Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F2 I0 R1
|
233 |
6461.8 |
9239822 |
98.3% |
9082745 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,324 |
C→A |
11.5% |
P794Q (CCG→CAG) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,324 | 0 | C | A | 11.5%
| 263.2
/ 2.7
| 146 | P794Q (CCG→CAG) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/59); new base A (11/11); total (75/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440185‑4440463
|
ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCg > 1:275424/1‑140 (MQ=255)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCAACGCAGGAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGAACCGATGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACTACCGGTTGCTCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACa < 3:9792/140‑1 (MQ=25)
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGATCCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCATAATCACCAg > 3:297572/1‑140 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCCGTAGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCACTATCAGCAGCAGCAACAACCGCTTGCCACGCAGCCGCAGCATCAGCAGCCGAAAAATCagccgc > 2:1036469/1‑135 (MQ=18)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCCAAGCCGCAGTATCCGCTGCAGCAAAATCAGCAGCCGca > 7:710331/1‑140 (MQ=17)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 7:73079/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGAAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACAAGCCGcaac > 1:445573/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 2:771219/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGcaaca > 3:958595/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAAACCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGcaaca > 4:348151/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGACGcaaca < 7:112798/140‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACCTCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGACGCAATATCATCAGCCGcaacatc > 4:342200/1‑138 (MQ=21)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGGACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTGGAGCCGCAGCCGGAGAAACAGCAGCGGCATAATCCGAAGCCGccacatc > 6:961373/1‑136 (MQ=9)
agctgTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTg < 2:469468/136‑1 (MQ=255)
ggTAGCACCGCAGGAGCATTATCTGCATCCGCAACAAGCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGGACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGc < 5:753200/138‑1 (MQ=18)
aGCTCCGCAGCAGCAATCTCACCAGCCGCAACAACCGGAAGCTCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGACGCAATATCAAAAGCCGCACCAACCGGTTGCACCgc < 2:192934/140‑1 (MQ=18)
aGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCATCCGCAGTCTCAGCAGCCTCAACATCCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgc < 2:161094/140‑1 (MQ=25)
aCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 8:55917/140‑1 (MQ=255)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcag < 1:399888/140‑1 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATAAGCAGGAGCCGCCACAACCGGTAGCACCgcagcagcc > 4:258993/1‑139 (MQ=18)
gtcagcaATATCTGCAGCCGGATGAATCGGTAGGACCGCAGCAGCAGTCTGAGCAGCCGCATCATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCATGAGGCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCaa < 8:445398/138‑1 (MQ=21)
agcagcaATCTCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCaa < 1:30975/140‑1 (MQ=255)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATGTCAGCTGCCTCCACAAGCGGTGGCGCCgcagctgcc > 6:567220/1‑137 (MQ=17)
agcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATAATCAAAAGCCGCAACAACCGGGTGCACCGCAGCAGCaaa > 5:721529/1‑137 (MQ=21)
gcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCACCCGCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATc > 7:655561/1‑140 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTGTCAGCAGCAGCAAGATCAGCTGCCGCGACATCCGGTAGGCCCTCAGCGGCAAGATca > 1:501454/1‑140 (MQ=17)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTCCACCGCAGACGCAGTAACAGCAGCCGCATTATCCACATCCGCCACAACCGGTGTCACCGCAGCATCAATATcagc > 3:1013691/1‑140 (MQ=18)
tatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 3:182946/140‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 8:241971/140‑1 (MQ=255)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACATCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGccc > 1:292060/1‑139 (MQ=21)
agcCGCAACATCCGGTAGCACCGCATCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 1:932435/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCcac > 5:579352/1‑138 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 1:1000775/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 1:1194048/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 5:353717/138‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 4:431081/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:241694/140‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGAGCAACAGCCTCAACAGCCGGTTGGCCAGCAGCTGGAATTACAGCAGCGCCAACAg > 2:376309/1‑140 (MQ=17)
gCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:939950/138‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAata < 5:230503/84‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAata > 6:230503/1‑84 (MQ=255)
ggTAGCACCGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAAACGGGTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTac < 5:1079485/138‑1 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAcaca > 3:52353/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 1:720156/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCCGCCGAATCAATATCAACATCAGCCACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCATCAGCACCAACAGCCGGTAAAAcagcagaag > 8:1004375/1‑137 (MQ=21)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACAAGAAGCAACAACCGGATGCCCCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAGACAGCAGccc > 8:108298/1‑139 (MQ=25)
cgaagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCATACGCAAAATCACCATCAGCAACAAACGGATGCCCCTCAGCATCAATATCAGAACACCCAAAAGCCTGATACCCATAAGCCg > 8:500591/4‑140 (MQ=12)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 1:959012/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAAGATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACACCACAGCCGGATACTCAGAAgcagca > 2:152274/1‑140 (MQ=25)
agccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACAAGCAGCAACAACCGGATCCACCGCAGCAGCAATAACAGAAGCCACAACAGCCGGATACACAGAagcagc > 5:14073/1‑138 (MQ=21)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAAAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCCGACGCCCCAACAGCAGTATACTCAGCAGCCGCa > 5:603362/1‑138 (MQ=25)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCACTATAAGCAGCCg > 2:993549/1‑140 (MQ=255)
gcagcCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGc < 1:518047/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCACCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAAACAGAAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCCGCAGcccc > 5:187821/1‑136 (MQ=38)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 1:152957/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 7:314503/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 1:797009/140‑1 (MQ=255)
ctcaagcacCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 4:758292/133‑1 (MQ=255)
cGCATCAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 1:1026407/140‑1 (MQ=21)
cGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCACCACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATAACAGCCGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCCGTAGCAGCAGCCGCACCAg > 4:230319/1‑140 (MQ=37)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCTTCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCTGCAATATCAGCATCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCCGCCGCAACAg > 3:870700/1‑140 (MQ=38)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTCCCCAGCAGCCGCAGGCTCCGCCGCCGCAAc > 6:622676/1‑138 (MQ=25)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 5:887169/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 4:1173190/1‑140 (MQ=255)
acaacCGGTTGCACCGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTATAAACAGCAGACGCAGGATCAGCAGCCGCAACAGcc > 5:745743/1‑138 (MQ=37)
ctacCGGAAGCACCGCAGCCGCATCCTCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACAGCAGCAGCAATATCATCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCg < 6:588929/136‑1 (MQ=21)
caacAGGATGCACCGCAGACTCAGTATCAGCAGCAGCAATAACAACAGCAGCACCAAACGGTAGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 4:1029342/140‑1 (MQ=18)
ggTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCCACAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGTAc > 4:309242/1‑140 (MQ=25)
gTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAcc > 3:1125908/1‑140 (MQ=255)
acgCACCGCAGCTGAAGGCTCTGCAGCCGCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGACACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 4:1079655/138‑1 (MQ=18)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 1:253299/140‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAACAGCCGGTTGTTCcac > 5:724759/1‑138 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCATGAAAAGCAGCATCATTATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGc < 8:914781/140‑1 (MQ=18)
ccgcatcagaagCATCAGCAGCCGCATTATCATCAGCCGCACCATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:142548/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcttCATCTTCAGCCTCATTCTCAACAGCCTCATCACCCGGAGGCAAGGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCACCAGCCGGTTACACAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 6:121908/138‑1 (MQ=12)
ccgcagacgcagCATCTGCAGCAGCAATCTCAACAGCAGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:59462/140‑1 (MQ=21)
cgcagccgcatTATAAGCAGCAGCAATATCAACAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 4:47365/140‑1 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGcc > 2:913292/1‑139 (MQ=255)
gccgcagTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 6:891804/138‑1 (MQ=255)
gccgcagTCTAAGCAGCCGCAATATCAACAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 7:597299/140‑1 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCCGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCTCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCAGCACAGGCGGATACACAGCAGCGGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTGGTACCACATCCGCacg > 8:650127/1‑138 (MQ=21)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGcc > 5:243518/1‑137 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg > 3:557887/1‑140 (MQ=255)
ccgcagGAGCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGa < 1:173823/140‑1 (MQ=255)
cgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAGCCGCTTGTACCACAGCCGCAgg > 5:479486/1‑138 (MQ=255)
agTAGCAGAAGCAGCATTATCCACATTATCAACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 4:53210/140‑1 (MQ=18)
gTATCAGCATCCGCAATATCAACATCAGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc < 5:334998/138‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGc > 3:821457/1‑140 (MQ=255)
gagcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 3:706908/139‑1 (MQ=255)
cagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 5:982489/1‑138 (MQ=255)
gcCTCATTATCAACAGCCTCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 4:802457/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc > 4:897964/1‑41 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 2:533229/1‑140 (MQ=255)
gcCCCAATATCAACCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAAAATCACCATCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 4:93247/1‑140 (MQ=21)
cgcGCAATTTCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 4:399473/138‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGCTACCCTGCTTCATCCg > 8:221271/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 2:195392/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 2:911048/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 3:1095675/140‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 3:894744/1‑140 (MQ=255)
|
ATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCG > NZ_CP022686/4440185‑4440463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
