Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F999 I0 R1
|
98 |
154.1 |
11406411 |
97.3% |
11098437 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,829,233 |
C→A |
L97M (CTG→ATG) |
xanP → |
xanthine:H(+) symporter XanP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 97.6%
| 462.8
/ NA
| 124 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (58/63); total (61/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279
|
tgGCCTCGATTATTCCAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 2:3202418/1‑50 (MQ=255)
tgGAATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg < 1:4632350/50‑1 (MQ=255)
ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt > 2:511125/1‑50 (MQ=255)
gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt > 2:3735992/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttgt > 2:2310057/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 2:715407/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:579607/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 2:5494598/1‑50 (MQ=255)
tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc < 2:2370626/50‑1 (MQ=255)
tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc < 2:176589/50‑1 (MQ=255)
cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:4742871/1‑49 (MQ=255)
ggttattCCAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 2:2488033/3‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCt < 2:5267476/49‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 2:1002990/50‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:2509381/1‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:2551963/1‑50 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 1:3683751/50‑1 (MQ=255)
gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 2:3082587/1‑50 (MQ=255)
attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt < 1:36447/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:4688790/1‑50 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 1:3520668/1‑50 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:295016/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:5399018/1‑50 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:2432481/1‑50 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:1604068/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:1872550/50‑1 (MQ=255)
ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:2105355/1‑50 (MQ=255)
attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:607372/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:1110334/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:2308575/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:226506/49‑1 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg > 2:1624352/1‑50 (MQ=255)
ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg < 1:4957475/50‑1 (MQ=255)
tCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg > 2:1424382/1‑50 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:4976578/49‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:230572/49‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg < 2:3101862/49‑1 (MQ=255)
aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTTTCTATTCAGGGCa > 1:2766000/1‑50 (MQ=255)
aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc < 1:3327647/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:1438438/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 2:34829/50‑1 (MQ=255)
ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:128673/50‑1 (MQ=255)
tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:1548111/1‑48 (MQ=255)
tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:547852/1‑48 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:5026970/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:2334607/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:3957047/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:3419690/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:4238513/49‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:4384901/1‑50 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 2:858050/49‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:2279557/49‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc < 1:5130112/50‑1 (MQ=255)
aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc > 2:4120315/1‑50 (MQ=255)
ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:3152201/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:4186447/1‑50 (MQ=255)
gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:2287371/50‑1 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:2959415/1‑49 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:1230997/1‑49 (MQ=255)
ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:2561700/50‑1 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:197101/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:907221/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:4343745/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:3278783/1‑50 (MQ=255)
tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGCGCACCAGCTTCaa > 2:5561768/1‑50 (MQ=38)
ggggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 1:964621/1‑50 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa < 2:924622/48‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 2:1503815/49‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 2:2739326/49‑1 (MQ=255)
gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt > 1:2791160/1‑50 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:5551671/50‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:2557399/50‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:4386815/50‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 2:4695993/50‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt > 1:5456545/1‑50 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 1:2722820/49‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:505517/49‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCCACTttgttg > 1:1458571/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 2:507355/50‑1 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:4195269/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:1285120/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:3985013/1‑50 (MQ=255)
ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:4576901/1‑50 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 2:3765875/50‑1 (MQ=255)
gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:837355/1‑50 (MQ=255)
ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc > 2:3811349/1‑50 (MQ=255)
tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:2776764/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:4494850/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:1336522/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 2:4016225/1‑50 (MQ=255)
ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 2:3771034/49‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 1:5498237/50‑1 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc > 1:5395104/1‑50 (MQ=255)
cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc > 1:305890/1‑50 (MQ=255)
cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:402708/48‑1 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:1949189/50‑1 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:4042691/1‑50 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 2:4070782/50‑1 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:4215951/50‑1 (MQ=255)
gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:5171110/1‑50 (MQ=255)
|
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
