Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,780,176 |
A→C |
12.9% |
intergenic (‑75/+95) |
phoP ← / ← purB |
two‑component system response regulator PhoP/adenylosuccinate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,780,176 | 0 | A | C | 12.9%
| 276.7
/ 12.6
| 154 | intergenic (‑75/+95) | phoP/purB | two‑component system response regulator PhoP/adenylosuccinate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (91/37); new base C (2/21); total (93/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGTT > NZ_CP022686/4780037‑4780315
|
tCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATtaaataaa > 5:697465/1‑140 (MQ=255)
cTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAAcc < 4:507853/140‑1 (MQ=255)
taaTCTGAACTTTAAGGTTGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGAGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGTGTAAACATTAAATAAACCAg < 4:200561/139‑1 (MQ=255)
taaTCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTATCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTTTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAg < 7:809881/139‑1 (MQ=255)
taaTATGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTTCTCTCATTTTTATTTCTCCCTTTCTTAATTATTAAAATAGTGTACCTCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAg < 5:491855/139‑1 (MQ=255)
aaTCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGc > 3:591504/1‑140 (MQ=255)
tCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCgg > 3:122708/1‑140 (MQ=255)
tAAGGTGGTGACGTAACACCGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGggggagggga > 3:734887/1‑140 (MQ=255)
tAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACACCCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGggggagggga > 3:892686/1‑140 (MQ=255)
aaGGTGTGGACGTATCACCCCATTGGCTTCAACAACCAGTACTCGCACTTTTATTTCTCCCTGTGTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGTGTAAACATTAAATAAACCAGCGggggagggg < 2:674399/138‑1 (MQ=255)
gtgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 3:627193/1‑140 (MQ=255)
tgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGt > 4:769579/1‑140 (MQ=255)
aCGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCGGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACAAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGa > 3:511041/1‑140 (MQ=255)
cGTAACAACGCAGGTGCTTCACCAACCAGTCCCCGCATTTTTATTTCTCCCTGTATTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGGTATGTGTGTAAACATTAAATACACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTg < 2:1177402/138‑1 (MQ=255)
aaTTGTCTTCAACAACCAGTACGCTCTTTTTTATTTCTCCCTGTCATAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAACCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATaaaaa < 4:1096163/139‑1 (MQ=255)
tGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGTAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCg > 3:1050031/1‑140 (MQ=255)
tCTTCAACTCCCATGATGCCCATTTTTATTTCTACCTGTCATAATTATTAAATTAGTGAAACGCCATTCTGTGTGTATGGGGTCAAACATTCCATCACCCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGa < 6:524980/140‑1 (MQ=255)
ccTTCAACAACCATTACGCCCATTTTTATATCACCCTGGCATACTTATTAAAATAGTGAAACGCGATTATGTTGTCCTGTGGGTAAACATTACATAAACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGa < 6:310586/139‑1 (MQ=255)
cTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGAt > 6:631103/1‑140 (MQ=255)
aacaacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATc > 8:1036021/1‑140 (MQ=255)
aacaacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATc > 3:1064691/1‑140 (MQ=255)
aacaacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATc > 4:1220233/1‑140 (MQ=255)
caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATc > 2:461828/1‑138 (MQ=255)
accaattACGAGCCTTTTTATTTCTCCCTTTCTTAATTATTAAAATAGTGTCACGCGCTTCTTTGGTTCGGGGGGTAAACATTAAATATACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAATCGGATAATCTta < 8:724643/134‑1 (MQ=255)
acCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaa > 3:31623/1‑140 (MQ=255)
ccAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 3:190787/1‑140 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 2:6357/1‑138 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 1:987933/1‑138 (MQ=255)
tACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGc > 4:555045/1‑140 (MQ=255)
tACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGc > 4:90209/1‑140 (MQ=255)
cgcgCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAACCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGc > 1:1129079/1‑138 (MQ=255)
cgcATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGc > 6:146778/1‑140 (MQ=255)
gcATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATAAAAATAGAGTCACGCGATTATGTGGCTATGGGGTCAAACATTAACACCACCAGCGGGGGAGGGCAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGcc < 8:879512/140‑1 (MQ=255)
gcATTTTAATTTCTAACTGGCTTAATTAATAAAATCGTGTCACGCTCTTATGCGGTACTGGGCGCAAACATTCAAAACCCCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAgg < 2:866254/138‑1 (MQ=255)
cATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGc > 2:331608/1‑138 (MQ=255)
cATTTTTATTACTCCGTTCCTTAATTATTAACAATGTGTAACGCGATTATGTTGTTTGTGGTGTAAACATTAAATATCCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCg < 5:863024/140‑1 (MQ=255)
ttttATTACTACCTGGCTTAAAAATTAAAATCCTGTAACGCGAATATTGGGTTATTGCGGCAAACATTAAATAACCCAGCCTGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCgg < 2:265729/138‑1 (MQ=255)
tcacccTGTCTAAATTAATAAAATAGTGTAACCCGATGATGTGGTTATGGGGGTAAACATTACAAAAACCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCg < 8:474950/137‑1 (MQ=255)
cccTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCa > 6:588007/1‑140 (MQ=255)
tCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAGCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCgg > 5:118324/1‑140 (MQ=255)
ccTTAATTATTAAACTAGTGTCACGCGAGTATGTGGTTATGGGGGTAAACACTAAATAAACCAGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGCTACTCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCgg < 3:937981/139‑1 (MQ=255)
ttAATTATTAAAATAGTGCAACGCGATTATGTTTGTAGTCGGTTAAACATTAAATAACCCAGCGGGGGAGGGGAGCTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGTATAATCTTAATAAGCAGTCCGGACAGCATCGCCATCCgg < 1:517383/138‑1 (MQ=255)
ttAATTATAAAAATAGGGTACCGCGATTATGTGGTTATGGGGCTAAACAATAAATAACCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 8:1099019/140‑1 (MQ=255)
ttAAATATAAAAATAGTGAAACTCGATTTTCTGGTGATGGGGCTAAAAATTAAAAAACCCCGCGGGCGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 5:279811/140‑1 (MQ=255)
