Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F999 I0 R1
|
92 |
59.4 |
4455785 |
96.3% |
4290920 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,850,891 |
G→A |
Q68* (CAA→TAA) |
ilvN ← |
acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,850,891 | 0 | G | A | 100.0%
| 243.5
/ NA
| 60 | Q68* (CAA→TAA) | ilvN | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/23); total (37/23) |
GGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA > NC_000913/3850844‑3850936
|
ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 1:2285117/1‑50 (MQ=255)
gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:2648503/1‑50 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:2977754/1‑49 (MQ=255)
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:3562729/1‑49 (MQ=255)
cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 1:181819/50‑1 (MQ=255)
tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:877859/1‑50 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 1:918883/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 1:139866/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat < 1:1775242/48‑1 (MQ=255)
aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc < 1:1522627/49‑1 (MQ=255)
aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt > 1:392319/1‑50 (MQ=255)
aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt > 1:403042/1‑50 (MQ=255)
aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt > 1:757425/1‑50 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:3098158/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:188769/49‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 1:20139/1‑50 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg < 1:2167646/50‑1 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 1:250701/1‑50 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt > 1:1725959/1‑50 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt < 1:3827769/50‑1 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt < 1:2272130/50‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTcc < 1:857235/49‑1 (MQ=255)
cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:1670619/1‑48 (MQ=255)
cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa > 1:2531718/1‑50 (MQ=255)
cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa > 1:1186722/1‑50 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc < 1:1513055/48‑1 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc < 1:1462701/48‑1 (MQ=255)
cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt > 1:2747149/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg < 1:989124/50‑1 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:2885391/1‑50 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:1348306/1‑50 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:3273224/1‑50 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 1:3683892/50‑1 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc > 1:3557279/1‑50 (MQ=255)
cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg < 1:3469361/50‑1 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:3905826/1‑50 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:3042443/1‑50 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt < 1:3752592/50‑1 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:3365512/1‑50 (MQ=255)
tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:2957123/1‑49 (MQ=255)
cTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa > 1:2697381/1‑50 (MQ=255)
ttCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt > 1:3096392/1‑50 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt < 1:2751240/49‑1 (MQ=255)
aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:2101154/1‑50 (MQ=255)
aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:2954719/1‑50 (MQ=255)
aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc < 1:1790907/50‑1 (MQ=255)
aGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:724387/1‑50 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:3393593/1‑48 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 1:1347226/50‑1 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:2869570/1‑50 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:3701841/1‑48 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:2844913/1‑48 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:4020487/1‑48 (MQ=255)
tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg > 1:1049543/1‑50 (MQ=255)
cGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:4431905/1‑50 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc < 1:3380537/49‑1 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:3441438/1‑49 (MQ=255)
gtttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:1597220/49‑1 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:1791212/1‑48 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:1623982/50‑1 (MQ=255)
|
GGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA > NC_000913/3850844‑3850936
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
