Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F35 I0 R1
|
304 |
9232.4 |
10623078 |
98.3% |
10442485 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,324 |
C→A |
11.4% |
P794Q (CCG→CAG) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,324 | 0 | C | A | 11.4%
| 304.4
/ 3.7
| 170 | P794Q (CCG→CAG) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/77); new base A (10/17); total (76/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440186‑4440463
|
ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCTCAAAAGCCGCTTGAACGTAAGCCGCAGTATCCGCAGCCg > 1:859860/1‑140 (MQ=18)
ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGCTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGCTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg < 8:968632/140‑1 (MQ=255)
gttgATCCTGTACAGCATCCGCAACAACCGGTAGCTCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg < 4:413930/138‑1 (MQ=255)
gttgAACCTGTACAGCAGCCTCACCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 5:449900/140‑1 (MQ=255)
tgAAGCTGTACAGCAGGCGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAat < 6:999607/140‑1 (MQ=255)
gAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAAACGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAata > 7:8826/1‑140 (MQ=255)
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCACCCGGTTCAACCGCAGCCGCAGGCTCCGCAGCCGCATAATcagcag > 5:783115/1‑140 (MQ=17)
actgcaggCGAAAGATCCGGTATCACAGATGCAGGAATATCAGCAGCCGCTACTAAGGGTAGATCGGGAGCCGCAGTATCTGCAGCCGCAACTACCGGTTGAACCGCATCCGCTGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAga < 6:1160027/137‑2 (MQ=255)
cagacagCAACAACCGGTAGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGc < 8:698891/134‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCTGCAGCAGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGca > 8:35292/1‑140 (MQ=21)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGAGTCCGCCGCCGCAAGATCAGCAGCCGcc > 5:1215461/1‑139 (MQ=17)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCg < 3:183834/138‑1 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGACGCAGTATCTGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGCCGCCGcaac > 1:1296318/1‑140 (MQ=21)
ggTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCTCCGCAGCAGCAGTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCAc < 8:474315/140‑1 (MQ=255)
gctccGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGGACCGCATCAGCAGTCTCAGCAGGCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 5:1059439/137‑1 (MQ=21)
ccGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGGTGACCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCACCATCCGGTGGCGCCgcag > 4:8719/1‑138 (MQ=18)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCCACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCTGCGGCTATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTGGCCCCgcagcag > 8:1126157/1‑140 (MQ=21)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATAAGCAGCATCAGAACACGGTTGCACAgcagaag > 7:289535/1‑140 (MQ=17)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCCAAAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCgcagcagca > 5:294916/1‑140 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATCTCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCgcagcagca > 6:586918/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCATCAGCCGCAACATCCGGTGGCACCgcagctgca > 8:193153/1‑140 (MQ=21)
cagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCTACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAATCCGCACCCGCAATAACAACAGCCGCCTCACCCGGATGCACCTCAGAAGCAAAATCAGCGGccc > 3:1251023/1‑137 (MQ=18)
agcCGCAACATGAGGTAGCAGCGCAGACGCATGAGCAGCTGCAGCAACTTCCGCTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGGAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 5:334055/140‑1 (MQ=21)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa > 7:1120199/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACATCCGGTAGCTCCGCAGACGCATTATCAGCAGCATCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 4:460954/138‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 3:437314/138‑1 (MQ=255)
cagCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:1071955/138‑1 (MQ=255)
cagCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:1273742/138‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCTCCTCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATCATCAGACGCAACATCCGGTGTCACCTCAGCAGCAATAACAGCACCCacgacat > 2:864531/1‑139 (MQ=18)
gCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCTCAACTACCGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 2:560575/140‑1 (MQ=37)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCATAATCAGCAGCCGCCACAACCGGATCACCCGAAGCAGCAAACTCCGCAGCCACAACAg > 4:971028/1‑138 (MQ=17)
atcaacCGGAAGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCg < 7:7383/138‑1 (MQ=37)
cGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGGTaca > 7:302524/1‑140 (MQ=255)
aGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCATCAGCCACAACAAGCGGTTGCACCGCAGCAGCAATCTAAGCAGACACAACAGACGGTTACGcagg > 8:671485/1‑139 (MQ=21)
cacaGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc > 4:894674/1‑138 (MQ=255)
cccgcagcagaagTATCAGCAGCCGCAAGATCAGGATGATCCGCAGCCGCAGTCTCTGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTATACagcagc < 6:1004649/139‑1 (MQ=25)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 3:66676/138‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 3:1059039/138‑1 (MQ=255)
cctctgccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGGAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 6:1252502/135‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 4:1104356/138‑1 (MQ=255)
cgcatacgcagTATCAGCAGCCGCAACATCCGTCTGCACCGCAGACTAAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:588748/132‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCACCCACCGGACGCACCGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 5:1085010/140‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCAACATCAGGTTGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:130453/138‑1 (MQ=38)
cgcagccgcagGATCAGCAGGAGCATGTACCTGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 2:522622/140‑1 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 2:1158528/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAAAAGCATCATCAGCAACAGCCGGATGACCCTCAGCAGCAATATCCGAAGCCGCAACAGCCTGTGACGCagcagcagcc > 8:1167136/1‑139 (MQ=16)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAGATCTGCAGCCGCCTCATCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATAAGACGCCTCAACAGCAGGAGACGCAGCAGCCggt > 4:838855/1‑136 (MQ=18)
cagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCACCGGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGGATca > 1:544514/1‑140 (MQ=37)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATAAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTCACCAGCAGCCGCAGTATccgc > 7:94351/1‑140 (MQ=25)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCTCCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCagccgc > 1:183220/1‑140 (MQ=25)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAATATCACCAGACGCAACAACCGGATTCAACGCAGCAGCAAAATCAGCAGCAACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGCATCcgccgc > 5:1110757/1‑140 (MQ=25)
ccagcagCAACCACCTGATGCTCCGCACCGGCACTATCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCTCCACACCCGGATGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGcc < 4:606719/137‑1 (MQ=17)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCATGATCAGCAGCCACATCAGCCGGTTAGCCAGCAGGGCCAGTAACCTCCGCCGCaaa > 6:215082/1‑139 (MQ=21)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 5:1242225/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 7:453196/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATAATCAGCAGCCGCAAc > 5:534996/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 7:350546/1‑140 (MQ=255)
ccGCAAGATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGCATCAGCAGCAGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 7:101585/140‑1 (MQ=21)
ccGCAAAAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAAAATCAAAATCCGCAAAAACCGGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCAACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 7:671485/140‑1 (MQ=21)
cagCAACAACAGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 1:1053296/138‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGCCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCata > 3:770989/1‑136 (MQ=38)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAg > 5:559985/1‑140 (MQ=255)
gctacatcCTGTTGAACCTCAGCCGCAGTCTCATCATCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 2:1178447/137‑1 (MQ=18)
catgaacCTGATGCACCGCAGCCGCAGCCTCTGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 8:338294/136‑1 (MQ=255)
catcaacCGGTTGCACCGCAGACGCAGTCTCTGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 3:1069319/135‑1 (MQ=21)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 3:1126259/86‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGGTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 4:1139365/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGAAGCACCGCAGCCGCAGGCTCATCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 1:188270/140‑1 (MQ=21)
tGCGCCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAATATCAACCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGCTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCACCAGCCGGTTGtccaac > 6:16705/1‑135 (MQ=21)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:774381/104‑1 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTAGCACCCCAGCAGCAATATCAGCAGACACAACAGCCGGGTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCACCCGCATAAGCCGTGTGTACaac > 2:1018804/1‑140 (MQ=18)
gCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca > 4:649283/1‑138 (MQ=255)
cccctcagccgcagCCTCAGCATCACCCTTATCATCACCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCACCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:373918/135‑1 (MQ=17)
cACCGCCGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCATGATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:1173504/140‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCCGAAGTCTCAGCAGCCTCAATATCCACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 4:948302/138‑1 (MQ=255)
cccgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCACTAACACCACCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcaca < 4:261187/137‑1 (MQ=21)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGc > 8:282586/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCTCATTATCAACAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:758511/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCCCAGcc > 7:566502/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACCCCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCTCAGTATCCGCAGCCGCACCAGACGGATGAACCACAGcc > 1:162861/1‑140 (MQ=25)
cgccgtcgccgTCTCAGCTGGCGCAATTTCAACAGCCGCATCCTCCGGCCGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACACCCGGTTTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGc < 4:572597/132‑1 (MQ=14)
cgcagcagcatGCTCAGCAGCCTCAAGTTCAACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 1:677832/140‑1 (MQ=18)
cgcagcagcagGATCAGCAGCAGCATTATCACCACCCGCATCATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 1:677828/140‑1 (MQ=18)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGTACCACAGCCGc > 5:824680/1‑140 (MQ=255)
gcagcagcagTCTCTGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAAATACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATCTAAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGc < 7:155521/140‑1 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAGCAGCATCCGCAGAGTCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGGACCACAGCCgaa > 1:316763/1‑138 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTGCCACAGCCGCa > 6:268236/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCTCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 3:652815/138‑1 (MQ=255)
gccgcagGATTCTCAGCCGCATTATCACCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:812364/140‑1 (MQ=18)
ccagcagTATCAGCAGCCTCAAGATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 2:1342669/137‑1 (MQ=18)
agTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 4:209379/138‑1 (MQ=255)
ctgcagcCTCAAGATCACCTGCCGCACCAACCGGAGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGAAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTg < 4:1005448/136‑1 (MQ=18)
aagcagcCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 6:828028/139‑1 (MQ=255)
cagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa > 2:287795/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 7:868426/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 1:1027849/140‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACGCTGCTTCATCCg > 8:1045792/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 5:712980/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTCCCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 4:1276309/1‑138 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGACTCAGGATACCCTGCTTCATc > 3:908433/1‑138 (MQ=255)
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TTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440186‑4440463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
