 2:3441884/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:1685045/49‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 2:104977/50‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:5719560/50‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 2:5793635/50‑1 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:867907/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:2977372/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 2:2017213/1‑50 (MQ=255)
tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:5705665/1‑50 (MQ=255)
tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 1:4581270/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 2:1583648/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:5058537/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 2:3429085/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 2:156404/1‑50 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc < 1:830677/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 2:4287222/50‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 1:1398388/1‑50 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:1503296/50‑1 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:4146203/50‑1 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 2:4129429/1‑50 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:2375943/50‑1 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCACCGCTGAt > 2:3646735/1‑50 (MQ=255)
|
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
