Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F2 I0 R1
|
193 |
6708.0 |
8620653 |
98.5% |
8491343 |
136.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,780,176 |
A→C |
16.1% |
intergenic (‑75/+95) |
phoP ← / ← purB |
two‑component system response regulator PhoP/adenylosuccinate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,780,176 | 0 | A | C | 16.1%
| 227.1
/ 15.1
| 140 | intergenic (‑75/+95) | phoP/purB | two‑component system response regulator PhoP/adenylosuccinate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/27); new base C (2/23); total (89/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGTT > NZ_CP022686/4780037‑4780315
|
tCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACATCGCATTGTCTTCAACAAACAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATtaaataaa > 1:812937/1‑140 (MQ=255)
tCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATtaaataaa > 1:1069033/1‑140 (MQ=255)
tCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATtaaataaa > 2:726625/1‑140 (MQ=255)
tCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATtaaataaa > 8:82795/1‑140 (MQ=255)
ccTGAATCTGAACTATAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAAc < 1:671230/140‑1 (MQ=255)
ctgtttCTGAACTTTAAGGTGTTTACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTAGGCGCAATTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATTGTGTAAAGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTATATAAAcc < 2:873543/135‑1 (MQ=255)
aaTCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCatc > 5:519438/1‑138 (MQ=255)
aaTCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGAGATTATGGGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGc > 5:610827/1‑140 (MQ=255)
aaTCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAAAAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGTGTAAACATTAAATAAACAAGc > 1:41808/1‑140 (MQ=255)
aaatttAAGGTGGTGACTTAACAAAGCATATTCTTCAACAACCAGTACGCGAATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGAGTATCTCGATTATGTGGTTATGGTGGTAAACATTAAATAAAACAGCGgggga > 6:708282/4‑140 (MQ=255)
aaCTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGgggga > 1:305680/1‑140 (MQ=255)
gtgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 4:926782/1‑140 (MQ=255)
gtgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 3:332836/1‑140 (MQ=255)
gtgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 8:416487/1‑140 (MQ=255)
tAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGaaaa > 1:967009/1‑140 (MQ=255)
acaacGCATTGTCTTCACCAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAACCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGaaaaaa > 3:99474/1‑140 (MQ=255)
aacGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGTGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATa > 2:1111263/1‑140 (MQ=255)
aacGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATa > 2:1111260/1‑140 (MQ=255)
cGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATaaa > 5:526050/1‑140 (MQ=255)
ccATTGACTACCACAACCACAACCCGCATTTTTATTTCACCCTCTCTTAATTATTAAAACAGCGTAACGCGATTATGTGCTTATGGGTCTAAACATAAAATAACCCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATaaaa < 2:13724/139‑1 (MQ=255)
cATTGTCTTCAACAACCAGAACGCGCAGTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAAAAGTGTACCGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGTGGTAATGTGAAAAAATaaaaa > 8:308677/1‑140 (MQ=255)
aTTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAg > 8:523608/1‑140 (MQ=255)
tCTTCCACAACCAGTACGCTCATTATTATTTCTCCCTGTATTAATAAATAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTAGGGGTGTAAACATTAAAAAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGa < 6:200597/140‑1 (MQ=255)
tCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGa > 5:591359/1‑140 (MQ=255)
cTTCCACAACCATTACGCCCATTTTTATTTATCCCTTTCTTTATTATTAAATTAGTTTAACGCGATTTTGATGTTATGGGTGTCAAAATAAAATACAACAGCGGGGGAGGGTAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGAt < 6:723470/140‑1 (MQ=255)
cTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAATGTGAATAAATAAAAAGCGGAt > 2:104652/1‑140 (MQ=255)
caacaaCCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGGTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAAt > 8:994892/1‑140 (MQ=255)
ccAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 6:64943/1‑140 (MQ=255)
ccAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 5:301037/1‑140 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaataa > 8:511910/1‑140 (MQ=255)
ttACGCTAATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGGGTACCGCGATTATGTGGTCACGGGGGAAAACAATAAATCAACCAGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAg < 4:937844/139‑1 (MQ=255)
tACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGc > 5:31228/1‑140 (MQ=255)
tACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGc > 1:324465/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCg > 1:1089840/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTATTGCTCCCTGTATTAAATAATAATATACGGTAACTCGATTATGTGTTTATGGTGGTAAACATTAAATTAACCAGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCg < 4:213500/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTTATATCTCCCTATCTTAATTATTAAAATCGTGTACCTCGATCATCCCGACACTGGCGTAAACAAACACTAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCg < 2:575361/139‑1 (MQ=255)
tttttATTTCTCCCTGTCTTAATTAATAAAATAGTGTACCGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGa > 4:1016912/1‑140 (MQ=255)
tttttATTTCCCCCTTTCTTAATAATTAAAATCGTGTAACGCGATGACGAGGTTATGCGGGTAAACATTCAATACACCCCCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGa < 6:332081/140‑1 (MQ=255)
ttttATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGAAAACATTAAATAAACCAGCGTGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGTATAATCTTAATAAGCAGGCCGGAc > 8:16153/1‑140 (MQ=255)
ttattaCTCCCTGTCTTAATAATTAAAATAGTGTAACGCTATTAGGTTGTTATGGGTGTAAACATAAAATACACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAg < 1:132365/140‑1 (MQ=255)
atatctcCCTCACCTAATAAATAAATTAGTGTAACGCGAGTAGTCGGTCATGGCTGAAACCATACAAGAACCCAGGGCGGGCGGGGACGTAAAGTGAAAAACTAAAACGCGGATAAGCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCa < 8:474745/137‑1 (MQ=255)
cctcCCTGTCTTAAATATAAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGCGAGGGGCCCAACCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCg < 4:1044619/139‑1 (MQ=255)
ctcCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGc > 3:228812/1‑140 (MQ=255)
cccTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGATAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCa > 4:452062/1‑140 (MQ=255)
cccTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCa > 2:481758/1‑140 (MQ=255)
