Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A16 F999 I0 R1	97	117.0	8624996	98.0%	8452496	49.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,850,891	G→A	Q68* (CAA→TAA)	ilvN ←	acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,850,891	0	G	A	100.0%	490.7 / NA	124	Q68* (CAA→TAA)	ilvN	acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (80/44); total (80/44)

Only 100 of 124 total aligned reads displayed.

GGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA  >  NC_000913/3850844‑3850936

ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc                                             <  1:2776060/50‑1 (MQ=255)

ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc                                             >  1:1806006/1‑50 (MQ=255)

ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc                                             >  1:6610543/1‑50 (MQ=255)

ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc                                             >  1:6692059/1‑50 (MQ=255)

 gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt                                            >  1:6496266/1‑50 (MQ=255)

 gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt                                            >  1:2062552/1‑50 (MQ=255)

 gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt                                            >  1:7914243/1‑50 (MQ=255)

 gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt                                            >  1:1208417/1‑50 (MQ=255)

  aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt                                            >  1:5314511/1‑49 (MQ=255)

   cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa                                          <  1:8223598/50‑1 (MQ=255)

    tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat                                         >  1:4900365/1‑50 (MQ=255)

     gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat                                         >  1:7347859/1‑49 (MQ=255)

     gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat                                         >  1:6256544/1‑49 (MQ=255)

     gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat                                         >  1:5480569/1‑49 (MQ=255)

      aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca                                       <  1:4677893/50‑1 (MQ=255)

      aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc                                        <  1:8577321/49‑1 (MQ=255)

      aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat                                         <  1:7413598/48‑1 (MQ=255)

      aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat                                         <  1:1813148/48‑1 (MQ=255)

        tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc                                     >  1:1196605/1‑50 (MQ=255)

        tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc                                     >  1:1674000/1‑50 (MQ=255)

        tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc                                     >  1:1380641/1‑50 (MQ=255)

         aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc                                     <  1:3951205/49‑1 (MQ=255)

         aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt                                    >  1:7559983/1‑50 (MQ=255)

         aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt                                    >  1:7834349/1‑50 (MQ=255)

          cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt                                    <  1:2386062/49‑1 (MQ=255)

          cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt                                    <  1:1259915/49‑1 (MQ=255)

          cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg                                   >  1:3249753/1‑50 (MQ=255)

          cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg                                   <  1:6880049/50‑1 (MQ=255)

          cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg                                   <  1:3063403/50‑1 (MQ=255)

           gCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGc                                  >  1:5058527/1‑50 (MQ=255)

           gCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGc                                  >  1:4051593/1‑50 (MQ=255)

            cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt                                 >  1:1214668/1‑50 (MQ=255)

            cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt                                 >  1:2699894/1‑50 (MQ=255)

            cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt                                 <  1:7319844/50‑1 (MQ=255)

             tGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:6497506/1‑50 (MQ=255)

              gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:8449003/1‑49 (MQ=255)

              gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:5250759/1‑49 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTcc                               <  1:6499772/49‑1 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:1873438/1‑48 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:855517/1‑48 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:1037282/1‑48 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa                              <  1:200953/50‑1 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa                              <  1:6641291/50‑1 (MQ=255)

               cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa                              <  1:3930000/50‑1 (MQ=255)

                aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:4240542/1‑47 (MQ=255)

                aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:6296608/1‑47 (MQ=255)

                aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc                                >  1:368799/1‑47 (MQ=255)

                aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAg                             <  1:1313046/50‑1 (MQ=255)

                 cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa                            >  1:6839435/1‑50 (MQ=255)

                  tttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc                           >  1:3816779/1‑50 (MQ=255)

                  tttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc                           >  1:8358128/1‑50 (MQ=255)

                  tttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTACTCCAGAc                           >  1:6911816/1‑50 (MQ=39)

                   ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg                          >  1:1770048/1‑50 (MQ=255)

                    tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc                           <  1:1889360/48‑1 (MQ=255)

                    tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg                          <  1:3457949/49‑1 (MQ=255)

                    tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg                          <  1:1975106/49‑1 (MQ=255)

                     cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt                        >  1:3557053/1‑50 (MQ=255)

                     cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt                        >  1:8361815/1‑50 (MQ=255)

                      aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt                        <  1:4063078/49‑1 (MQ=255)

                      aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg                       <  1:1434983/50‑1 (MQ=255)

                      aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg                       >  1:5199574/1‑50 (MQ=255)

                      aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg                       <  1:5221596/50‑1 (MQ=255)

                       cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg                      <  1:2210352/50‑1 (MQ=255)

                       cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg                      <  1:389812/50‑1 (MQ=255)

                        gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt                     <  1:4528634/50‑1 (MQ=255)

                        gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt                     >  1:2786974/1‑50 (MQ=255)

                        gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt                     >  1:4911557/1‑50 (MQ=255)

                        gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCAAGACGCTGgt                     <  1:5007852/50‑1 (MQ=255)

                         aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc                    <  1:3548127/50‑1 (MQ=255)

                         aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc                    >  1:5165629/1‑50 (MQ=255)

                           aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt                  <  1:630188/50‑1 (MQ=255)

                           aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt                  >  1:4543437/1‑50 (MQ=255)

                           aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt                  >  1:6654168/1‑50 (MQ=255)

                            tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt                  >  1:799407/1‑49 (MQ=255)

                            tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt                  >  1:2962020/1‑49 (MQ=255)

                             cTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa                >  1:1757375/1‑50 (MQ=255)

                              ttCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt               >  1:7780855/1‑50 (MQ=255)

                              ttCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt               >  1:5469257/1‑50 (MQ=255)

                                ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt              <  1:5826921/49‑1 (MQ=255)

                                ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt              >  1:6260109/1‑49 (MQ=255)

                                 cAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGa            <  1:2953311/50‑1 (MQ=255)

                                  aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc           >  1:2792174/1‑50 (MQ=255)

                                  aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc           >  1:6798445/1‑50 (MQ=255)

                                   gCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc           >  1:1864170/1‑49 (MQ=255)

                                    cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc           >  1:445334/1‑48 (MQ=255)

                                     ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg        >  1:687714/1‑50 (MQ=255)

                                     ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg        >  1:4499350/1‑50 (MQ=255)

                                      tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg        >  1:338765/1‑49 (MQ=255)

                                       aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg        >  1:6365557/1‑48 (MQ=255)

                                       aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGt       <  1:1400198/49‑1 (MQ=255)

                                        tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg     >  1:2686398/1‑50 (MQ=255)

                                        tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg     >  1:5871170/1‑50 (MQ=255)

                                        tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg     <  1:6704935/50‑1 (MQ=255)

                                         cGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGATCAGTAGc    >  1:635733/1‑50 (MQ=255)

                                         cGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc    >  1:644915/1‑50 (MQ=255)

                                          gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc    >  1:4745390/1‑49 (MQ=255)

                                           aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc    >  1:895890/1‑48 (MQ=255)

                                           aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa  <  1:4268209/50‑1 (MQ=255)

                                           aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa  <  1:2329096/50‑1 (MQ=255)

                                            tttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc    >  1:3385003/1‑47 (MQ=255)

GGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA  >  NC_000913/3850844‑3850936

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A