Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F35 I0 R1
|
157 |
6985.9 |
8006972 |
98.3% |
7870853 |
134.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,780,176 |
A→C |
15.6% |
intergenic (‑75/+95) |
phoP ← / ← purB |
two‑component system response regulator PhoP/adenylosuccinate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,780,176 | 0 | A | C | 15.6%
| 175.2
/ 7.3
| 106 | intergenic (‑75/+95) | phoP/purB | two‑component system response regulator PhoP/adenylosuccinate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/18); new base C (2/17); total (70/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGTT > NZ_CP022686/4780039‑4780315
|
cTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATtaaataaa > 4:383550/1‑138 (MQ=255)
taaTCTGTACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTAAACAACCAGTACGCCTATTTTTATTTCTCCCTGTTTTAATTTTTAAAATAGTGTAACGCTATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAAcc < 3:347308/137‑1 (MQ=255)
tatcTTTTAGGTTGTGACGTAACAACGCATTGTATTCAACAACCTGTACGCGCTTTTTTATTTCTCCATGTCTTAATTATTATAATAGTGTAACGCTATTATGTGGTTATGGGGTTAAACATTAAATAAACCAGCggg < 5:369699/135‑1 (MQ=255)
gAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCTTTGTCTTCAACAACCACTACGCGAATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCTATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAACCCAGCggg < 3:303118/138‑1 (MQ=255)
gAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACCACCAGTACTCGTATTTTTATTTCTCCATGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCggggg < 7:140608/140‑1 (MQ=255)
gAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCggg > 4:937624/1‑138 (MQ=255)
cTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGgggga > 2:225096/1‑138 (MQ=255)
cTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGgggga > 5:723149/1‑138 (MQ=255)
aGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTATCCCTGTCTTAATTATGAAAATAGTGTAAAGCGATTATGTGGTTATGGGGGTACACATTAAATAACCCAGCGggggagggta > 1:275239/1‑136 (MQ=255)
gtgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTAGGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 7:913790/1‑140 (MQ=255)
tgACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGt > 8:583719/1‑140 (MQ=255)
gACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 1:370222/1‑138 (MQ=255)
gACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 5:710162/1‑138 (MQ=255)
gACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTAGGGGGGTAATCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAg > 6:259111/1‑138 (MQ=255)
aCGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACTCGATTATGTGGTAATGGGTGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGt > 2:91884/1‑138 (MQ=255)
gTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGTGGGAGGGGAGGTAAAGTGa > 1:433522/1‑138 (MQ=255)
ccATTGTCTTCAACAACAACTACGCGTATTTTTCTTTCTCCCTTTTATATTTATAAAAATTGTGTAACGCTATTTTGTGGTTATGCGGGAAAACATTAACACAACCAGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATaa < 2:152946/137‑1 (MQ=255)
tgtacaacacCCAGTACGCGCATTTTAATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAACTAGTGCAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAACCATTACATAACCCCGCGGGGCCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCg < 1:838674/134‑1 (MQ=255)
tCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCg > 1:617883/1‑138 (MQ=255)
tCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGa > 8:455040/1‑140 (MQ=255)
tCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGAGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAATTAAAAAGCg > 1:433076/1‑138 (MQ=255)
tCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCCATTATCTGGGTCTGGGGGTAAACATTACCTAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCg < 4:95319/138‑1 (MQ=255)
gattCAACAACCACTAAGAGCATTTTTATTTCTCCCTGTCATAATTATTAAAATAGTGTCACGCGATTATGTGGTTATGGTCGTAAACCTTAAATAACCCAGAGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCg < 4:902385/136‑1 (MQ=255)
cTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGTGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGAt > 7:235192/1‑140 (MQ=255)
ttCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGa > 1:102974/1‑138 (MQ=255)
tCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACAAGCGGGGGAGGGGAGGGAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGTAt > 1:586704/1‑138 (MQ=255)
ccAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 7:818011/1‑140 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 6:849753/1‑138 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 6:95075/1‑138 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 1:16914/1‑138 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 1:918800/1‑138 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGGCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 2:567516/1‑138 (MQ=255)
aGTACGCGCATTTTTATTTCTCACTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaat > 6:813016/1‑138 (MQ=255)
ttACGCGCATTTTTAGTTCTCCCTGTCATAATTAATAAAATACTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGTGTAAAAATAAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTtaata < 3:195479/137‑1 (MQ=255)
tACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGTAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGTATAATCTtaataa > 6:820736/1‑138 (MQ=255)
aCGCTCATTTTTATTTCACCCTGCCTTAATTATTATAAAAGCGTAACGCTATTAAGTCGTTATGGCGGTAAACATTAAATACCCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAg < 4:730292/138‑1 (MQ=255)
cgcATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGCGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGc > 7:79357/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTTATTTCTCCCTTTATTAATTATTAAAATTGTGTAACGCTTTTATGTGGTTATGGGTTAAAACATTAAATACACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGc < 3:383550/137‑1 (MQ=255)
aTTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCgg > 7:205200/1‑140 (MQ=255)
tttttATTTCTCCCTTTCTTAATTATTAAAAAAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGCTGCACCCATTAAAGAAACCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGa < 8:756034/140‑1 (MQ=255)
tttttATTTCTCCCTGGCTTAATTATAATAATAGTCTACCGCGATGATGTGGGTATGGGGGTAAACATAAAAACCCCCCGCGGCGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCg < 2:229658/138‑1 (MQ=255)
tttATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGa > 1:35129/1‑138 (MQ=255)
ttATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATATTGTAACGCGATAATGGTGTTATTGTGGAAAACAATAAATAAACCAGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAg < 7:754561/140‑1 (MQ=255)
ccgcccTGACTTAAATATTAACATCCCGAAACGCCATTATGTGGCTAAGGCGGCACCCACTAAATCCACCAGCCGCGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAACAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCAt < 2:544688/135‑1 (MQ=255)
cccTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGAATCGCCa > 7:14237/1‑140 (MQ=255)
ctctCTTAATTAGAAAAATAGTCTAACGCGATAATGTGTATAAGGTCTCAAACATAAAAAAAACCACCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCa < 3:791285/135‑1 (MQ=255)
ttaagaattcAAATAGTGTACCGCGACTCTGGGGGTATGGTGGAAAACATAAAATCACCCCGCGGGTGAGGTGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGTCCGTACAGCATCGCCATCCGGCa < 8:221350/134‑1 (MQ=255)
ttAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCgg > 5:518857/1‑138 (MQ=255)
ttAATAATTAAAATAGTGTACCGCGATTATGTGGTTCTGTCGCTAAACAGTAAATAACCCCGCGTGGGCGGGGATGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 8:235192/140‑1 (MQ=255)
taaaTTATTAAAATCCTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGCGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCgg < 2:436201/136‑1 (MQ=255)
ctcattataAAACTCGTCGAACGCTATTCTGTGGTACTGGGGGAAAACATTCACTCACCCCGCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCgg < 4:976635/135‑1 (MQ=255)
atAAATAATAAAATAGTGGAACGCGCTTAAGGGGGAACGGGGGCAACCAATAAATAACCCCGCGCGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCa < 8:116064/139‑1 (MQ=255)
aaatataaACATAGTGTAACGCGATTATCTGGTTAAGCGGGCAAACAATAAAAAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACt < 7:245427/137‑1 (MQ=255)
ttattaAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACt > 2:643545/1‑138 (MQ=255)
aaacaTAGCGTCACCCCATCATGAGGTGACGGGGGCAAACAAAAAAAACACCACCGGGGGCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg < 7:613688/136‑1 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCTTCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 2:813303/1‑138 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGTCACTGTTTTg > 4:363609/1‑138 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCTCTGTTTTg > 4:273879/1‑138 (MQ=255)
aaaTAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTg > 5:241423/1‑138 (MQ=255)
aaTCGTGTAACGAGATTAGGGGGTTATGGGTCAAAACATTAAATAACCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGa < 2:317877/138‑1 (MQ=255)
tgtAACGCGATTATGTGTTTATGGGGGTAAACAATAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTTATAAGCAGGCCTGACTGCATCGCCATCCGGCACTGTGTTGAGGCTTAt > 7:316914/1‑140 (MQ=255)
gtAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAtt > 8:264719/1‑140 (MQ=255)
gtAACGCGATTATGTGGGTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCATAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCttt > 5:978459/1‑137 (MQ=255)
tAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTAt > 5:203315/1‑138 (MQ=255)
gcgATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCa > 2:918363/1‑138 (MQ=255)
cgATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGCCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAg > 5:732635/1‑138 (MQ=255)
ttATGTGGTTATCGGGCTAACAATAAAATACCCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtc < 1:860823/138‑1 (MQ=255)
tATGTGGTTAAGGCGGTTAACATTAAATCCCCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtca < 1:492218/138‑1 (MQ=255)
tATCTGGTTATCGGGCCAACCATAAACAACCCCCGCGGGGGCCGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtca < 6:212472/138‑1 (MQ=255)
aTGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 6:455699/1‑138 (MQ=255)
aTGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 5:492217/1‑138 (MQ=255)
aTGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 3:443512/1‑138 (MQ=255)
aTGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcat > 3:754467/1‑138 (MQ=255)
gtgGTAATGGGGCGAAACATTAACTAAACCACCGGGGGAGGGGAGGGAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCtcatca < 2:1028588/138‑1 (MQ=255)
tgGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAAcc > 8:486281/1‑140 (MQ=255)
ggTTATGGGGGAAACCAATAAAACCCCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAAc < 3:807219/138‑1 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCACCCATggg > 7:62006/1‑139 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATg > 3:211363/1‑138 (MQ=255)
aTGGGGGTAAACATTAAAGAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATggg > 7:694370/1‑139 (MQ=255)
aTGGGGGTAAAAATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 7:197969/1‑140 (MQ=255)
gtggggCACACATTAAAACCACCCGCGGCGCCGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGAACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATgg < 1:361487/136‑1 (MQ=255)
gcggcctAAACATAACATAACCCCGCGGCCGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGAACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATgg < 1:366833/132‑1 (MQ=255)
cgccggTAAACATTAAATAACCCCGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATgg < 3:484896/134‑1 (MQ=255)
gggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCTCCATCCGGCACTGTTGTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 2:420661/1‑138 (MQ=255)
gggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 6:160827/1‑138 (MQ=255)
gggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGt > 2:1030610/1‑138 (MQ=255)
gggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTACAGCTCATCAACCATGGt > 3:549652/1‑138 (MQ=255)
ggggTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGAt > 8:797248/1‑140 (MQ=255)
gaaaaCATTAAATACACCCGCGCGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAACAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCTATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATg < 1:671963/136‑1 (MQ=255)
aacaaTTATATCAACCATCGGGGGAGGGGAGGTAACGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATATTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCAGCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATTGTGATGgcgc < 8:402134/136‑1 (MQ=255)
aaaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGTTGgcgc > 8:543487/1‑140 (MQ=255)
aaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAATTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGAACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCACACATGGTGATGgcg > 6:830716/1‑138 (MQ=255)
aaCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCTTCAACCATGGTGATGgcg > 2:148499/1‑138 (MQ=255)
aCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCTGATAATCGTAATAAGCAGGCCGAACAGCATCGCCATGCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTAACCTCATCAACCATCGTGATGtcgc > 6:717068/1‑138 (MQ=255)
aCATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGgcgc > 3:812395/1‑138 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 7:546476/1‑140 (MQ=255)
taaataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 8:711241/1‑140 (MQ=255)
aataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCACCCATGGTGATGGCGCGCCCaa > 6:737177/1‑138 (MQ=255)
aataaaCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCaa > 2:166702/1‑138 (MQ=255)
aCCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGtt > 7:219157/1‑140 (MQ=255)
|
CTGAATCTGAACTTTAAGGTGGTGACGTAACAACGCATTGTCTTCAACAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATTATGTGGTTATGGGGGTAAACATTAAATAAACCAGCGGGGGAGGGGAGGTAAAGTGAAAAAATAAAAAGCGGATAATCTTAATAAGCAGGCCGGACAGCATCGCCATCCGGCACTGTTTTGAGGCTTATTTCAGCTCATCAACCATGGTGATGGCGCGACCAATGTAGTT > NZ_CP022686/4780039‑4780315
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
