Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,324 |
C→A |
14.3% |
P794Q (CCG→CAG) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,324 | 0 | C | A | 14.3%
| 218.3
/ 2.1
| 119 | P794Q (CCG→CAG) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/53); new base A (13/10); total (56/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440188‑4440463
|
gttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 3:620578/140‑1 (MQ=255)
acatGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCAGCAATCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATc < 3:769353/137‑1 (MQ=21)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAGCCGGTTGAACCTCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAACATCAACa > 2:357549/1‑140 (MQ=17)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATAgcagca > 1:224634/1‑140 (MQ=255)
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCACAGCCGCAGTATCAGCAGCGGCAAAATccgcag > 4:470021/1‑135 (MQ=17)
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCATAATCagaag > 3:766393/1‑136 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 4:167059/140‑1 (MQ=255)
atcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCg < 1:176125/138‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAACCGGTACCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGAACCACAGCCGCAGGAAAAGCAGCATCAAAATcagcagatgca > 4:159296/1‑135 (MQ=14)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTTCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAgcagcagca > 2:203689/1‑140 (MQ=21)
cagcCGCAACAACCGGTAGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACATCCGGTAGAACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAAAACCCGCTTCAGCCCCAGCCGCATGATCAGCAGCAGCAAAATCAgcagcagca > 4:296121/1‑140 (MQ=9)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 3:39176/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 2:175201/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCCCAGCCCCAGAATCAGCAGCCGCAAAATCACCAGCCGcaaa > 3:719983/1‑139 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGAACCTCAGCCGCAGGATCATCAGCGGCAAAATCAGCAGCAGcaaa > 6:155488/1‑139 (MQ=17)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGAGACGCAGCAGCAAACTCAGGAGCCGca > 8:778368/1‑138 (MQ=14)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGAAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGAAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGAACCGCAGCGTCAACATCACCAgcagcata > 2:150912/1‑138 (MQ=14)
ccGCAACAACCGGTATCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAAACGGTAGCACCTCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 5:973662/140‑1 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCTGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 5:866180/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 3:1023104/140‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCcacaac > 3:697094/1‑140 (MQ=255)
ccacctctAGCTCCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGCATCAACCTGTATCACCGCAGCAGAATGATCAGCAGCCGGAACAACCTCATGCACCGCAGCCGCCGGATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGt < 4:69243/133‑1 (MQ=255)
ccGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGtt < 7:20563/138‑1 (MQ=255)
aaGCACCGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 4:368759/139‑1 (MQ=255)
aGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCATCCGCAAAACCCGGTTGCACAGCACCAGCAGTATCAGCAGCCGGAATATCACGAGCCGGAACAACCGGTTGCGcc > 7:89287/1‑138 (MQ=18)
tgcGCAGCAGCATGATCAGCAGCCGCATCAACCGGAAGCACCGCAGCAGCAGGATCAGCAGCAGCATCAACCTGATGCACCGCAGCCTCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 2:914973/138‑1 (MQ=21)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc > 1:928112/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCCTCAGCAATATCCACAGCAGCGACAGCCCGATGGACGgcagcagca > 6:56647/1‑140 (MQ=18)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca < 1:375592/140‑1 (MQ=255)
aatCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCTCCGCATCAGCTGTATCAGCAGGAGCAACTACAGGTTGCACCGCAGCCGGAGTATCAGCAGCCGCTTTATCAACAGCCGCAACTACCTGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 6:113977/139‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCTGCAGCAATATCagcagc < 4:724495/140‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACATCAGCAGCATTATCggcagc > 6:975992/1‑140 (MQ=18)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCca < 3:409928/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 1:518389/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAAAATCAACAGCCGCCACAGCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCccaaca > 3:642983/1‑140 (MQ=25)
ccGCAACAACAGGTAGCACCGCAGACGCATTATCAGCAGCCTCATCAACAGGTTTCACCTCAGCAGCAGTATCAGCAGCATCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 4:380204/140‑1 (MQ=25)
ggatcacccGGTATCTCAGCAGCAGCATGATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCTCAGTATCAGGAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 6:270695/133‑1 (MQ=25)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCCCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:211988/138‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAg < 7:883360/138‑1 (MQ=255)
tAGGACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCATCAACCTTTTTCTACGCAGCCGCAGTATCTTCTTCCGCAATATAAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 7:28688/138‑1 (MQ=21)
aGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCAACAACAGCCGGTTacccc > 7:20760/1‑135 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGATGCACCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATACAcatcag > 1:111867/1‑140 (MQ=25)
aacgcatccgcagTCGCTGCAGCAGCATCGACCTCATGCACCGCTGACTCAGTCTAAGCAGCCTCAATTACATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:56246/138‑1 (MQ=12)
aCCGCATCCACAGGATCAGCAGCCGCCATAACCCGATTCTGCACCGACATAGTAAAATCAGCCTCAATAACATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 1:1049994/140‑1 (MQ=9)
aCCGCATCAGCATTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 4:83702/140‑1 (MQ=37)
aCCGCAGACTCAGTATCAGCAGCCGCATCAACCGCTTGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:990605/140‑1 (MQ=37)
