Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,019 |
C→A |
15.8% |
V69L (GTA→TTA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,019 | 0 | C | A | 15.8%
| 474.9
/ 15.1
| 217 | V69L (GTA→TTA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/65); new base A (23/20); total (132/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
TATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234871‑235166
|
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACa < 2:3730069/149‑1 (MQ=255)
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACa < 2:4065787/149‑1 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt > 2:2458351/1‑149 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt < 2:1348932/149‑1 (MQ=255)
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATg > 2:2160333/1‑149 (MQ=255)
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg > 2:3899055/1‑149 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGa > 1:4047475/1‑149 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGa > 1:277563/1‑149 (MQ=255)
gtgACAAAATGATATATTAACGGTGATATTAAGATAGATATTAGTTAAAATATTAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGATATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTTAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat < 1:3988923/149‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata < 2:1627804/149‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata > 1:298013/1‑149 (MQ=255)
gACCAAAGGAGCTACTAAAGGAGCTATTCCGAGAGCTATTAGTAAAAATATAAGCGTGAGCTGTATTGTTAGGTCTGTGGCGAAAGTGACTACCCTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAatat < 2:3115785/149‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAatat > 2:1846822/1‑149 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAATGAATATTTaa > 2:188119/1‑149 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAg < 2:798079/149‑1 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAg < 2:1075057/149‑1 (MQ=255)
tcTATTAAAGGTGATATTACTATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTATCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGa < 2:3918610/148‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGa > 2:148404/1‑149 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTAGTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:1590613/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACTATATCAATTAGTAAAAATATAAGATTTAGGTTTTTTGTTTTTTCTGTGGCGAAATTGACTCCTTTCTT‑TTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTTTCGTATTTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGa < 1:103289/149‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAc > 2:2402167/1‑149 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGAAATGaa > 1:3898495/1‑149 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGAAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACATTCTT‑TTTTTTGATTAACAATTATTTTATTATCGTAACTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAcc < 2:3559306/149‑1 (MQ=255)
aCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGaa > 2:3873285/1‑149 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACCGAAGca > 2:1796772/1‑149 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGca < 2:3406893/149‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACAAGAAACCGAAGca > 2:1299950/1‑149 (MQ=255)
tAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcac > 2:2291756/1‑149 (MQ=255)
tggttttAGAAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTATGTGGCTAAATTTAATACCTTCTT‑TTTTTTGATTAAGATTTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcaca < 2:3188148/144‑1 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAATGAAAACCACAAGAAAACGAAGCACAg > 1:1249005/1‑149 (MQ=255)
tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa > 2:693104/1‑149 (MQ=255)
attataaaaaaTATAAGATTTTGCTTTTTTTTTTTGTGTGTGGCTAATTTTACTACCTTCTT‑TTTTTTTATTAATATTTATTTTTTTATCTTAATTAAAATTAATTGATTTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt < 1:1997511/143‑1 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑GTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAAtaa > 1:3519543/1‑147 (MQ=255)
aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt > 2:2125705/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATcc > 2:2816984/1‑149 (MQ=255)
taaattgTTAGCTTTTTTGTTATGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCTT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 2:2502445/143‑1 (MQ=255)
aaGTGTTAGATTTATTGTTTTGTCTGTGGCGAATTGGACTACCTTCTT‑TTTTTTTATTAAGATTGTTTTTATTAGCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 2:1759594/149‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTCTCCAAt > 2:3153002/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTCTCCAAt > 2:123642/1‑149 (MQ=255)
gTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTTAGAAAGTTTTTATTTTAGTTAGTAAAATTAAAATAATATTTAAAAATGAAAAAGAAATTAAACCCAAGCACACAAACAAAATTATACaaaaaaa > 1:3799492/1‑144 (MQ=255)
ttcgCTTTATTGTTAGGTCGGGGGCTAAATTGACTACCTTCTT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa < 1:3728434/146‑1 (MQ=255)
gCTTTATTTTTTTTTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat < 2:2240484/149‑1 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat > 2:3348333/1‑149 (MQ=255)
cTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGGATGATTTTATTATCGTAAGTTAAATTAAATGAATAATTAAAAAACTAAACGAAATGAAACCGAATCACACAAAAAACATGCTACAATAATAAAata > 2:23267/1‑149 (MQ=255)
cTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAata > 2:3025492/1‑149 (MQ=255)
