Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,324 |
C→A |
15.5% |
P794Q (CCG→CAG) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,324 | 0 | C | A | 15.5%
| 245.2
/ 4.0
| 149 | P794Q (CCG→CAG) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/62); new base A (11/19); total (68/81) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
ATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATC > NZ_CP022686/4440185‑4440461
|
aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATc < 6:977854/140‑1 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAACATCAACa > 1:296856/1‑138 (MQ=255)
cagcagCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGcc < 5:817180/140‑1 (MQ=255)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 2:144717/138‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGCTTGCACCCCAGCCGCAGACTCAGAAGCCGCAAAATCACCAGACGcc > 6:311629/1‑139 (MQ=17)
tccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTAACACCAGCCGCAATATCATCAGACGcaac > 5:81971/2‑140 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCagcagcagcc > 1:978796/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACACCCGGTTCCGCCGCAGCCGCAGGAGCAGCAGCAGCAAAATCATCAGCCGcc > 1:667815/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCAGcaac > 4:822562/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAGATCGCCAGACGcc > 1:444609/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGAAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGACGccac > 4:322536/1‑140 (MQ=21)
ccGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 5:1151644/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 2:643289/138‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACTGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTCAACCACAGCCGCAGTATCAGCTGCCGCAGGAGCCGCAGCCGcaacagc > 3:632692/1‑138 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAGAAGACGcaaaatc > 4:576068/1‑136 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGAGCCAAAGCCGCAGGAACAGCAGCAGCCAACTCAGAAGCCGcaacagc > 8:942328/1‑138 (MQ=17)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaacaa < 2:907822/138‑1 (MQ=255)
aacaacCGGTAGAACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCATCCGCAGGAGCAGCAGCAGCAACATCAGGGTGAACCCCCGCCGCAGTATAAGCAGCAGCAAAATCACCCGCACCaacaac > 2:265442/1‑138 (MQ=16)
ggTATCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCGCACCAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCAc < 4:739656/140‑1 (MQ=255)
aaGCACCGCCGCAGCAAACTCAGCAGCCGCATCAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTCGCACCGCAGGCGCAGTATCATCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 5:400238/139‑1 (MQ=21)
gCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 6:741424/140‑1 (MQ=255)
cccGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGACGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATAACAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 5:913026/139‑1 (MQ=21)
aCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 1:495442/138‑1 (MQ=255)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 3:547647/140‑1 (MQ=255)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGACGCAAAATCATCAGCCGCAACAACCGGATGCACCgcagcagc > 5:299384/1‑140 (MQ=21)
cagccgcaATAGCAGCAGCCGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCTCCGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca < 8:975752/140‑1 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCGGCATAATCACCAGCCGCAACAGCCGGATGCCCCgcagctgca > 4:1179704/1‑140 (MQ=18)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCgcagcagca > 6:536010/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAATATCATCAGACGCAACAACCGGGTGCCCCgcagcag > 2:602846/1‑138 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCACCAGCCGCAAAATCATCAGCCGCCACAACCGGAAGCAACacagcagca > 4:1083521/1‑140 (MQ=18)
cagcagcaAAATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTAGCACAGCAGCCGCAGTATACCCACCCGCATAAACAACAGACCCCACAACCGGATGCACCtcagcagca > 4:391713/1‑140 (MQ=17)
agcagcaATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCTGCAGCAATATCATCATCCGCCAAATCCCGATGGACCgcagcagc > 1:1151255/1‑138 (MQ=18)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 3:400588/140‑1 (MQ=255)
aaaTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 6:932303/139‑1 (MQ=255)
aaaTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 3:500264/139‑1 (MQ=255)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagc < 5:1114673/140‑1 (MQ=255)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCGGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCTGCATACTCAGCAGccc > 5:475982/1‑139 (MQ=21)
agcCGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCATGAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcac < 2:577965/138‑1 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCACGAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAATCTCAGCCGCCacaac > 5:904206/1‑140 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:1008247/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:802998/140‑1 (MQ=255)
catcaacaaCAGGTAGCTCCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCATCTACCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 2:46436/135‑1 (MQ=25)
gCATCAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 4:973802/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGcc < 7:434319/140‑1 (MQ=255)
actaacGGTAGCAACGCCTCAGCAGTAGCAGCAGCAGCATCTTCCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCgg < 7:1034344/135‑1 (MQ=25)
caacCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGt < 3:850345/140‑1 (MQ=255)
ccGGAAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTac < 3:522047/140‑1 (MQ=255)
aCCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACTTCCGGATGCACCGCAGCCTCAGAAACAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:173732/140‑1 (MQ=37)
aCCGCAGAAGCATGATCAGCAGCCTGAAGAACCTGATGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACGGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 5:661219/140‑1 (MQ=25)
