Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,019 |
C→A |
23.6% |
V69L (GTA→TTA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,019 | 0 | C | A | 23.6%
| 345.0
/ 28.3
| 201 | V69L (GTA→TTA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/76); new base A (20/34); total (91/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
ATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234872‑235166
|
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAc < 2:1900568/148‑1 (MQ=255)
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt < 2:3427057/148‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATATTAATTAAAATTACATGa > 1:591421/1‑148 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGa < 2:1804416/148‑1 (MQ=255)
gtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGaa < 1:956678/148‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat < 1:2639584/148‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat < 2:1429468/148‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATATTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat < 2:3199160/148‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata < 1:1582691/148‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata < 1:2894981/148‑1 (MQ=255)
aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGTTTAAGAATTATTTTTTTTTCGTAATTAAAATTAAATGAATAttt > 1:2682622/1‑148 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTaa > 1:1269561/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTaaaa > 2:1647110/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaa < 1:2029190/148‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAAATAAAATTAAATTAAAATTTaaaaaag > 1:2751238/1‑146 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGaa > 1:3446218/1‑148 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 2:773315/148‑1 (MQ=255)
tAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTATTTAGAATGATTTTTTTTTAGTAATTAAAATTAAATGAAAATTTAAAAAAGaaaaa > 1:637929/1‑147 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACg > 2:2545102/1‑148 (MQ=255)
atggTGCTATTACGATAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTTACTACATTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGa < 2:2409595/146‑1 (MQ=255)
gTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAt > 2:3372293/1‑148 (MQ=255)
tATTACTATAGATATTAGTAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTTTTATGTCTGTGGCTAATTTGAATACATTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaaa < 2:2520977/148‑1 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAAAATTTAAAAATGAAAACGACAAGAAAc > 1:2259425/1‑148 (MQ=255)
aCGATAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGTTTTTATTATCTTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGa < 2:1103235/148‑1 (MQ=255)
cGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGAAAAGAAACCGaa > 1:1885645/1‑148 (MQ=255)
gATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAg < 2:832217/148‑1 (MQ=255)
gATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAg > 2:2301236/1‑148 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACCGAAGc > 2:3006407/1‑148 (MQ=255)
agatattatTAAAAATATATGTTTTTGCTTTATTGTTTTGTTTGTGGCTAAATTGACTACCTTGGTTTTTTTTATTAAGATTTTTTTTTTTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcac < 2:363106/145‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTTTGTGGCTAAATTGAATACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGcac < 2:2846468/148‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcac < 2:207300/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:589515/148‑1 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAAGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAGGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCCCAGAAACaa > 2:2683121/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAATGATTTTTTTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTTAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAAacaaca > 1:2224538/1‑148 (MQ=255)
aaaaTATAAGATTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAt < 2:1269561/148‑1 (MQ=255)
aaTATAAGTGTTAGCTTTTTTGTTATGTATGTGGCTAAATTTACTACCTTTTTTTTTTTTATAAATAATAATTTTATTATCTTAATTAAATTTAAATGAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtc < 1:1952890/148‑1 (MQ=255)
tataAGCTTTAGCTTTATTTTTTTTTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtctc < 2:2873839/148‑1 (MQ=255)
taAGAGTTCGGTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGAATACCTTGTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTTTTATCGTAATTAAAATTAAATTAATTTTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 1:102394/148‑1 (MQ=255)
taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAAATATTTTTTTTTAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGTAAACCACAATAAAACGCAACACACAAACAACAAtcaaca > 1:1357853/1‑144 (MQ=255)
agatTTAGGTGTATTTTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAACAATTTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:1459483/148‑1 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:298409/1‑148 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAATTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTATCCAATCATaa > 2:2623546/1‑148 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAAGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaaa > 2:2203406/1‑148 (MQ=255)
tATTTTAATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTAGTTTTCTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:1947965/148‑1 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATGTTAAGTAAAATTACTTGAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:2180988/148‑1 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGAACACAATCAACATTCTACAATAATAAAATAtt > 2:3111862/1‑148 (MQ=255)
tttGTTATGTCTGTGTATAAATTGACTAACTTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAATTAAATTTACATTATTATTTAAAATGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:3479377/147‑1 (MQ=255)
ggcTGTGGATAAATTCAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATATTAATAAAAATTAATTTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg < 1:1833909/146‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg < 2:3430918/148‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAACTAAAAATACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAAACAAAATTAACCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:3301436/1‑148 (MQ=255)
ggtgGCTAAATTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAt < 1:2532067/147‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATATTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 2:1544153/148‑1 (MQ=255)
tgccGAAATTGACTCCCTTCGTTTTTTTGATTAACAATGATTTTATTATCGTAACTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 2:719322/145‑1 (MQ=255)
tgataaaTTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTAAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtttt < 2:27023/144‑1 (MQ=255)
ctaaaTTGAATACCTTGGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:910202/146‑1 (MQ=255)
gAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 2:431927/148‑1 (MQ=255)
aaTTCACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATATTAACTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat < 1:1295594/148‑1 (MQ=255)
tcaCTACCTTCTTTTTTTTTATAAACAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:430410/146‑1 (MQ=255)
tGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTTTTATCTAAATAAAAATTACATTAATATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:1633974/148‑1 (MQ=255)
tttgtttttttttttTAATATTTATTTTTTTATCGTATTAAAATTTACATCAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATaga < 1:1342309/143‑1 (MQ=255)
cttcttTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATaga < 1:2618540/148‑1 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATCTCCAAAAAAAAAATATTTAAGTGGAGCATTTTATTATTGtatatata > 2:531217/1‑146 (MQ=255)
tCGTTTTTTTTATTAACAATTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTACATCAATATAAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:1646131/148‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTGATAAATAATTATTTTATTACCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:3503590/148‑1 (MQ=255)
ctttttttttATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTAAATGAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 1:2204705/146‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 1:854539/148‑1 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 2:1774440/1‑148 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:3000706/1‑148 (MQ=255)
ttttTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 2:1547093/148‑1 (MQ=255)
ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc > 2:1624823/1‑148 (MQ=255)
ttttATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt < 2:1199564/148‑1 (MQ=255)
tttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt < 2:1740785/148‑1 (MQ=255)
tttaTTAATAATTTTTTTTTTTTGTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAATTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc < 1:48497/145‑1 (MQ=255)
ttGATTAACAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc < 1:3167081/148‑1 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt > 2:1319447/1‑148 (MQ=255)
tAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:560050/1‑148 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaa > 1:3307956/1‑148 (MQ=255)
aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa > 2:2838086/1‑148 (MQ=255)
aatttttttATTATCTTAATTAAATTTACATGATTATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa < 1:1647110/143‑1 (MQ=255)
aaTTATCTTATTATCTTAATTAAAATTAATTTAATTTTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa < 1:1684360/148‑1 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:643374/1‑148 (MQ=255)
taTTTTATTATCTTATGTAAAATTAAATTAATATTAAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 1:804527/147‑1 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 1:1772369/1‑148 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 2:1727705/1‑148 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag > 1:1770586/1‑148 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 2:1764407/1‑148 (MQ=255)
attatCTTATTTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag < 1:1683157/148‑1 (MQ=255)
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ttACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:657106/1‑148 (MQ=255)
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ATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234872‑235166
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
