Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F999 I0 R1
|
96 |
52.5 |
3964927 |
95.8% |
3798400 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,850,891 |
G→A |
Q68* (CAA→TAA) |
ilvN ← |
acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,850,891 | 0 | G | A | 100.0%
| 242.5
/ NA
| 60 | Q68* (CAA→TAA) | ilvN | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (32/28); total (32/28) |
ACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA > NC_000913/3850846‑3850936
|
aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCtt < 1:1421872/50‑1 (MQ=255)
tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:1156942/1‑50 (MQ=255)
gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:1025625/1‑49 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca > 1:3013859/1‑50 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca > 1:1161912/1‑50 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 1:2786060/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 1:83022/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca < 1:3868001/50‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat < 1:2534029/48‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat < 1:3707933/48‑1 (MQ=255)
aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTCatc < 1:419586/49‑1 (MQ=38)
ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat < 1:3203512/50‑1 (MQ=255)
ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat < 1:367955/50‑1 (MQ=255)
tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc > 1:606953/1‑50 (MQ=255)
tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc > 1:1988111/1‑50 (MQ=255)
cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:3962862/49‑1 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt > 1:2079250/1‑50 (MQ=255)
cTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCt > 1:2823078/1‑50 (MQ=255)
gCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:917267/1‑49 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc < 1:1120719/48‑1 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg < 1:2811950/49‑1 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg < 1:935906/49‑1 (MQ=255)
tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGc > 1:3383725/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 1:3153039/49‑1 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 1:2010782/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 1:2973735/1‑50 (MQ=255)
aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg < 1:2350066/50‑1 (MQ=255)
cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg > 1:2431577/1‑50 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:2703122/1‑50 (MQ=255)
gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 1:603777/1‑50 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 1:1528284/50‑1 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 1:3039676/50‑1 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc > 1:451351/1‑50 (MQ=255)
aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 1:1097890/50‑1 (MQ=255)
cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg > 1:3563905/1‑50 (MQ=255)
cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg < 1:3529989/50‑1 (MQ=255)
aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:1041923/1‑50 (MQ=255)
cTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa > 1:746899/1‑50 (MQ=255)
cTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa > 1:658181/1‑50 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgtc < 1:824692/46‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgtc < 1:144396/46‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa < 1:210546/47‑1 (MQ=255)
ccAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt < 1:1892349/48‑1 (MQ=255)
gCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:3269349/1‑49 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGAc > 1:3423518/1‑48 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 1:3420804/50‑1 (MQ=255)
cTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCa < 1:2927442/50‑1 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:1782968/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:776418/1‑50 (MQ=255)
ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:1674516/1‑50 (MQ=255)
tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:2472406/1‑49 (MQ=255)
tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:3622364/1‑49 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:2751748/1‑48 (MQ=255)
aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGt < 1:383483/49‑1 (MQ=255)
tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTa < 1:1789249/49‑1 (MQ=255)
tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg > 1:1857193/1‑50 (MQ=255)
cGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:2253484/1‑50 (MQ=255)
gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:3387469/1‑49 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:2202646/1‑48 (MQ=255)
aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:2497630/50‑1 (MQ=255)
|
ACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCA > NC_000913/3850846‑3850936
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
