Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F2 I0 R1
|
122 |
5985.5 |
7364544 |
98.3% |
7239346 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,408,861 |
Δ1 bp |
100% |
pseudogene (1097/3115 nt) |
mdtF → |
multidrug efflux pump RND permease MdtF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,408,861 | 0 | T | . | 99.4%
| 808.2
/ ‑2.0
| 174 | pseudogene (1097/3115 nt) | mdtF | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (86/87); minor base A (0/1); total (86/88) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
AAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAT > NZ_CP022686/2408728‑2408994
|
aaGACGGTTTATCCTTGCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTACGCGCCACAA‑TCATccc > 7:639972/1‑140 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATccc < 1:211726/140‑1 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATccc > 1:11011/1‑140 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTAAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGGTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTCTCTGTTTTTGCTGAATTTCCGCGCCACAAtcatacc > 7:136054/1‑134 (MQ=255)
aCGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCcgac < 3:647858/140‑1 (MQ=255)
ggTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTGTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCcgacga > 7:761623/1‑140 (MQ=255)
gTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAATATTTCTATTCAGGAAGGGTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAt < 7:318252/140‑1 (MQ=255)
gTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAt < 7:754217/140‑1 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGTAGATTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCTCGCCACAA‑TCATCCcgacga > 5:888069/1‑138 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 3:222576/1‑140 (MQ=255)
tATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 6:617167/1‑138 (MQ=255)
tATCCTTAAGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTTGTTTTGCAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGCCGAtt > 6:233463/1‑138 (MQ=255)
aTCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGcc > 3:280875/1‑140 (MQ=255)
cccTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCCTGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGTTCATGCATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCg < 8:699340/139‑1 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 1:154920/1‑140 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 8:474710/1‑140 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCAGACGATTGCCGTAcc > 4:214342/1‑140 (MQ=255)
aCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAc < 6:623538/138‑1 (MQ=255)
aCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTACGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCg > 1:60720/1‑140 (MQ=255)
aCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTAAGGAAGTTTTCAAAAAGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGACTTCCTGGTGATGTATCTGTTTTTGAAGAGATTCAGCGCAACAA‑TCATACCGAGGATtaccgtaccg > 2:929902/1‑140 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCgg < 3:419277/140‑1 (MQ=255)
gACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCTGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGCCGATTGCCGTACCg > 5:447872/1‑138 (MQ=255)
accacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAATGCCGTACCggtggt > 8:478288/1‑140 (MQ=255)
caacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGACTTCCTGGTCAGGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACAGGTGGtt > 8:33487/3‑140 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAACCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTTTTTTTGGAGAATTTCCGCTCCACAA‑TAATCCCTACGATTGACTTAACGGTGGttt > 4:489206/1‑139 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTGCTGGTCATGTATATGTTTTTGCAGAATTTCCGCTCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggt > 6:829944/1‑138 (MQ=255)
cacaccGTTTATAAAATTTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAACCGCGGGGTGAGGATATCATACTCGTCTTCCTGGTCATTTATCTGTTTTTTCAGAATTTCCGCTCCACAA‑TCATCCCGCCGATTGCCGTACCGGTGGTTa < 2:636386/140‑1 (MQ=255)
caccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACTCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTACTGGTCTTGTATCTGTTTTTGCAGATTTTACGCTCCACAA‑TCATCACGACGATTTCCTTACCGGTGGttt > 6:660777/1‑137 (MQ=255)
caccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGTCTATCATCCTCGACTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACAGGTGGttt > 6:398327/1‑137 (MQ=255)
ccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTCTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTACTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATtct < 3:79296/140‑1 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATTTATCTGTTTTTGCAGTATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAATGCCGTACCGTTGGTTATAGTCgg > 8:344348/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 4:886683/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATATCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCCTACCGGTGTTTATTCTCgg > 1:875716/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTAAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTTTTTTTGCAGAATTTACGCGCCACAA‑TCATCCCGACTAATGCAGTACCGGTTGTGATTCTCgg > 1:353240/1‑140 (MQ=255)
tttATAAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTTAGGATATCATACTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGACACAA‑TCATCCCGACGATTTCCGTACCGGTGGTTATACTCgg > 3:149010/1‑140 (MQ=255)
ttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGGTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCg < 6:286707/138‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGa < 4:324119/140‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAAATTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 6:1777/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCATCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 6:831218/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAAAAACTATTCATGAAGTATTCAAAACGCTGGTTGAGGCTAACATCCTCGTCTTCCAGGTCATGTATCAGTTTTTGCAGAATTTCCTCACCACAA‑TCAACACTACGAATGCCGTAACGGTGATTATAGTCgg > 6:413092/1‑138 (MQ=255)
aTCAAAATTTCTATTAAGGAAGTTTTAAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTATTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTTCAGAATTTCCGCTCCACAA‑ACATCCCGACGATTGCCGTACCGGTTGTTATTCTCgtg > 6:408417/1‑136 (MQ=255)
tttCTTTTCAGGAAGTGTGCTAAACGCGGGCTGAGGCTAGCATCCTCGTCATCCAGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTg < 5:582551/138‑1 (MQ=255)
tttCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCg > 4:78946/1‑140 (MQ=255)
gAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCg < 1:643463/105‑1 (MQ=255)
aaGTTTTCAAAACGCTGGGTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGACACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTcgg < 5:815647/138‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTcggcg < 6:333235/138‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggt < 2:409573/140‑1 (MQ=255)
tttCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggtcg > 7:319884/1‑140 (MQ=255)
aaCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCa < 1:148759/140‑1 (MQ=255)
tgtttGAGGCTATCATGCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCa < 5:529322/135‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGCTTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc > 2:889990/1‑140 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCa < 5:319644/138‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 1:180698/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCTTGTATGTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCTCAA‑TCATCCCGACGATTGGCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 2:659357/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCAta > 6:756423/1‑137 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 7:808294/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTGCCTGGTCATGTAGCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCTCCACAA‑TCATCCCGACGATTGACGTACCGGTGGTTATTCTAGGGACGTTTGCGATCTTGTCGTCGGTCGGTTTCACCATCaa < 8:126465/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGGCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 6:560767/138‑1 (MQ=255)
tGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAaca < 1:453310/140‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGt < 8:438486/140‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGt < 8:761623/140‑1 (MQ=255)
cTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGt > 5:831602/1‑138 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTGCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGAGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 8:850948/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGTTCTGGTCGGCGGTCGGGATCACCATCTCCAAGGTAACt > 7:864186/1‑140 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 2:883082/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 8:157119/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt > 4:208571/1‑140 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGGCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 2:416525/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑ACATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 5:521903/138‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTAGCTGTTTATGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTGATTCTCGGGACGTTTGCGAGCTTGTCGGAGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTACCt < 2:723181/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCATGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCTCAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACAGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 1:42848/140‑1 (MQ=255)
catcCTCGTCTTCCTGTTCATGTATCTGTTTTTGAAGAATTTCCGCTCCACAA‑TCATACCGACGATTGCCTTACCGGAGGTAATTCTCTGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTAGATTTCACAAACAACACTTTAACTa > 4:548654/1‑140 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt > 8:21429/1‑140 (MQ=255)
tCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTATTTGTAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCAGACGATTGACGTACCGGTGGTTATTATCGGGACGTTTGCGATCTTGACGGCGGTCGGTTTCACCATCAGCACGTTAAATATGtac > 1:329096/1‑138 (MQ=255)
tCGTCTTACTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGACCCGGTGGTTATTCTCGGGTCGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCTTCAACACGTTAACTaagatc > 8:876685/1‑135 (MQ=255)
gTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTCGTcggcg > 3:600380/1‑105 (MQ=255)
tttacTGGTCATGTATCTTTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCA‑AAATCATCCCGACGATTGACGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACTTTTTCGATCTTGTCGTCTGTCGGTTTCAAAATCAACAATTTAACTATGTTCGGGa < 4:481163/136‑1 (MQ=255)
ctgccTGGACATGTATCTGTTTTTGCTTAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCAGAATATTGCCTTACCGGGGGTTCTTCTCGGGACGTTTGCTATCTTGTCGGAGGTCGGGTTCACCATCAACACGTTAAATATGTTCGGGa < 8:645749/137‑1 (MQ=255)
ctaccTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 2:148697/137‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCTGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg > 5:851066/1‑138 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 5:563629/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 2:598534/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATACCGACGATTGCCGTACCTCTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 8:130638/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGAAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTTCGATCTTCTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 5:79518/138‑1 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGAggg > 6:209259/1‑138 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc < 2:540786/140‑1 (MQ=255)
aTGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTg > 6:102000/1‑138 (MQ=255)
aTGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCAACAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGc > 2:911767/1‑140 (MQ=255)
aTGTATCTGTTTTTGCAGAATTTACGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTGTGAGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGc > 8:789848/1‑140 (MQ=255)
gTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa < 4:812619/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCTCGCCACAA‑TCTTCCCGTCTAGTGCCGTACCGGTGGTGATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGGCGGGTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 8:407546/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGCTTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 1:76614/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 7:253109/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 1:456518/140‑1 (MQ=255)
aaTCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTTCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 4:64832/139‑1 (MQ=255)
tttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGtt > 4:153890/1‑140 (MQ=255)
tttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGAGCTTGTCGGCGGTCGGTTTCAACATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGATGGCGATAggg > 6:514040/1‑138 (MQ=255)
tttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCCTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCGAGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCACCACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTAc > 7:621766/1‑140 (MQ=255)
ttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACt > 1:127836/1‑140 (MQ=255)
gcCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGGGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAt < 2:296586/140‑1 (MQ=255)
|
AAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAT > NZ_CP022686/2408728‑2408994
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
