Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F13 I0 R1
|
150 |
9496.0 |
7621532 |
98.4% |
7499587 |
136.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,324 |
C→A |
10.8% |
P794Q (CCG→CAG) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,324 | 0 | C | A | 10.8%
| 234.7
/ 4.1
| 130 | P794Q (CCG→CAG) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/55); new base A (8/11); total (64/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440185‑4440463
|
aTTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGcc < 6:124857/140‑1 (MQ=255)
ttgttgAACCTGTTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg > 1:141588/1‑140 (MQ=255)
gttgAACCTGTACCGCATCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 3:746652/140‑1 (MQ=255)
gttgAACCTGGACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 1:660590/140‑1 (MQ=255)
tgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTATCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAat < 2:765603/140‑1 (MQ=255)
ccTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCATCAGCAACAACCGGTAGCAACGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCa < 4:125473/140‑1 (MQ=255)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCGGCAGCGGCAAGATCagaa > 7:70968/1‑137 (MQ=17)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGAAAAATCAGCa > 5:395678/1‑140 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCGCTAGCAGCGCAGCAGCAATATCTGCAGCCGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 4:77638/140‑1 (MQ=255)
aCAGCAGACGCAACAAGCGGTAGCACCGCAGGAGCAATATCAGCAGCCGCATCATCCGGTAGCACCGCAGGAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 6:2809/140‑1 (MQ=21)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCg < 4:707750/140‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGAACCACAGCCGCAGAATACGCAGACGCATTAGAAACAGcgcca > 7:568868/1‑136 (MQ=14)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTGTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAACTCAGCAGCCGca > 8:792974/1‑140 (MQ=18)
agcCGCAACAACAGGTAGCTCCTCTGCATCAATATCAGCAGCCGCATCATACGTTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCAGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 8:660017/140‑1 (MQ=18)
agacGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGCAACAAACTGTAGCACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACAGCATCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCAGcaa < 6:721520/137‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCTGCAGCAATAGCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 2:399614/140‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCACTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGAACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCATCATCCGGTTGCGCCGCAGCCGCCGGAGCAGCAGCCGCATTATCAGCAGACGcctca > 6:295990/1‑136 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACCACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGCTTCCACCACAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACCCGCAGccaca > 4:455613/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGACCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATAGCAACAGCCGcaaca > 5:445872/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 8:713122/140‑1 (MQ=255)
gCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAACCGAGGAGACCACAGCCGCAGGAGCAGCAGCAGCAAAagccgcagccgcctcagc > 2:87941/1‑134 (MQ=9)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGGATCAGCAGCGGCAAGATCCGCAGCCGccacagc > 2:455190/1‑138 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCCGTATCAGCAGCAGCAACATCCGGTTGCACCACAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAAGAGCACCAGCCGCcacaac > 2:460383/1‑140 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGcaacagc > 2:15007/1‑138 (MQ=255)
ccGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATACGCAGCCGCAAAAGCCGCAGCCGCCACAACCGGATGc > 6:144495/1‑140 (MQ=18)
cGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCa > 1:339850/1‑140 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTCCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATCAGGAGCCGCCACAACCggagccacc > 2:144512/1‑133 (MQ=18)
ccACCGCCGCAGAAATATATTCCGCAGCAACAACCGCTATCACCGCAGACGCAGTCTCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCTATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 2:91882/139‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCATAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGAAGCCCCgcag > 4:47806/1‑140 (MQ=18)
cccGCAGCAGCAAAATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 2:780496/139‑1 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCAGGTTGGCCCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAGCCGCCGCAACAACCGGATGAACCgccgcagcc > 8:613630/1‑139 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca > 6:108411/1‑140 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGCTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCGATATca < 7:56157/140‑1 (MQ=255)
aaaTATCACCAGCAGGAACATCAGGAATCACCGCCGCCGCATTATCATCAGGCGCAAGAACCTGTTGCACCGCAGGCGCAGTATCTGCAGCCTCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 2:804093/139‑1 (MQ=21)
ttcgcagcagCCGGAACAACCGGAAGGACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagc < 8:554980/136‑1 (MQ=21)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCATCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATcagc > 5:613187/1‑140 (MQ=21)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagc > 1:170458/1‑140 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAATATCagcagc > 5:575577/1‑140 (MQ=255)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGca > 7:95776/1‑103 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCATAATCAGCAGCCGCCACAACCGGATGGCCAGCAGCTGCAAGATcagccgaccca > 7:158152/1‑133 (MQ=17)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 8:627448/86‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 5:840671/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCGCCACATCCGGATGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCCGCCccaa > 1:290968/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:224260/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 2:339850/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 6:573186/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGGAGCACCACAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:703920/140‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAg > 2:666265/1‑140 (MQ=255)
ggTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCTGCATAATCAGCAGACACAACAGCCGGTTacac > 1:644894/1‑140 (MQ=25)
ggTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 5:122692/140‑1 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTAcaca > 3:213414/1‑140 (MQ=255)
tAGCACCGCATCCGAACTATCAGCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 2:7018/140‑1 (MQ=255)
aaGCACCGCCGCCGCAGTATGAGCAGCCTGAACTTCCCGTTGCACCGCAGCCGCCGCCTCAGCAGCCCCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 4:386902/139‑1 (MQ=25)
aCCGCACCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCTGTTGCACCGCAGCCGCCGTCTAATCTTCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:918744/140‑1 (MQ=25)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 3:480323/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGGAGCAGCACCAACCGGTTGAACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcct < 5:780650/140‑2 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCCACAGCCGCCACACACGGTGTCCCCGCCGCCGCAATATCAGCGGCCACCACCGCCGGATAGCCCGCAGCCg > 7:609029/1‑140 (MQ=18)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 1:13547/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCTGCTGCCTCAACTACCTGTTGCACCGCAGCAGAAGTCTCTTCAGCCGCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 1:601385/140‑1 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGGACCGCAGCCGCAGGATCAGAAGCCGCATGATCACCATCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCTGCAAGAGCAGCAGCACCAACAGCCGGGTACACATCAGCCGcc > 8:542588/1‑139 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAgcagcagca > 4:267026/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 7:307112/1‑140 (MQ=255)
cagacgaagTAGCAGCAGGCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 1:253644/140‑1 (MQ=37)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAgg > 2:39280/1‑139 (MQ=255)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTGGCACCGCAGCTGCAATATCAGAAGCCGCCACAGCCGGATAAACAGAAGCAGCAGTATCAGCAGccc > 4:260244/1‑139 (MQ=25)
cagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTACGCAGCAGCAGCAGACTCAGCCGCCGCa > 4:935863/1‑140 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 2:838104/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATAGCAACAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCAGCATAATCAGCAGCAACAACAGCCCGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCaaa > 7:289228/1‑139 (MQ=38)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCTAAATCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACACCACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGCAGCAGCAGCCGCAACAg > 4:655104/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCAGCATCAg > 5:376568/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGACGGTTACCCAGCAGCAGCAGTATCAGCCGCCGCAACAg > 2:321173/1‑140 (MQ=255)
gCAACTACCGCATGCACCGCAGCCGAAGTATCAGAAGCCGCAATATCAACACCCTCAACACACGTTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 8:168472/140‑1 (MQ=21)
catcaacCGGACGCACCGCAGCCGCCGCATCTGCAGCCGCAATATCAACATCAGCAACACCCTGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 6:62697/137‑1 (MQ=18)
caacCGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 7:46763/140‑1 (MQ=255)
ggTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACCGCCGGTTGGAc > 1:650261/1‑140 (MQ=25)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGAAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATGTACcac > 8:721572/1‑140 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCAGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac > 5:814458/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 4:808950/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgaagTCTCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 5:158059/140‑1 (MQ=255)
gcagccgcagTATCAGCTGGAGCAATATCACCAGCCTAAACTCCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGc < 8:339836/140‑1 (MQ=21)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGc < 8:339838/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 3:106780/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACTCAGCAGCCGCAGTATCAGAAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 4:217281/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGcc > 2:377595/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 8:718212/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 7:216470/140‑1 (MQ=18)
ggctaattataAGCAGCCTCATTATCATCAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCTGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 3:543431/133‑1 (MQ=18)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:505491/140‑1 (MQ=255)
gcagcagAATCAGCAGCAGCATGTTCATCAGCCGCACCATCAGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 6:169308/137‑1 (MQ=17)
ccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 4:111118/96‑1 (MQ=255)
cagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc > 6:502742/1‑140 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAATATCAACACCCGCAACACACGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAccc < 4:826089/140‑1 (MQ=255)
catgaggcGCAATTTCAACAGCAGCATCATCCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 3:848971/133‑1 (MQ=21)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 1:481368/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 2:468636/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 1:468636/1‑140 (MQ=255)
gcCGAAATATCAACAGCCGCAACAAACGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCAGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 3:724606/140‑1 (MQ=255)
cGCATTATCAACAGCCGAATCATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 1:559929/140‑1 (MQ=25)
cGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 7:588409/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTGGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCCTCCg > 8:806082/1‑140 (MQ=255)
|
ATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440185‑4440463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
