Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F999 I0 R1
|
91 |
166.1 |
11695708 |
96.8% |
11321445 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,850,891 |
G→A |
Q68* (CAA→TAA) |
ilvN ← |
acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,850,891 | 0 | G | A | 94.7%
| 691.8
/ 20.8
| 190 | Q68* (CAA→TAA) | ilvN | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/4); new base A (104/76); total (110/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGA > NC_000913/3850843‑3850938
|
cggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTgg > 1:4888826/1‑50 (MQ=255)
ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 2:60643/1‑50 (MQ=255)
ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 2:3673494/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:5582540/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:5351652/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:3995678/1‑50 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCtt < 1:4667201/50‑1 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:1255697/1‑49 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:275194/1‑49 (MQ=255)
cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 2:168762/50‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa > 2:456456/1‑50 (MQ=255)
tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:860747/1‑50 (MQ=255)
tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:2240702/1‑50 (MQ=255)
tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 2:1396744/1‑50 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTat < 1:5361847/48‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca > 2:5466771/1‑50 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc < 1:5016476/49‑1 (MQ=255)
ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat > 2:5314007/1‑50 (MQ=255)
ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat < 2:1564853/50‑1 (MQ=255)
tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc > 2:3130110/1‑50 (MQ=255)
aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt > 1:2913067/1‑50 (MQ=255)
cGCTGCACTTTTACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:1834126/49‑1 (MQ=38)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 1:3851003/1‑50 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 2:4574920/1‑50 (MQ=255)
gCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGc > 1:2192345/1‑50 (MQ=255)
gCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGc > 2:4947945/1‑50 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt > 1:3664827/1‑50 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt < 2:4127317/50‑1 (MQ=255)
tGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTc > 1:4880905/1‑50 (MQ=255)
gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:2613041/1‑49 (MQ=255)
gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:5494302/1‑49 (MQ=255)
gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:4809336/1‑49 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTcc < 2:1731430/49‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTcc < 2:2416015/49‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 2:5031314/1‑48 (MQ=255)
aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAg < 2:1308607/50‑1 (MQ=255)
cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa < 2:864727/50‑1 (MQ=255)
cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa > 1:3903170/1‑50 (MQ=255)
tttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc > 1:4851037/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 1:5110480/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:2240854/1‑50 (MQ=255)
ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:4982663/1‑50 (MQ=255)
cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGc < 1:1713264/49‑1 (MQ=255)
cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt > 2:2705000/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 1:4606852/49‑1 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 1:1072235/49‑1 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 2:4138827/49‑1 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 2:3933772/49‑1 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 1:1016427/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg < 1:2539477/50‑1 (MQ=255)
cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 1:423668/50‑1 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 2:524161/1‑50 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 2:5354568/1‑50 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 2:2944009/50‑1 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:5818701/1‑50 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:2575359/1‑50 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:1186075/1‑50 (MQ=255)
tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:3527880/1‑49 (MQ=255)
tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:1100421/1‑49 (MQ=255)
tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:5656866/1‑49 (MQ=255)
cTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa > 2:5063510/1‑50 (MQ=255)
ttCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt > 1:2986021/1‑50 (MQ=255)
tCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt > 1:2132741/1‑50 (MQ=255)
tCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt > 1:3436443/1‑50 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa < 1:5841191/47‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt < 2:730697/42‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt < 2:281169/49‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt > 1:3435961/1‑49 (MQ=255)
cAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTg < 1:457980/49‑1 (MQ=255)
cAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGa < 2:4831484/50‑1 (MQ=255)
cAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGa > 2:4225491/1‑50 (MQ=255)
aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 2:1824062/1‑50 (MQ=255)
gCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAcc < 1:1999143/50‑1 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 2:5623469/50‑1 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 1:1437994/50‑1 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 1:2408828/50‑1 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:4727374/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:1511669/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:1944039/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:986482/1‑50 (MQ=255)
tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:4253209/1‑49 (MQ=255)
tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:2770649/1‑49 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGt < 2:250575/49‑1 (MQ=255)
tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg < 1:746547/50‑1 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGcc < 2:3447081/50‑1 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGcc < 1:5198910/50‑1 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:4595933/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:1936452/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:3766018/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc < 1:4380310/49‑1 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:2418610/1‑49 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:3060057/1‑49 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:5579308/50‑1 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:3390463/50‑1 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:1632756/50‑1 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:4110334/50‑1 (MQ=255)
tttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:4611530/1‑47 (MQ=255)
tttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:3013455/1‑47 (MQ=255)
tttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAg < 1:5471261/50‑1 (MQ=255)
tGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGa < 1:5637748/49‑1 (MQ=255)
|
CGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGA > NC_000913/3850843‑3850938
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
