Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,019 |
C→A |
24.9% |
V69L (GTA→TTA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,019 | 0 | C | A | 24.9%
| 574.0
/ 49.3
| 323 | V69L (GTA→TTA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (119/111); new base A (48/45); total (167/156) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
ATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAA > CP009273/234872‑235165
|
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAAAGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAat > 1:2689192/1‑148 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAat > 1:2534216/1‑148 (MQ=255)
aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAatat > 2:2882142/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt > 2:60678/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 2:1144792/148‑1 (MQ=255)
aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAttt < 2:95501/148‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTaa > 2:1942632/1‑148 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaa < 1:1205862/148‑1 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaa > 2:1850030/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGAATATTTaaaa > 2:3076351/1‑148 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaaa < 2:775978/148‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:182238/148‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTATAATTATTTTATTATATTAAGTAAAAATAAAATAATAattaaaaattaaaaaa > 1:1681955/1‑146 (MQ=255)
gttgatATTACGATAGATTTTATTAAAAATATATGATTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTTTTATCGTAAGTAAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:436751/143‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAAAATTTAAAAATGAAAAAGaaa > 1:76122/1‑146 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:3047676/148‑1 (MQ=255)
atATTACGATATTTTTTTGTAAAAATATAAGTGTTTGCTTTATTTTTTTGTGTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAATTTACATTAATTTTTAAAAAGTAAAACGACATGaa < 2:708468/147‑1 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAAAGAAATGAAAACg > 2:2253757/1‑148 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGc > 2:84874/1‑148 (MQ=255)
tAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTTAAATTAAATGAATATTTAAAAAAGAAAACGACATGAAAACGAAGca > 1:239578/1‑148 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTTTTATAGTAAATAAAAATAAAAGAAAAATTAAAAAGGTAAACCAAAATAAAACCAAGcac > 1:2569581/1‑148 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGAAAAGAAAAAGAAGaac > 1:2021187/1‑148 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAACTAAAAATAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGcaca > 2:348358/1‑148 (MQ=255)
cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGAATcacaa > 2:15145/1‑147 (MQ=255)
attattAAAAATATAAGATTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAATTTGACTACGTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:932063/148‑1 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:2600598/1‑148 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTTAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAAAGACAATAAAAAGAAGCACACAAta > 1:1716685/1‑147 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGTAAACGACAAGAAAACGAAGCACAGAATCa > 1:889791/1‑148 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTTAAAATGAAAACGACATGAAAACCAATCACacaaacaaa > 1:3008556/1‑147 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATAAAc > 1:847557/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTTTATTAAATAAAATTAAAAGAAAATTTAAAAATGAAAACGACATTAAAAAGAAGCACAGAAacaaca > 1:1392856/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAAATATTTTTTTATAGTAAGTAAAAATACAAGAATATTTAAAAATGAAAAAAACAAGAAACCCAAGCACACaaaaaaaa > 1:681671/1‑142 (MQ=255)
atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACACAATCAACATtct > 1:2827502/1‑148 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATAGTAAATTAAAATACAAGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACaatatac > 1:2622419/1‑142 (MQ=255)
taACAGTTAGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTTTTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 2:369107/148‑1 (MQ=255)
cgagTTAGGTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTTACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:3774602/147‑1 (MQ=255)
gatttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTATGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc < 2:1390347/145‑1 (MQ=255)
gagTTAGGTGTTTGTTTTTGAGTGTGGAAAAATTCACAACATTCTTTTTTTTTATTAACAATTATTTAATTATCTTAATAAAATTTAAATAAATATTAAAAAACTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc < 1:3203675/148‑1 (MQ=255)
ttatatttATTTTTATGTCTGTGGAGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa < 2:2791336/141‑1 (MQ=255)
ttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGCAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCaaa > 1:2464854/1‑146 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACCACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTAACCAATCATaa > 2:513853/1‑148 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaaa > 2:2759054/1‑148 (MQ=255)
ttttttttGTATGTGGATATATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 2:2735778/141‑1 (MQ=255)
tttGTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACGTTCTTTTTTTTTTTTAAGAATTTTTTTATTATGTTATTTAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:3074146/147‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:1279490/1‑148 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:265595/148‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACCGAATCACACAATAAACAATCTACAATAATAAAATATTTCCGt > 1:2790992/1‑148 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:205736/1‑148 (MQ=255)
tttgGCGAAATTTACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAt < 2:3306843/146‑1 (MQ=255)
ttgGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAATTTACATTAATTTTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 2:1762132/147‑1 (MQ=255)
gtgGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTCATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:1285897/148‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAAATATTTTATTTTAGTTAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAAGAAAACGACAAGAAAACGAAGCACAAAAAAAACATTCTACAAAAAAAAAAAAATTAAGGGGAGCAtt > 1:3519365/1‑148 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt > 2:1568972/1‑148 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAAAAGAAGCACAGAAAAAAAATTATACAATAATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt > 2:3641340/1‑148 (MQ=255)
ttGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 1:1837685/148‑1 (MQ=255)
tGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAAGTTTTTATTATAGTAAGAAAAATTACAAGAAAATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCCAACCACAGAAACAACAATAACCAAACAAAAAAAATTTCCGTGGAGCATTTTattattta > 1:1895362/1‑146 (MQ=255)
gACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCAAAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa > 1:2202030/1‑148 (MQ=255)
aCTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAACAACATTCTCCAAACAAAAAAAATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:3398768/1‑148 (MQ=255)
aCTACATTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGAAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat < 2:3061471/148‑1 (MQ=255)
cattCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATag < 2:2534216/146‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 2:1891264/1‑148 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCAGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt > 2:2672647/1‑148 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:2928251/1‑148 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:2304687/1‑148 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 2:3264746/148‑1 (MQ=255)
tAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:3736097/1‑148 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:168683/1‑148 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:61764/1‑148 (MQ=255)
atttttttATTATCTTAATTAAAATAAAATTAATTTTAAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa < 1:400908/144‑1 (MQ=255)
tGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:2418665/1‑148 (MQ=255)
ttttttttTATCTTATTTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 1:348358/146‑1 (MQ=255)
taTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 2:1985862/147‑1 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 1:542048/1‑148 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 2:578921/148‑1 (MQ=255)
ttttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaaa > 1:1951500/1‑148 (MQ=255)
tttttatCTTAAGTAAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga < 2:490506/145‑1 (MQ=255)
ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga < 2:394100/148‑1 (MQ=255)
ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:1453779/1‑148 (MQ=255)
tattatCTTAATAAAAATTACATTAATATTTAAAAATTAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCAAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa < 2:3658826/148‑1 (MQ=255)
tatCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa < 2:1043647/148‑1 (MQ=255)
tatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa > 2:2517085/1‑148 (MQ=255)
atCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt < 2:35485/148‑1 (MQ=255)
atCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt > 2:683885/1‑148 (MQ=255)
tcttaattaaAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt < 1:2135787/145‑1 (MQ=255)
tCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt > 2:3177493/1‑148 (MQ=255)
tCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt > 2:1198739/1‑148 (MQ=255)
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ATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAA > CP009273/234872‑235165
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