aCCGCAGACGCATGATCTGCAGCAGCATCAACCTGATGCACCGCAGACGCAGTATAAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 4:497552/140‑1 (MQ=25)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 1:917182/65‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGACGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACTCATCAGCCGCa > 5:1018506/1‑140 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGcc > 4:313933/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCATCATCCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACagcagcagcc > 2:842633/1‑139 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 6:990678/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACATCAGCCGCa > 6:847777/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGAAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCAGCAAAATCAGCATCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCa > 7:786359/1‑138 (MQ=38)
cagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATca < 1:943567/140‑1 (MQ=255)
ctctCAGCAGCCGCAACAACCGCACGCACCGCAGCCGCAGGCTAAGCAGCAGCATTATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagc < 4:58398/137‑1 (MQ=21)
agcCGGAATTACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 3:579463/140‑1 (MQ=18)
agcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAGGAGCAGCAACATCCGGTTGCCCCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCCACAGCCGGTTAGACAGCAGCCGCAGTATCCGCCGCCGCaa > 4:859494/1‑140 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACACGGTTGCACCGCAGAAGCATGATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACCCAGCAGCAGCAGTTTCAGCCGCCGCAAc > 6:392097/1‑140 (MQ=37)
gcCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCATGATCAGCCGCCGCGCCAGCCGGGTCCCCAGCTGCCGCACTATCAGCAGCCGCatc > 2:139297/1‑138 (MQ=25)
ccGCAACTACCGGCTGCACCGCAGCCTCAGTATCATCAGCCGCAAGATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 1:701813/140‑1 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 5:502338/140‑1 (MQ=255)
cagCATCAACCTGTTGCTCCGCATCAGAAGTATCAGCAGCAGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 2:421200/138‑1 (MQ=18)
cGCAAGAACCTGTAGCACCGCAGCAGCAGTCTCTGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 1:427968/140‑1 (MQ=21)
agCAACAACAGGATTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCATCAATATCAACAGCCTCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGACGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 1:694572/139‑1 (MQ=21)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCAGCAATATCAGCCGCCCCAACAGCCGGGTACACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAccg > 8:896182/1‑136 (MQ=38)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 2:2489/140‑1 (MQ=255)
ttGCCCCGCAGACGACGGAACAGCAGCACCAAGATCAACACCCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGTACca < 5:624918/140‑1 (MQ=18)
ttGCACCGCAGCCTCAGGAGCAGCAGCAGCAATTTCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAc < 7:94586/138‑1 (MQ=21)
ttGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca > 5:825835/1‑140 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 4:888504/140‑1 (MQ=255)
agCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 4:297172/139‑1 (MQ=255)
cACCCCAGCCGCAGCATCAGCAGCCGCACTAACCACAGCCGCAACATCCTCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 1:588573/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 5:990678/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACACCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:365432/138‑1 (MQ=255)
cgctgccgcagTATAAGCATCAGCATTATCATCAGCCTCAACAACAGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 3:687491/140‑1 (MQ=18)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGc > 1:412839/1‑140 (MQ=255)
cagcctcagTCTCTGCTTCCGCATGATCACCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCACTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACATCATCAGCAGTATCAGCAGCAGCAACATCCGGTTGTACCACAGCCg < 7:407108/138‑1 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca > 4:987276/1‑80 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 4:1080941/1‑140 (MQ=255)
agccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGc > 7:421974/1‑138 (MQ=255)
gcggcagTATCCTGAGCCGCAATATCATCAGCCCCATCTCCCGTTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACTGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 1:158102/137‑1 (MQ=18)
attctCAGCATCCTCAATATCACCATACGCAACAACCGGTATCACCGCAGCAGCAATATCATCAGCCCAACCAGCAGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAGGATa < 7:98635/134‑1 (MQ=17)
agTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 1:751575/140‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACATCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGc > 3:446907/1‑140 (MQ=255)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 5:992614/1‑140 (MQ=255)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 1:530883/1‑140 (MQ=255)
cagcCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACTACAGCCGGTTACACAGCTGCCGCAGTATCACCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa < 5:305854/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa > 7:928330/1‑138 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 2:606680/63‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 1:532678/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 3:592805/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAGGATACCCAGCTTAATc > 6:703389/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCTTCATCCg > 6:1043847/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACGTCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGATACATCCg > 5:228016/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTCCCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 1:42347/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc > 3:975444/1‑128 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 7:677250/1‑138 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 1:277762/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 5:703062/1‑140 (MQ=255)
|
GTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440188‑4440463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
