Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,408,861 |
Δ1 bp |
100% |
pseudogene (1097/3115 nt) |
mdtF → |
multidrug efflux pump RND permease MdtF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,408,861 | 0 | T | . | 99.4%
| 866.2
/ ‑3.0
| 195 | pseudogene (1097/3115 nt) | mdtF | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (89/104); minor base C (1/0); total (90/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
AGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408722‑2408996
|
aGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAt < 3:309983/140‑1 (MQ=255)
tGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc > 5:745437/1‑136 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 7:453477/138‑5 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 7:280917/138‑5 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 7:108054/138‑5 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATccc > 4:431570/1‑140 (MQ=255)
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTATATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 7:1131/138‑5 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 2:92341/1‑140 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 2:220322/1‑140 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAt < 6:49109/139‑1 (MQ=255)
tATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGc < 1:92341/140‑1 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 1:108246/1‑140 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTGTCAAAACTCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc < 2:553656/140‑1 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTAAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTccc > 3:504248/1‑140 (MQ=255)
aCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCg > 3:917741/1‑140 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTAATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGCGGCTATCATCCTCTTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATACAGACGATAGCCGTAcc > 7:892834/1‑138 (MQ=255)
ccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTAtt < 7:30430/138‑1 (MQ=255)
ccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTAtt > 7:797087/1‑138 (MQ=255)
cGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc < 2:876476/110‑5 (MQ=255)
cGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATtctc > 1:958911/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGTTTATTCTCgg > 5:49688/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 5:929855/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 4:922577/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAGTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 1:902503/1‑140 (MQ=255)
ttATCTAAATATCTATTCATGAAGTTTTCAAAACTGTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTTCTGAATTTCCTCGCCACAA‑TGATCCCGACGATTTCAGTACCGGTGGTTATTCTCggg < 5:870510/140‑1 (MQ=255)
ttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCggg < 4:991571/140‑1 (MQ=255)
ttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCg < 7:751969/138‑1 (MQ=255)
tttctaaaTTTATCTTCAGGAAGTTTTCAAATCGCTGTTTGCGGCTATCATCCACGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCTGAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg < 8:903150/133‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGa < 5:678629/140‑1 (MQ=255)
tttCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGGGGTTATTCTCGGGACGTTTg < 7:715663/138‑1 (MQ=255)
tagatATTCAGGAAGGTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCCAGCATCCTCGTCTTCCTGGGCTTGTAGCGGTTTTTGCAGAATTGCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGCTTGCCGTCGCGGTGGTTTTTCTCGGGCCGGTTGCg < 4:976121/136‑1 (MQ=255)
tCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTAGCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGt < 4:100982/140‑1 (MQ=255)
ttCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggt < 1:372695/137‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCa < 4:876267/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGATGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGAGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 5:281341/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 1:742789/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 6:203905/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGATCTAATCCTCGTCTTCGTGGTCTTGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TGATGCCGACGATTGGCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACTTTTGGGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 6:955775/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 2:765958/140‑1 (MQ=255)
tGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAaca < 4:390720/140‑1 (MQ=255)
aGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTAGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACg < 5:255755/140‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAacac < 8:561164/138‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGt < 3:793442/140‑1 (MQ=255)
tATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGAGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 1:884101/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt > 5:542570/1‑140 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 6:658270/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGGTTCACCATCAACACGTTaa < 7:260974/138‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGGCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCACCACGTTaa < 7:176835/138‑1 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCATAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt < 5:487176/140‑1 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATg < 7:167602/138‑1 (MQ=255)
tCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTc > 2:345939/1‑140 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAAGTATGTTCgggt > 3:262628/1‑139 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 7:531985/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 2:985342/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 5:319510/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 6:465761/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCAACCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 8:1010411/138‑1 (MQ=255)
cTTCCGGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTTGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 8:424031/138‑1 (MQ=255)
attCCTGGTCATGTTTCTGTTTTTGCAGAATTTCCGGGCCACAA‑TCATACCGACGATTGCAGTACCGGTGGTTTTTCTGGGGAAGTTTGCTATCTTGTCGGCTGTCGGTTTCACCATCAACTGGTTAACTATGTTCGGGa < 1:1038899/139‑1 (MQ=255)
aatCCTGGGCATGTATCTGTTTTTGCTGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTTACTATGTTCgg < 7:820746/136‑1 (MQ=255)
ccTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATgg > 6:430189/1‑140 (MQ=255)
ccTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATgg > 4:713558/1‑140 (MQ=255)
ccTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTAGGGATgg > 1:779040/1‑140 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACAAGTTAAATATGTTCGGGATgg > 7:987485/1‑138 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCTGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGGTAACTATGTTCGGGATgg > 8:531287/1‑138 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc < 4:548885/140‑1 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTAGTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc > 2:639677/1‑140 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATGGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGTCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc < 2:471779/140‑1 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc < 2:431231/140‑1 (MQ=255)
tCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTg > 6:823603/1‑140 (MQ=255)
gTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa < 1:849416/140‑1 (MQ=255)
gTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa < 4:613176/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAGCGGTGGTTATTCTCTGTACTTTTTCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGGTGGTGCTGGCGAt < 5:229315/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCTGATTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt > 2:193485/1‑140 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 8:213196/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa < 1:359817/139‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 1:67625/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 1:219875/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 1:241922/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATATCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCTGGTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 6:322246/140‑1 (MQ=255)
tCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTACACCATCAACACGTTAACTATGTTAGGGATGGTGCTGGCGATAg > 2:294456/1‑140 (MQ=255)
cTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCAGGCGATAgg < 6:745437/140‑1 (MQ=255)
cTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTAGTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAgg > 1:970987/1‑140 (MQ=255)
tgattttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGAAGATTGCCGTACCGGTGCTTATTCTCTGGACGTTTGCGATCTACTCGTCGGTCCGATACACAAACAACACGTTAACTAGGATCGGGATGGTTCTGGCGATAgcg > 4:361323/4‑138 (MQ=255)
tGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAggg > 2:815743/1‑140 (MQ=255)
tGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGGGTTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGACGGGTTCACCATCAAAACGTTAACTATGTTCGGGATGTTGCTGGCGATAggg > 5:420426/1‑140 (MQ=255)
tGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCAC‑ACTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCCCCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAggg > 4:768430/1‑140 (MQ=255)
gTTTTTGCAGAATTTCCGCGACACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGt < 5:601566/140‑1 (MQ=255)
gTTTTGGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGGTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAgg < 7:579149/138‑1 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCTATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATTGTGCTGGCGATAGGGTTa < 3:99873/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTa > 2:362425/1‑140 (MQ=255)
tGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACtg < 3:1071784/140‑1 (MQ=255)
tGCAGAATTTCCGCGCCA‑AAATCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACtg < 2:1033347/140‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGAAGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACtgg < 1:424789/140‑1 (MQ=255)
aaattCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCAGTACCGGTGGTTATTCTCGGGTCGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGa < 4:241626/137‑1 (MQ=255)
aTTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGAt > 4:209772/1‑140 (MQ=255)
tttCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATg > 6:5589/1‑140 (MQ=255)
ccGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCGCGGGAAGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTTACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACg < 4:137502/140‑1 (MQ=255)
cgcgCCACAA‑TCATCCCGAGGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTTCTGGTGGATGAc < 8:700450/138‑1 (MQ=255)
cgcgCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGAc < 8:797087/138‑1 (MQ=255)
|
AGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408722‑2408996
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
