Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I0 R1
|
235 |
6960.4 |
9135780 |
98.4% |
8989607 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,408,861 |
Δ1 bp |
100% |
pseudogene (1097/3115 nt) |
mdtF → |
multidrug efflux pump RND permease MdtF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,408,861 | 0 | T | . | 96.7%
| 1046.2
/ 15.5
| 238 | pseudogene (1097/3115 nt) | mdtF | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); major base . (103/127); minor base A (1/2); total (107/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
AGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408722‑2408996
|
aGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAt < 6:714742/140‑1 (MQ=255)
aGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGAAACAACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGATGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGATCAAGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAt > 1:246558/1‑140 (MQ=255)
ccTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAAATTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGATATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATGTATCTGTATTTGCAGCATTTCCGCTCCACAAt > 3:177954/1‑138 (MQ=255)
aCGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCcgac < 1:1025151/140‑1 (MQ=255)
gtgtATCCTTACGAGACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAt < 2:627291/137‑1 (MQ=255)
gTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCATAATTTCTATTCTGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAt < 8:267346/140‑1 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 1:116215/1‑140 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 2:847423/1‑140 (MQ=255)
tCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCg < 6:621157/140‑1 (MQ=255)
tCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCg < 2:904477/140‑1 (MQ=255)
tACGACACCCCACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 7:497327/1‑140 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCAGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGGCATGTATCTGTTTTTGAAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 1:196720/1‑140 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATAAAGGAAGTTTTCAAAACTATGGTTGAGGCTAACATCCTCGGCTGACTGGTCATGTATCTGTTTTTGAAGTAGTTACTCGCCACACGAC‑TCCCGACTAGAGCCGTAcc > 8:148360/1‑140 (MQ=255)
aCGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGCTCATGTAAATGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCg > 6:209489/1‑140 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATTTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCgg < 7:178142/140‑1 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 4:3055/1‑138 (MQ=255)
gACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTATTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATAATCATCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTGTCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATACCGACCATTGCCGTACCg > 4:280247/1‑138 (MQ=21)
accacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtg < 4:1154895/138‑1 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggtga > 5:179092/1‑138 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTa < 5:922658/140‑1 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATATGTTTTTGCAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGGGGttt > 6:29650/1‑139 (MQ=255)
caccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGACGTACCGGTGGTTa > 4:1015448/1‑138 (MQ=255)
ccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAACCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCAGGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATtct < 8:284235/140‑1 (MQ=255)
ccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTAtt > 3:777523/1‑138 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTTTCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCTACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 1:532706/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCTCCACAA‑TCATCCCGCCCATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 1:463759/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATATCTATACAGGAAGGTTTCAAAACGCTGGATGAGGCTATCATCGTCTTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTTGAGAATTTCCGCTCCACAA‑TCATCCCCACGATTGCCTTACCGGGGGTTATtctctg > 7:346680/1‑138 (MQ=255)
ttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCggg > 6:219091/1‑140 (MQ=255)
ttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCggg < 7:1088154/140‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 4:387991/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGa < 6:950165/140‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCAC‑ATACATCCCGACGCTTGCCGTACCGGTGGTTATTATCgg > 3:204787/1‑138 (MQ=255)
aaTCAAAATATATATTAAGGAATGTTTATTATCGCTTGTTGATGCTATCATGCTAGTCTTACTTGTCATGTATCTGTTTTTGCTGAATATACGAGCGA‑AAATCATGCAGAAGATTGACGTACCTGTGGTTATTCTCGGGa < 6:650445/139‑1 (MQ=255)
cAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAACCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGAc > 4:1083303/1‑138 (MQ=255)
tttCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCg > 7:948514/1‑140 (MQ=255)
tCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGAt < 2:553274/140‑1 (MQ=255)
gAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGc > 5:281091/1‑98 (MQ=255)
aaGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTcggcg < 6:164890/140‑1 (MQ=255)
aaGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGGCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTcggcg < 1:427105/140‑1 (MQ=255)
aGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTcggc > 3:796510/1‑138 (MQ=255)
gTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggt < 2:669904/140‑1 (MQ=255)
tttCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCATCATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggtcg > 6:374300/1‑140 (MQ=255)
aataCGCTGGTAGAGGCTAGCATCATAGTCGTCCTGGTCATGGATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGGACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGAGCTTGTCGGCGGTCGGttt < 6:796833/137‑1 (MQ=255)
gCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCa < 1:580593/140‑1 (MQ=255)