tGTTTTTTTATGTCTGTGTCTAAATTTACTACCTTGTT‑TTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTATTTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 2:2790505/149‑1 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAAAGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAAAGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAAAAAACAATATCCAAAAAAAAAataa > 1:3225273/1‑148 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:2000542/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATAAACAATCTCCAATCATAAAATAttta > 1:667267/1‑148 (MQ=255)
aTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTGTTTAGGAAT‑TTTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAATAATATTTAAAAATGAAAAAAACATAAAAACCAACCACACAAACAAAACTATCCAAACAAAAAAAAtttaactgga > 1:3099481/1‑142 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAg > 2:2835392/1‑149 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATAATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:3638644/1‑149 (MQ=255)
tgtgtgGCTAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCa < 1:3737703/147‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCTAAATTGGCTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCa < 2:274352/149‑1 (MQ=255)
tgtgGCGAATTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATATTGTTTTTTTTTTTTTAAGTAAAATTAATTTAATTTTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:1274968/149‑1 (MQ=255)
gtgGCTAATTTTACTCCCTTGTT‑TTTTTTTATTAAAAATTTTTTTATTATCTTAATAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:1088137/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGATCATTTtattat > 2:2928558/1‑149 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat > 2:2929715/1‑149 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat > 2:868772/1‑149 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAATGAATATTTTAAAATGAAAAAGACAATAAAACGAAGCACAGAATCAACAATATCCAATAATAAAATATTTCAGTTGAGCAATtttttttt > 2:1757292/1‑149 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTATTATTg > 2:3682363/1‑149 (MQ=255)
tttaCTACCTTGTT‑TTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:2163011/146‑1 (MQ=255)
gACTACCTTCGT‑TTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACAAGAAAACGAAGCACACAAACAACATTATACAAAAATAAAAAATATACGTGGAGCATTTTATTATTTAat > 2:48333/1‑149 (MQ=255)
cTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAatat < 2:680858/149‑1 (MQ=255)
cTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGTATATagag > 1:1889293/1‑149 (MQ=255)
t‑ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:3452376/1‑149 (MQ=255)
t‑ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:2789534/1‑149 (MQ=255)
tttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACAGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAAAATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATATAGGTTAAACta > 1:1574093/1‑148 (MQ=255)
tttaTTAATATTTATTTTATTATATTAATAAAAATAAAATGAATTTAAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTcc < 1:1796772/146‑1 (MQ=255)
tGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCg > 1:2513757/1‑149 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa > 1:1594670/1‑149 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa > 2:3373201/1‑149 (MQ=255)
ataaTGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa < 2:3949190/147‑1 (MQ=255)
aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:529498/1‑149 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:1055058/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 2:202352/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTCAAAAAc > 2:3314640/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 1:240176/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:2665386/1‑149 (MQ=255)
taTTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaa < 2:1249005/148‑1 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaa < 2:2709069/149‑1 (MQ=255)
aTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaaa > 1:1150449/1‑149 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:2626129/1‑149 (MQ=255)
ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 2:3740715/1‑149 (MQ=255)
attatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc < 1:332635/149‑1 (MQ=255)
attatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc > 1:2458362/1‑149 (MQ=255)
attatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc > 1:210543/1‑149 (MQ=255)
ttatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa > 2:3845471/1‑149 (MQ=255)
ttatgtaaATTTACTTGATTATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 1:2649521/145‑1 (MQ=255)
gtaagtaaATTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 1:2569903/149‑1 (MQ=255)
gtaagtaaAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGTTATAAATCCTGTAAAAAACAAAGAAGCAATGaa > 2:3478961/1‑149 (MQ=255)
taattaaAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAAt < 2:3728722/149‑1 (MQ=255)
attaaAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc < 1:908619/147‑1 (MQ=255)
ttaaAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCa < 2:680450/148‑1 (MQ=255)
taaAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAg > 1:851825/1‑149 (MQ=255)
aaaaTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAgg > 1:1727354/1‑149 (MQ=255)
aaaTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg > 2:2967403/1‑149 (MQ=255)
aaTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGa > 1:3675051/1‑149 (MQ=255)
aaTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGa > 2:1448388/1‑149 (MQ=255)
aCATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaaaaa > 2:351293/1‑149 (MQ=255)
|
TATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234871‑235166
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
