Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F91 I1 R1
|
26 |
61.7 |
2321240 |
90.8% |
2107685 |
142.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
800,807 |
G→T |
A17S (GCG→TCG) |
ybhH → |
putative isomerase YbhH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 800,807 | 0 | G | T | 98.3%
| 175.8
/ NA
| 59 | A17S (GCG→TCG) | ybhH | putative isomerase YbhH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (26/32); total (27/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCC > NC_000913/800670‑800941
|
ttaATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTc < 1:392511/143‑1 (MQ=255)
ttaATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGACGGgctcgctc > 2:1096507/1‑143 (MQ=255)
ttaATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTAATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTc < 2:1047698/143‑1 (MQ=255)
aaacggagAGGTAAAGACATGAGAGATGCTCTGACCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGCGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGCGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCt < 1:70800/136‑1 (MQ=255)
aaTCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGTGGGCATTATTATGTTAAGAATACCCTGCGTGATGATGCGGGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCt < 1:139033/143‑1 (MQ=255)
aTCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTg > 1:146273/1‑143 (MQ=255)
ccGTTTAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTGGCACTTAATGTAAGCGTAGCGTAATAAGGTATGTTTTTAAAGTGAGGGCATTATGATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGt < 2:63441/142‑1 (MQ=255)
cGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGtt < 2:728585/143‑1 (MQ=255)
gTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGGTGATGCGAGGTGGCACCTCGAGGGGCGCGTCCCTGTTa > 1:992943/1‑143 (MQ=255)
aGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCgg < 1:770997/143‑1 (MQ=255)
gCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGa < 1:701624/143‑1 (MQ=255)
cTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGaa < 1:588442/143‑1 (MQ=255)
tCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTa > 1:1028453/1‑143 (MQ=255)
aTTTGAGGTCCTTTGCTCTTAAGGTAACCAGATCGCAATAAGTTATGTTGTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTAcc < 2:536233/143‑1 (MQ=255)
tGCTTCGCCCTTAATGTAACCATAACGAAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGCGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATc < 2:319638/143‑1 (MQ=255)
gCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGACAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCAGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCa > 2:428591/1‑143 (MQ=255)
tttGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCaaa < 2:300715/143‑1 (MQ=255)
tttGCCCTTAATGTAACCATATCCCAATAAGTGGTGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCaaa < 1:896502/143‑1 (MQ=255)
tgtGCCCTGAATGTAACCATATCGCAATAATTTATGTGTTTAAAGTGAGGGCATGATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCaaa < 2:707760/141‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGGGATGGTGTTGCTTGAAACCTCGAGGGGCTCGTTACTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAAc > 1:263867/1‑143 (MQ=255)
ttAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAgcg > 1:328464/1‑143 (MQ=255)
aaCCATACCGCAATAAGTTATGTTTTTAACTTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGCCTCGTTCCTGTTAGCGGACCATTTACCCGAAGATCAAACGCACCGCGATaaa > 2:218705/1‑143 (MQ=255)
aCCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATaaaa < 2:974244/143‑1 (MQ=255)
acATGTCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAat > 2:471845/2‑143 (MQ=255)
cATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCATTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAata > 1:531822/1‑143 (MQ=255)
atatCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAatat < 1:217710/143‑1 (MQ=255)
cAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATgg > 1:577301/1‑143 (MQ=255)
aaTAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGc > 2:319275/1‑143 (MQ=255)
aaTAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATATACCCGAAGACCCAACGCAGCGCGATAAAAGATTGATGGc > 2:670300/1‑143 (MQ=255)
aaTAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGAGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGc > 1:187999/1‑143 (MQ=255)
tAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCaa > 1:271903/1‑143 (MQ=255)
aGTTATGTTCTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGACGAGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAAtt < 1:902507/143‑1 (MQ=255)
ttATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTAt < 1:236355/143‑1 (MQ=255)
ttATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGAGATAAAATATTGATGGCAATTAt > 2:280594/1‑143 (MQ=255)
tATGTTTGTAAAGTGAGGGCATTATTCTGAAAAAAATACGCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATg < 2:93595/143‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATgg > 1:699436/1‑143 (MQ=255)
aTGTTATTGGATTGGGGGGATTATGAGGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGACGTGCAACCCCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCCACCGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATgg < 2:1074603/143‑1 (MQ=255)
gTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGt < 2:271903/143‑1 (MQ=255)
tgtAAATTGAGGGCATTAGTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTcc < 1:228651/141‑1 (MQ=255)
ttgaaatGAGGGCATTATTGTGAAAAAACTACCCTGTGTGCGGATGCGAGGTGGAACGTATATGGGCTCGTGGCTGTTATCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCTATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCg < 2:134065/137‑1 (MQ=255)
aGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCGATTATGGGTTCCGGTAACGAt > 1:557886/1‑143 (MQ=255)
cccgttattaTGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCt < 1:255351/139‑1 (MQ=255)
cATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAACCACCCCGCGATAGAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTgg > 2:399737/1‑143 (MQ=255)
aaaaTACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAACGTGACGGTAt > 1:86537/1‑143 (MQ=255)
aaaCACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTGCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTAtt < 2:1139511/143‑1 (MQ=255)
aCCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGAGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTCCCCCAAGATCCAACGCAGCGCGCTAAGATAGTGATGGCAATTATGGGGTCCGGTAACGGTCTGTACATTCACGGTATTggcg > 2:520167/1‑143 (MQ=255)
tGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTAGAGGGGCTAGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTGCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGcggcgg < 2:719035/143‑1 (MQ=255)
tgatgaTGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAAt > 2:148396/1‑143 (MQ=255)
tgatgaTGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAAt < 2:420424/143‑1 (MQ=255)
atgatgCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATcc > 1:709520/1‑143 (MQ=255)
atgatgCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATcc < 1:471845/143‑1 (MQ=255)
atgCGAGGCGTAGGCGCGAGGGGCTCGTGCCTGTTAGCATAACATTTACCCGAAGGTCAAACGCAGCGCGATAAAACATTGCTGGCAATTCTGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACt < 1:1115603/143‑1 (MQ=255)
cGAGGTGGAACCTCGGGGGGCTCTTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATAATGGCGGCATTTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGAc < 2:763727/143‑1 (MQ=255)
cGAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTCCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAAGTGACGGTATTGGCGGAGGTAAACCACTGAc > 2:1154200/1‑143 (MQ=255)
gAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTgcac > 1:147900/1‑140 (MQ=255)
gAGGTGGAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAACTGCCGGTACAGGCGGCGGGAATCCACTGAcc > 2:995075/1‑143 (MQ=255)
ggAACCTCGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACTAGTaa > 2:298585/1‑143 (MQ=255)
cGAGGGGCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCTAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGcc < 2:644771/143‑1 (MQ=255)
gggCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTCCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCa > 2:436658/1‑121 (MQ=255)
gggCTCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTCCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCa < 1:436658/121‑1 (MQ=255)
|
TTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCC > NC_000913/800670‑800941
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
