Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F999 I0 R1
|
98 |
154.1 |
11406411 |
97.3% |
11098437 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,850,891 |
G→A |
Q68* (CAA→TAA) |
ilvN ← |
acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,850,891 | 0 | G | A | 100.0%
| 596.6
/ NA
| 155 | Q68* (CAA→TAA) | ilvN | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (80/75); total (80/75) |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA > NC_000913/3850844‑3850936
|
ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 2:3635116/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:2723718/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt < 2:1129125/50‑1 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:1138426/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:5317014/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:2419176/1‑50 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCtt < 2:3812488/50‑1 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCtt < 1:4630493/50‑1 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:1991997/1‑49 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:3013922/1‑49 (MQ=255)
cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 2:2516339/50‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 2:4396525/50‑1 (MQ=255)
tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:4175649/1‑50 (MQ=255)
gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:4941441/1‑49 (MQ=255)
gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:5052433/1‑49 (MQ=255)
aTTGCGCTGCACGTTTACGACATCTTCCAGCTTATAGATTTAGCTTat < 2:4529249/48‑1 (MQ=25)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca > 2:1774593/1‑50 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 2:781162/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 1:1265804/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc < 2:4837677/49‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc < 2:1357952/49‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat < 2:2759297/48‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat < 2:5358489/48‑1 (MQ=255)
ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat < 1:949771/50‑1 (MQ=255)
ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat > 1:611460/1‑50 (MQ=255)
tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc > 1:3946674/1‑50 (MQ=255)
aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc < 1:5372173/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:1853508/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:1308009/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:4901568/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:2658477/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 2:4873262/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:382437/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg < 2:4767393/50‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 2:1207203/1‑50 (MQ=255)
tGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 2:4319926/1‑50 (MQ=255)
tGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:5679603/1‑50 (MQ=255)
gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:2110520/1‑49 (MQ=255)
cACTTTCACGTCATCTTCAAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCGCCa < 2:5527284/50‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 2:5081602/1‑48 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 2:4081647/1‑48 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa < 1:3730448/50‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa < 1:2910740/50‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa < 1:752127/50‑1 (MQ=255)
aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 2:697049/1‑47 (MQ=255)
aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAg < 2:1642423/50‑1 (MQ=255)
cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa > 1:224392/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:1964221/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:3212589/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:4208182/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:3879551/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 1:3437194/1‑50 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc < 2:3454264/48‑1 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg < 2:3960387/49‑1 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGc > 1:2470911/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 2:4048185/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg < 1:3707622/50‑1 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg < 2:2213552/50‑1 (MQ=255)
cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 1:5597735/50‑1 (MQ=255)
cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 2:4182680/50‑1 (MQ=255)
cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 1:376203/50‑1 (MQ=255)
gACATGTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt < 2:4906403/50‑1 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt < 2:1087835/50‑1 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt < 2:4721529/50‑1 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:119196/1‑50 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:843160/1‑50 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 2:1642931/50‑1 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 1:3412226/50‑1 (MQ=255)
cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg > 1:1000500/1‑50 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:1857507/1‑50 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgtc < 2:1044195/46‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa < 1:3963957/47‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt > 2:3042402/1‑49 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt > 2:4544486/1‑49 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt < 2:4148655/48‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCCCCAGACGCTGGTCGTCAtt < 2:4459518/49‑1 (MQ=255)
cAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTg < 1:4042904/49‑1 (MQ=255)
cAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGa > 1:768648/1‑50 (MQ=255)
aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 2:2571582/1‑50 (MQ=255)
gCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAcc < 1:1481892/50‑1 (MQ=255)
gCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:2592069/1‑49 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:4394950/1‑48 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 2:5316551/50‑1 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:1010393/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:3049394/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:454466/1‑50 (MQ=255)
tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:2093746/1‑49 (MQ=255)
tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:1456181/1‑49 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg < 1:394963/48‑1 (MQ=255)
tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTa < 1:1841905/49‑1 (MQ=255)
tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg > 1:1460619/1‑50 (MQ=255)
cGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:838692/1‑50 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGcc < 1:3212153/50‑1 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:5013541/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:4263273/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:5644999/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:680709/1‑49 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:1219774/1‑48 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:1206220/50‑1 (MQ=255)
tttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:632207/1‑47 (MQ=255)
|
GGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA > NC_000913/3850844‑3850936
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
