Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F2 I0 R1
|
117 |
5184.3 |
6857682 |
98.3% |
6741101 |
135.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,408,861 |
Δ1 bp |
100% |
pseudogene (1097/3115 nt) |
mdtF → |
multidrug efflux pump RND permease MdtF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,408,861 | 0 | T | . | 96.8%
| 787.0
/ 6.3
| 179 | pseudogene (1097/3115 nt) | mdtF | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base . (81/92); total (84/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408722‑2408996
|
aGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTAGTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCATCGTCTTCCTGGTCATGTATCTTTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAt > 5:765130/1‑140 (MQ=255)
gCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGGAGAATTTCCGCGCCACAAtc > 5:318883/1‑139 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 8:617311/138‑5 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 8:337149/138‑5 (MQ=255)
aCGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCcgac < 3:265262/140‑1 (MQ=255)
aCGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCcg < 8:441013/138‑1 (MQ=255)
gTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGCAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGGCATGTATCTGTTTATGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCcgacg < 1:367731/138‑1 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 3:644380/1‑140 (MQ=255)
tATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 7:159826/1‑138 (MQ=255)
tATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGAAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 1:288866/1‑138 (MQ=255)
tATCCTTACGACACCACACAGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt < 2:372866/138‑1 (MQ=255)
ccTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGAGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGcc > 2:757032/1‑138 (MQ=255)
tccGACACCACAACTTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGATTGCAAACCGCTGGTGGAGGCTATCATCCTCGGCTTCCTGGTCATGTAGCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCTACTATTGCCGTa < 8:793599/136‑1 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 4:535406/1‑140 (MQ=255)
aCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAc < 8:444798/138‑1 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGATATCATCCTCGTCTTCCTGGTAATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCTCCGATTGCCGTAcc > 1:223960/1‑138 (MQ=25)
accacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggt > 6:625522/1‑140 (MQ=255)
ccacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGtt < 3:279493/140‑1 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggt > 1:499738/1‑138 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggt > 1:705252/1‑138 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTa > 4:767910/1‑140 (MQ=255)
acaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAATTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTAACATCATCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGCCGAAAGCCGTACCTGTGGtt > 8:371682/1‑138 (MQ=255)
acaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGtt > 2:40947/1‑138 (MQ=255)
caccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGCCGATTGCCGTACCGGTGGttt > 8:444756/1‑137 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTTTTCAGGAAGTTTTCAAACCGCTGGGTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGGATCTGTTGTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg < 3:324383/140‑1 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGCCGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 4:693662/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 5:665660/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 3:854591/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 3:837452/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 3:80700/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTAAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGACTACCTGGTCATGTATCTGTTTTTGAAGAATTTCCTCGCCACAA‑TAATACCGACGATTCACGAACCGGTGGTTATTCTAgg > 5:340938/1‑140 (MQ=255)
ttATCAAAATTTCTCTTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCggg < 5:595078/140‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 7:510715/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGa < 3:157198/140‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTATCgg > 2:431186/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGAAGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 7:371428/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTAAAAGTTTTTGAAGAATTTCCGCCCCACAA‑TCATCCAGACCATTGCCATACCGTTGGTTATTCTCgg > 8:463148/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAAAGCTGGTTGCGTCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGAGCAACAA‑TCATCCAGACGATTGACGTACCGGTTGTTATtctctg > 8:425462/1‑136 (MQ=255)
aaaaTTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGtt > 3:411026/1‑140 (MQ=255)
tttCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCg < 3:569912/140‑1 (MQ=255)
tCTATTCATGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATGGCCGTCCCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCg > 7:592014/1‑138 (MQ=255)
tATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCCCAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTATCGGGACGTTTGCGATCt > 5:624016/1‑140 (MQ=255)
aGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGT‑GTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTgggcg > 2:639571/1‑138 (MQ=255)
gTTTTCAAACCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTCTCTGTGTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCGCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggt < 6:224040/140‑1 (MQ=255)
tttCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggtcg > 6:535529/1‑140 (MQ=255)