cTGACTTAAATATTAAAATAGTGAACCGCGATTATGCGGTTACGGGGCCAAACATAACCTCACCCAGCGGGGGAGGGCAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATc < 4:860738/140‑1 (MQ=255)
ttcattcttAATATAGTGTCACGCGAGTATGTGGTTCTGGTGGTAACCATAACCTAACCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGGGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 3:813492/137‑1 (MQ=255)
ttAATTATTAAACTAGTGTCACGCGATTAAGGGGTTATGGGCCTAAACATAAAATCAACCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 6:72363/140‑1 (MQ=255)
ttAATTATTAAACTAGGCTACCGCGATTCTGTGGTTCTGGGCGACCACATCAACTCCCCCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 6:31228/140‑1 (MQ=255)
ttAATTATTAAAATAGTTTAACGCGCTTATTTTGTCATGGGTCTAACCATAAAATAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 3:633594/140‑1 (MQ=255)
ttAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGCTAACCACTAAATCAACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 1:696799/140‑1 (MQ=255)
ttAATAATTAAAATACTCTACCGCGATACTGTGCTTATGGGGGTAAACATAACATAAACCAGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 2:922332/140‑1 (MQ=255)
aaTTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGCACAGCATCGCCATCCGGCACt > 8:643648/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACCGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 3:618577/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCAGTGTTTTg > 7:89819/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 1:413138/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACAAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAGGAGGATAATATTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 4:767204/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAAAGAGATTATGTGGTTAGGGGGGTAATCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAACGCGGATAATCTGATTAAGCAGTCCGGACAGCATCGAAATCCGGCACTGTTTTg > 7:744365/1‑140 (MQ=255)
aaaatTAGTTTAACGCGTTTATTTCTTTAAGGGTTACAACATTACAAAAACCAGCGGGTGAGTGGAGTTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGTCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg < 1:1041316/139‑1 (MQ=255)
tAGTGTAACGCGTTTCTGTCGTTATGGCGGTAAACATTAACAACCCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCt < 6:893030/140‑1 (MQ=255)
gtgtAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAATGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTa > 3:73149/1‑140 (MQ=255)
tgtAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAATAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCAGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAt > 7:159651/1‑140 (MQ=255)
tgtAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAt > 4:187389/1‑140 (MQ=255)
tAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGCCAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAttt > 8:102206/1‑140 (MQ=255)
aaCGCTAATAAGTGGTTCTGGGGCTACACATAAACTCACCCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTc < 2:376543/140‑1 (MQ=255)
aaCCCGAATACGTGGTGAAGGCGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTc < 4:302505/140‑1 (MQ=255)
cgcgATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAg > 2:424530/1‑140 (MQ=255)
cgcgAGTATCTAGTTATTGGCTAAAACATAAAATAAACCAGCGGTGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAg < 8:782958/140‑1 (MQ=255)
tttctgttgtTTTGGGGGTAAACAATAAAACAACCAGCGTGGGCGGGTAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCTGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtca < 7:263422/136‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAACCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat < 2:1069033/140‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCAGCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 2:314655/1‑140 (MQ=255)
ttATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 3:534049/1‑140 (MQ=255)
ttATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 2:730764/1‑140 (MQ=255)
ttATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCCTCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATg > 5:689073/1‑140 (MQ=255)
ttATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCACCCATg > 6:556899/1‑140 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 3:155201/1‑140 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 8:108179/1‑140 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 1:1012860/1‑140 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACAAGCGGGGGAGGGGAGGTAATGTGAATAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCAGGGt > 3:53333/1‑140 (MQ=255)
ggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGAt > 5:953718/1‑140 (MQ=255)
ggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGAt > 4:262480/1‑140 (MQ=255)
tAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcg > 3:897228/1‑140 (MQ=255)
acaCAATAACTACACCACCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc < 7:969289/138‑1 (MQ=255)
aaaaATTAAATAAACAAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAACTAAATAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc < 5:518420/140‑1 (MQ=255)
aaaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGTATAATCTTAATAAGCAGGCCGGAAAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgctc > 6:33205/1‑138 (MQ=255)
aaaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc > 6:405210/1‑140 (MQ=255)
aaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGTACAGCATCGCAATCCGGCACTGTTTTGAGTCTTATTTCAGCTCATCATACATGGTTATGGcgcg > 3:777052/1‑140 (MQ=255)
ttAAAAAACCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCa < 6:385445/140‑1 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 7:398392/1‑140 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 2:997663/1‑140 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCAACAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 6:197418/1‑140 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGATTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 4:992219/1‑140 (MQ=255)
aataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGCCCAATg > 1:600647/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAATCGGATAATATTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCTTCAACCATGGTTATGGCTAGAACAATGTAGtt > 7:986979/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGCCAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 6:1037513/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGCCCAATGTAGtt > 1:850947/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 7:525148/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 4:421072/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 7:534661/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACAAATGTAGtt > 4:603007/1‑140 (MQ=255)
|
TCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGTT > NZ_CP022686/4780037‑4780315
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