atAATTATTAAAAGACTGAAACGCGATTATGTGGATATGCGCGTACACATTAAATAAACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCATGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 5:593788/139‑1 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 6:422873/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 6:35893/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 4:439280/1‑140 (MQ=255)
taAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGAAGGCCGGACAGCATCGACATCCGGCACTGTTTTg > 4:361213/1‑140 (MQ=255)
aaaaaTACTGTATCGCGATTCTGTGGTTATGGCGGTAAACATTAACCAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg < 3:1172726/139‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTGTAACGCGCTTCTGTGGGTATGCGGGAAAACATTACAAACCCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg < 3:386293/139‑1 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCCCTGTTTTg > 1:622612/1‑138 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 2:800407/1‑138 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGATAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 1:178797/1‑138 (MQ=255)
tttAACGCGATTATGTGGTTATGGGGTTAAACATTAAATAAACCAGCGGTGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGTATAATCTTAATAAGCAGACAGGACAGCTTCGCCAGCCGCCACGGTTTTGAGGCGTAt > 6:112726/3‑140 (MQ=255)
gtAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAtt > 5:386078/1‑140 (MQ=255)
cccgcgATTATGTGGTTATGGCTGTCAACATTAAATAAACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTc < 7:274381/138‑1 (MQ=255)
accgcgATTATGTGGTTATGGGGGAAAACATTAAATACACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAtt < 2:773863/136‑1 (MQ=255)
aaCGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAtt > 2:206367/1‑138 (MQ=255)
cgcgATTATGTGGTTATGGGCTTAAACATTAAATACCCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTc < 2:135877/138‑1 (MQ=255)
taTTATGTGGGTATGGCGCTAACCAATAAATAAACCCGCGCGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtc < 3:226232/139‑1 (MQ=255)
gATTAGGTGGTTATGGGGGTAAACCTTAAATACCCCCGCGGGGGAGGGGAGGGAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtc < 6:1183788/140‑1 (MQ=255)
ttATGTTGTTATGGGGTTAAAAATAAACAAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat < 6:1004966/140‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 3:79571/1‑140 (MQ=255)
ttATGTCGTTATGGGCCTAAACATTAACTACACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat < 4:1159518/140‑1 (MQ=255)
tctgtgGGTAGGGGGGTAAACATAACATAATCCAGCGGGGGTGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATACAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGAAGGACAGCTTCGCCATCCGGTACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtca < 1:710856/136‑1 (MQ=255)
aTGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 1:293685/1‑138 (MQ=255)
gtgGTTTTCGTGGTAAACCTCAAATAAACCAGAGCGGGACGCTAGGTAAAGTGAAAAAATAATAAGAGGATATTCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCTCTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCaag < 6:690253/140‑2 (MQ=255)
gtttATGGGTCTAAACATTAAATAATCCCGGGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGTAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTAATCAACCa < 4:658522/138‑1 (MQ=255)
ttATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATg > 8:353686/1‑140 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 5:189023/1‑140 (MQ=255)
ggggtTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCAATGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACAATGGTGa > 3:141637/1‑140 (MQ=255)
gggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGCGCCTTATTTCAGCTCATCAACAATGGt > 1:358840/1‑138 (MQ=255)
gggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 1:934262/1‑138 (MQ=255)
gTAAACAATAAATCCACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgc < 4:856661/140‑1 (MQ=255)
tAAACATTAAATAAACCAGCGCGGCAGGTGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCATGCCGGACAGAATCGACATCCGACACTGTATTAAGGCTTATATCATCTCAAAAACCATACTGATTgcc > 6:991907/1‑139 (MQ=255)
caaaCCTTCAACAAACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCTGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcg < 3:1034768/139‑1 (MQ=255)
acaCATTAACTACCCCCGCGGTGGCGCGGAGGTAAAGTGAAAAAATAACAAGCGGATAATCTTAATACGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc < 7:316594/138‑1 (MQ=255)
aaaCATTAACTCCCCCACCCGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgc < 1:641249/138‑1 (MQ=255)
aaaCATTAAATCAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc < 8:457991/140‑1 (MQ=255)
aaaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc > 4:137227/1‑140 (MQ=255)
aaaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc > 8:1126319/1‑140 (MQ=255)
aaaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc > 3:1131585/1‑140 (MQ=255)
aaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcg > 1:976059/1‑138 (MQ=255)
aCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc > 2:517450/1‑138 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 4:864956/1‑140 (MQ=255)
aaaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTAGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCAAGGTGATGGCGCGACCaa > 8:544345/2‑140 (MQ=255)
aaaacacaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAACAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa < 3:919740/133‑1 (MQ=255)
aataacCCCGCGGGGCCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa < 2:293685/138‑1 (MQ=255)
aataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCTGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGCTGGCTCGACCaa > 1:504593/1‑138 (MQ=255)
aataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 1:510431/1‑138 (MQ=255)
ataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAAt > 2:545743/1‑138 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCgg > 7:570460/1‑42 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCgg < 8:570460/42‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGa > 4:646594/1‑65 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGa < 3:646594/65‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGCCCAATGTAGtt > 7:338835/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 7:701254/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 6:21661/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 4:825841/1‑140 (MQ=255)
|
TCCTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGTT > NZ_CP022686/4780037‑4780315
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