cAAAACGCTGGGTGAGGCTCTCATCCTCGTCTTCCGTGTCATGTATCTTGTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGtt < 6:421582/140‑1 (MQ=255)
aaaaCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGttt < 3:535406/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCa < 7:270823/138‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 5:24422/140‑1 (MQ=255)
tGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGAGCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAaca < 6:165494/140‑1 (MQ=255)
aGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACg < 4:400597/140‑1 (MQ=255)
aGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACg < 6:474540/140‑1 (MQ=255)
tcatcaTCGTCTTCCTGGTCATCTTTCTGTTTTTGCAGAATATCGTCGACA‑AATTCAACCAGTCGATTGCCTTACCGGTGGTTATTCTCTGGACGTTTTCGATCTTGTCGGCGGTCGTTTTCACCATCTACACGTTat < 8:21019/138‑2 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa > 4:475614/1‑130 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTAAACt > 4:564237/1‑140 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCAGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 1:94468/138‑1 (MQ=255)
atcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt > 2:70673/1‑138 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATg < 2:126524/138‑1 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTCGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt < 4:131963/140‑1 (MQ=255)
cGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGAAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCg > 4:847632/1‑140 (MQ=255)
gTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGtt > 2:325321/1‑128 (MQ=255)
gTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTc > 1:17157/1‑138 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTTCAGAATATCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACTCGTTAACTATGTTCGGGa < 6:713006/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCTGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 2:476302/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 1:453157/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 2:849661/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 2:223942/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 1:431186/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa > 5:804515/1‑140 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGGACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 8:337120/138‑1 (MQ=255)
tCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 1:726930/138‑1 (MQ=255)
cTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCTACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATg < 2:86262/138‑1 (MQ=255)
cTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCTACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATg < 2:82109/138‑1 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGt < 8:340876/138‑1 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc < 3:131619/140‑1 (MQ=255)
ggcATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACTA‑TCATCCCGTCGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCt < 6:835489/138‑1 (MQ=255)
gTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTg < 1:131855/138‑1 (MQ=255)
aTGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTAGGGATGGTGCTGGc > 6:395058/1‑140 (MQ=255)
aTGTATCTGTTTTTGCAGAATTTACGCGCCACAA‑TCATCACGACGATTGCCGTACAGGTTGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGATGTAGGTTTCAACATCAACAAGTTAACTAGGTTCTTGATGGTGATg > 2:540161/1‑138 (MQ=255)
gTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCTACTATTGCAGTACCGGTTGTTATTCTCGGGAAGTTTGCGCTCTTGTAGCCGTTCTGTTTAACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa > 6:504400/1‑140 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 1:374311/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 2:172972/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 3:63173/140‑1 (MQ=255)
aTCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa > 7:146269/1‑138 (MQ=255)
tCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 8:298949/103‑1 (MQ=255)
tCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt > 2:886014/1‑138 (MQ=255)
ttttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATAGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCTGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGt < 5:471865/139‑1 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtg > 7:679181/1‑50 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtg < 8:679181/50‑1 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGa > 7:15654/1‑72 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGa < 8:15654/72‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACt < 7:794620/138‑1 (MQ=255)
ttCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGAGGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGAt < 1:204766/138‑1 (MQ=255)
ttCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGAt < 1:652988/138‑1 (MQ=255)
ttCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGAt < 2:288866/138‑1 (MQ=255)
ttCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGa < 3:468169/140‑1 (MQ=255)
ccGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTGTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGa < 7:182080/138‑1 (MQ=255)
cgcgCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGTTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCTGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTTCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGc < 4:416561/140‑1 (MQ=255)
gcCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAt < 6:298938/140‑1 (MQ=255)
cacaA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCg < 3:318361/140‑1 (MQ=255)
|
AGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408722‑2408996
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