ccgcagccgcacTAGCTGCAGCCGGAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 4:272702/140‑1 (MQ=37)
ccgcagcagcagTCTCAGCAGCAGCAACAACCGCTCGCACCGCAGCCGAAGAATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 3:1074652/140‑1 (MQ=37)
cgcatccgcagTAGCAGCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 3:317038/140‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTGGCACCGCAGCTGCAGTATCTTCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:426599/140‑1 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACGCAGAAgcagca > 8:734414/1‑140 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGcc > 8:331352/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCCCAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGcc > 7:820314/1‑139 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg > 1:1027541/1‑138 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg > 1:138587/1‑138 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCa > 5:1047884/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCCACATCCGGAGGGACCGCAGCAGCATTATCAGAAGCCTCAACAGCCGGTTACAcagcagcagcaga > 6:1063221/1‑139 (MQ=21)
gcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATTAACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAATATCACAAGAAGCAAAAACAGGATGCACCGCAGAAGCAAAATCAGCAGACACAACAGCCGATTCCACAgcagcagcacaatc > 8:911646/1‑135 (MQ=19)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTACACAGCAGACGCAGTATcc > 1:791018/1‑137 (MQ=37)
tCAGCCGCAGCAAGAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCATCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagca < 2:1068735/138‑1 (MQ=21)
ccagcagcagCAACATCCGCTGGAACCTCATCAGCAGTCTCAGCAGGATCAATATCAACATCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCAAAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCagcagc < 4:10423/139‑1 (MQ=18)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg > 7:244702/1‑140 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:896960/121‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCAGCAATATCAACATCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg < 1:715548/138‑1 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCacc > 3:1161450/1‑138 (MQ=255)
cagCAAGAACCGGACTCACCGCCGCCGCATGCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 7:1096965/138‑1 (MQ=18)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCCGCAGCAATATCAGCATCCGCAACAGCCGGTTACCCAGAAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCCACAg > 6:852062/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAAAAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCCGCAGCAATATCAGAAGCCACAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTAGCCGCAGCCGCAAc > 2:755698/1‑138 (MQ=37)
gCAACATCCGCTCGCAGCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCTCAACAACAGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 4:361745/140‑1 (MQ=21)
caagcacCGCTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 2:378698/133‑1 (MQ=18)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAGATCACGAGCAGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGGAGCATTATCCGCCGCCCCAACAGCCGGATCCACAGCAGCGGCAGAAGCCGCAGCCGCAagag > 2:718911/1‑138 (MQ=19)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 1:311841/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 4:616740/1‑140 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAg > 1:593535/1‑138 (MQ=255)
catccGGTTGCACCGCAGCCGCATCATCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 3:1162085/137‑1 (MQ=255)
catccGGATGCACCGCAGCCTCATGATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACATCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCg < 2:164736/135‑1 (MQ=21)
aagCACCGCAGCCGCAGACTCCGGAGCAGCATTATCACCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 8:1042911/138‑1 (MQ=18)
agCACCGCAGCCTAAGCATCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 7:894585/139‑1 (MQ=21)
gCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca > 1:106019/1‑138 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac > 1:1205546/1‑138 (MQ=255)
ccgcagccgcagCAGCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:561046/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 7:518087/1‑140 (MQ=255)
gcctcagGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCTGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 6:489547/140‑1 (MQ=255)
gccgctcTATAAGCATCAGCAATATCATCAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCTGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 3:1174205/140‑1 (MQ=18)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 1:220945/1‑138 (MQ=255)
gccgcagGCTCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCTCAACAACCGCATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 4:442754/140‑1 (MQ=21)
cagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc > 3:1220080/1‑140 (MQ=255)
attctCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 8:794514/136‑1 (MQ=255)
agtcgcagcagCCGTAATCTCCTCAGCCGCAACAACCGCTTGCAACTCAGCATCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 6:60303/135‑1 (MQ=18)
agcctCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCACCAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 8:345110/136‑1 (MQ=255)
tctCAGCAGGCGCAAGATCATCAGCCGCAACACCCGGTTGCACAGCAGCAGCAATTTCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCt < 4:674633/138‑1 (MQ=18)
caTCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 2:401402/137‑1 (MQ=255)
agcagcAATATCACCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTc < 1:67485/138‑1 (MQ=255)
agcagcAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc > 5:528059/1‑78 (MQ=255)
agcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc < 6:528059/78‑1 (MQ=255)
gcCTCAATATCAACAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 7:863837/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 6:238818/1‑140 (MQ=255)
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ATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATC > NZ_CP022686/4440185‑4440461
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