cTGGTTTAGCCTATATTCCTCTGATTCCTGGTCATGTAGATGTTTTTGAATAATTGCCGGGCCACAA‑TATTCCCGAGGATTGCCGTACCGGTGGTTATTATGGGTACGTTTGTGATCTTGTGGTCGGCCGGTTTCAca < 4:803606/138‑2 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCCTCCTCGGCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 5:24269/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 6:59869/140‑1 (MQ=255)
tGGGTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 7:66843/140‑1 (MQ=255)
gTTGCGGCTATCATCCTCGTCTTCCTTGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 7:609934/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 1:336983/140‑1 (MQ=255)
ttcTATAATCATCTTCTTCCTTGTGATGTATCTGTATATGAATAATTTCAGCTACA‑AAATAATCACGTCTATTGCCTTACTTGTTGTTATTCTGTTGACGTTTGCGATCTTGTGGGAGGTGGGTTTCACCATCAACACGt < 8:648175/138‑1 (MQ=255)
cTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTa < 1:1112384/140‑1 (MQ=255)
tATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCTCAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGGCGGTTTCACCATCAACACGtt < 3:541831/138‑1 (MQ=255)
tATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 8:17879/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAGCGGTGGTTATTCTCGGGACGGTTGCGGTCTAGTCGGCGGTCGGTGTCCCCATCAACACGTTATCt > 7:831291/1‑140 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa > 8:880015/1‑130 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 6:424938/140‑1 (MQ=255)
ccaaccTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTCTTGCATAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 2:888012/136‑1 (MQ=255)
atcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTAt < 2:1094187/140‑1 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt > 2:692559/1‑140 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt < 5:735836/140‑1 (MQ=255)
cTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGAGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACAATGtt > 5:988369/1‑140 (MQ=255)
tCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt > 8:701503/1‑139 (MQ=255)
tCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGtt < 7:701503/139‑1 (MQ=255)
gTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg > 1:926572/1‑140 (MQ=255)
gTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGGTAACTATGTTCgg > 1:888216/1‑140 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 3:724995/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 3:218756/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 3:1068706/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 1:802904/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 7:399400/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 2:768885/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGGGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 2:349492/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGGCATGTATCTGTTTTTGCAGATTTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGGCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 4:72653/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTCGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGGACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACAATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 4:203307/138‑1 (MQ=255)
ccTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATACCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACCTTTGAGATCTTGTCGGCGCTAGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGATCGGGATgg > 2:1080299/1‑140 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTATCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGTTCGGTTTCACCATCAAAACGTTAACTATGTTCGGGATgg > 3:369505/1‑138 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGACACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACAGGGGGTTATTCTCGGGACGTTTTCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACTTTAACTATGTTCGGGATGGTg < 5:476019/140‑1 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 2:1170019/1‑60 (MQ=255)
ggTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTgg > 7:455437/1‑139 (MQ=255)
tCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc > 3:918541/1‑138 (MQ=255)
tGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg > 2:5328/1‑140 (MQ=255)
gTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGa < 8:805209/140‑1 (MQ=255)
tagcTGTATTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 1:148537/137‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 4:5376/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 4:660788/138‑1 (MQ=255)
tGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGTTCGGTTTCACCATCAACACGTTAAATATGTTCGGGATTGTGCTGGCGATAggg > 8:452247/1‑140 (MQ=255)
tGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAggg < 1:637209/140‑1 (MQ=255)
tttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAggg > 4:990202/1‑138 (MQ=255)
tttGCAGAATTTCCGCGCCCCAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGGTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTAc < 2:968798/140‑1 (MQ=255)
tttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa > 5:879004/1‑119 (MQ=255)
tGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACtg > 8:215495/1‑140 (MQ=255)
tGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGGTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGTATGGTGCTGGCGATAGGGTTACtg > 1:704911/1‑140 (MQ=255)
gCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 4:966970/127‑1 (MQ=255)
gCAGAAATTCCGCTCCACAA‑TCATCCAGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGCTAACTATGTTCGGGTTGGTGCTGGCGATAGGGTTACtgg < 8:516748/140‑1 (MQ=255)
aTTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGAt > 5:537156/1‑140 (MQ=255)
aTTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGAGATAGGGTGACTGTTGGAt > 6:957534/1‑140 (MQ=255)
cgcgCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGc < 8:1063307/140‑1 (MQ=255)
gcCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCATACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGACGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAt < 8:573551/140‑1 (MQ=255)
cacaA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCg < 2:7860/140‑1 (MQ=255)
|
AGCCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408722‑2408996
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
