Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F3 I0 R1
|
37 |
151.9 |
2661736 |
97.3% |
2589869 |
271.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,560,455:1 |
+G |
100% |
intergenic (‑2/+1) |
glpR ← / ← glpR |
pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 98.7%
| 545.6
/ ‑2.8
| 155 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (72/80); total (75/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGAT‑AATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCATCCGGCGA > NC_000913/3560168‑3560740
|
ggCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cg < 1:709100/289‑2 (MQ=255)
ggCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cg < 1:138696/289‑2 (MQ=255)
tAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATc > 1:749881/1‑289 (MQ=255)
aaTTCGCCACCGGGGAGAATGATGCGAAAATCGTCTTTTACCATCAACGGGTTAGCAACGTTGAGATGGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGGGGGGCCGATATCGATAAAAAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTGTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATc < 2:1173489/288‑1 (MQ=255)
aaTTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTTACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGGGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATc < 2:1226683/288‑1 (MQ=255)
cGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCg < 1:903151/288‑1 (MQ=255)
cGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCg < 1:979253/288‑1 (MQ=255)
gaATGATGGGAAAATCTTCGTTTACCATCAACGTGTTAGCAAGGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCa < 2:1160929/288‑1 (MQ=255)
attaggCGAAAATCTTCTTTTACCCTCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGGTGGTGGCAATGCGCAAATTGCTTTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTGTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAg < 2:759799/282‑1 (MQ=255)
atgatgCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGGGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGGCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAg < 1:930733/287‑1 (MQ=255)
tgCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCAtt > 2:291667/1‑289 (MQ=255)
tgCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCACCTCAtt > 2:583486/1‑289 (MQ=255)
aaaTCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGATGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCGGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGTTCATTGAgg > 1:602027/1‑288 (MQ=255)
aaTCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGCGCCGATATCATTAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCGCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTACCCGTACTGGGAGGCAGCGCCGCACCGCTATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 1:1193649/289‑1 (MQ=255)
ttACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGCTGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGATcggcgagaac > 2:325785/1‑281 (MQ=255)
ttACCATCAACGGGTTAGCAACGTTGAGAGTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAt < 1:1138118/289‑1 (MQ=255)
ccATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 1:364906/277‑1 (MQ=255)
ccATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc > 2:364906/1‑277 (MQ=255)
aTCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGTACCGCCATGATGG‑CGCAGGAGCAGGTTTTGCTCCGACAGCTCATTGCGGTCGCGGCAAATActct > 2:907635/1‑289 (MQ=255)
tCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCCCGG‑CGTGTTAACCGAACTGGACGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGGTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATTGTcg > 2:1009296/1‑287 (MQ=255)
cAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGCTATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGACACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTACCCGACCTGGAAGGCAGACCCGCACCGCCCTGATGG‑CGCAGGCTGAGGGTTTGTTCCCACAGCTCACGGAGGTCgcggcgcagatgctgc > 2:1185302/1‑279 (MQ=255)
cAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAg < 1:1091843/261‑1 (MQ=255)
cGTGTTAGCAACGTTGGGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGGATAGTCTGCggg < 1:1127836/289‑1 (MQ=255)
gtgtTAGCAACGTTTAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGGGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCGTCGTTCTGGGTGGCCTGGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGc < 1:189966/289‑1 (MQ=255)
aGCAACGTTGGGATTGTTGGTGACAATTCGCAAATTGCTGTGATTGGG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACg < 1:719748/289‑1 (MQ=255)
aGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTg > 2:764065/1‑279 (MQ=255)
aGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTg < 1:764065/279‑1 (MQ=255)
aGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACg > 1:435804/1‑289 (MQ=255)
aGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGACACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACg > 1:1183389/1‑289 (MQ=255)
cGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGAGAATAGTTTGCGGGATGACTGAGaa > 1:700335/1‑289 (MQ=255)
ttGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATCGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCCCTCTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTCCGATCGTGCCACGG‑TGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGACGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCTCCAGCCCATTGACGTCGCGGTCAATAGTCCGCGGGCTGACGgatcatt > 2:420436/1‑284 (MQ=255)
tttgGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTAcc < 1:1265138/288‑1 (MQ=255)
ttgGTGACATTGCGCAAATTGCTGAGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCATCGCGCTGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCCTTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTCGGTGGCCTTGCGATCGCACCACGGACGCG‑TAACTGACCTGGTCGGCAGCGCCGTACCGCAATGATGGAC‑TCGGCTCGGGTTTTGCTCCGCCAGCCCATTGCGGTCGTGGGCAATAGTCGCCGGGCTGGCGGACaaactactcacac > 2:528127/1‑279 (MQ=255)
aCAATGGGGAAATTCGTGTGA‑TGAGCCAGGGCGGGCGCTACCGCTTCGGGCGGGGTGCCGATTTCGATAAACCGCGTCTAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTGGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCtt < 2:440547/289‑1 (MQ=255)
tGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGATCTACCAGCTCTTCGGt > 1:440547/1‑289 (MQ=255)
gcAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTAc < 1:47989/288‑1 (MQ=255)
gcAAATAGCTGTGATTGAG‑CAGGGCGTGCGCTACCGGTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACGTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCCTCCGTCTGGGTTGCCCTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTAc < 1:595762/288‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACa > 1:878176/1‑289 (MQ=255)
ggtttgATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGCGATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGGGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATaa < 1:791770/285‑1 (MQ=255)
tgtgATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCACAAGCACAATGAGGCTGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCCCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAAc > 2:959572/1‑288 (MQ=255)
gATTGAT‑CGGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTTGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCct < 1:145759/288‑1 (MQ=255)
gATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCct < 1:746052/288‑1 (MQ=255)
ggcgtgcgCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTGGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCct < 1:585110/277‑1 (MQ=255)
gcgtgcgATAACGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCAACTTTGCGGGCGATGCGATCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGCAGGCAGCGCCGAACCTCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTACCCCAGCCCATTGAGGTCGCGGCGAATAGGCCGCGGGCTTACGGAGACCTGCCCTACCGTCACTTACGTACTGCCCTAACCCGGCAGCTTAAc > 2:714350/1‑287 (MQ=255)
cgtgcgCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCct < 1:169787/276‑1 (MQ=255)
cgtgcgCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCct > 2:169787/1‑276 (MQ=255)
cgtgcgCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAg > 2:451484/1‑289 (MQ=255)
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aCCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCCTTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGat‑aa > 2:252794/1‑289 (MQ=255)
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gATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGACTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGACCTGGAAGGCCGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCCGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTTGCGGACAACTGCTCTACCTGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGGTTAACCAGTTCGAT‑ACTACCCTTGTCACGTTGtttttgtt > 2:807645/1‑287 (MQ=255)
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|
GGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAG‑CAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGAT‑AATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCATCCGGCGA > NC_000913/3560168‑3560740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A