Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F60 I0 R1
|
465 |
320.4 |
10502068 |
95.5% |
10029474 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,019 |
C→A |
17.1% |
V69L (GTA→TTA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,019 | 0 | C | A | 17.1%
| 476.0
/ 16.4
| 208 | V69L (GTA→TTA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/70); new base A (16/29); total (109/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
TATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234871‑235166
|
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACa > 2:3456233/1‑149 (MQ=255)
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACa < 1:5197371/149‑1 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt < 1:2292591/149‑1 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAAtta > 2:941479/1‑147 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGa < 1:1100820/149‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGaa > 1:119828/1‑149 (MQ=255)
gtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat > 1:3035758/1‑149 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata > 2:4476443/1‑149 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATAAATGAata > 2:4476412/1‑149 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAatat < 1:2842381/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCAAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTaa > 1:516507/1‑149 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaaa > 2:404654/1‑149 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGa < 2:563721/149‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaaa < 2:1459966/149‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAc > 2:4174367/1‑149 (MQ=255)
aGGTGCTATTCCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:669718/149‑1 (MQ=255)
aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:1280751/149‑1 (MQ=255)
tGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACAAGa > 1:1976406/1‑149 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaa > 2:225336/1‑149 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGa > 2:3916059/1‑149 (MQ=255)
taTAGATATTATTAAAAATATAAGTGTTAGCTTTTTTGTTTTGTCTGTGGCGAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAATTAAATTTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGc < 1:4782698/148‑1 (MQ=255)
gATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGc > 2:4473591/1‑149 (MQ=255)
atatatATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGca < 2:2370435/144‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATTGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGca > 1:4735719/1‑149 (MQ=255)
tttatATTTGTAAAAATTTATTATTTTGCTTTTTTTTTTTGTCTGTGGCGAAATTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTATTATCTTAATTAAATTTACATTATTATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGcac < 2:495954/145‑1 (MQ=255)
agattttattaAAAATATAATTTTTTGGTTTTTTTTTTTGTATTTGGCGAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTTTCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGcaca < 1:3820169/144‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTTTTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcaca < 2:3351570/149‑1 (MQ=255)
tattatTAAAATTATAATTTTTTGGTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTGGTTTTTTTTTTTAATATTGATTTTATTATCTTATGTAAAATTACTTTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:3594025/149‑1 (MQ=255)
tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAAAGAAAACCACAAGAAAACCAAGCACACaa > 1:1384033/1‑149 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTTAATAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGaaacagaaaaacagaaa > 1:3661454/1‑148 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATTAAAACGAAGCACAGAATc > 1:4274979/1‑149 (MQ=255)
ttAAAAATATAAGTTTTTGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAATTTTACTACCTTGGTTTTTTTGATTAATAATTTTTTTATTATCTTATTTAAAATTACTTTATTATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc < 2:2251643/148‑1 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATACATGAAAAATTAAAAAGGAAAACCACATGAAACCGAAGCACACAaacaac > 2:4823827/1‑149 (MQ=255)
aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGTATATTTTAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAATCACAGACTCAACAtt > 2:889197/1‑149 (MQ=255)
aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAAATAATATTTTAAAAGGAAAACGAAATGAAAACGAAGCACAGAATAAACaat > 2:3509403/1‑147 (MQ=255)
tttaAGAGTTTGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc < 1:3849746/147‑1 (MQ=255)
tataATTGTTCGCTTTATTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc < 1:1654024/149‑1 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTTAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGTAAAAGACAAGTAACCGAAGCACAGAATAAACAATATCCa > 1:3262029/1‑149 (MQ=255)
tatttAGCTGTATTTTTTTGTGTGGGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATTTTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa < 2:2235167/146‑1 (MQ=255)
gttgttttgtttTGTGTGTGGCTAAATTGACTACGTTGGTTTTTTTGTTTATGTTTTATTTTATTTTGGTATGTAAATTTACTTTAATTTTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat < 1:158158/147‑1 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTCTCCAATCATAAAatat > 1:1223917/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTc > 2:2652540/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTTACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAATTTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:305260/149‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTGTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGc < 1:156421/149‑1 (MQ=255)
gTCGGTGGCTAATTTGAATACATTCTTTTTTTTGATAAAGATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGc < 1:182468/149‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGgcgcc > 2:3813366/1‑148 (MQ=255)
tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCa > 2:3813257/1‑149 (MQ=255)
tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAGGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAGCa > 2:2074425/1‑149 (MQ=255)
tgtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 2:4545776/149‑1 (MQ=255)
gtgGCTAATTTTACAACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:2131448/149‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt > 2:5188288/1‑149 (MQ=255)
gctaatttGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:5008060/143‑1 (MQ=255)
gctaaaTTGACTACCTTGTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTAATTTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:2385563/146‑1 (MQ=255)
gctaaaTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:1917363/146‑1 (MQ=255)
gCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCCTAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:4353864/149‑1 (MQ=255)
gAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatta < 1:3456233/149‑1 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:2470742/149‑1 (MQ=255)
aaTTGACTAAATTCGTTTTTTTGATTAATAATGATCTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:2985310/149‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATAACATTAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 1:1464425/149‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 2:3145106/149‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCCTCGTATTTTGGATTAAGAATGATTTTATTAACGTAAGTCAAATAACATGAATATTTAAAAAGGAAACCGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 2:3145047/149‑1 (MQ=255)
gACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGCAAACGACATGAAAACGAAGCACCGAATCAAACTTCTCCAATCATTAAATATTTACGTGGAGCATTTTATTTTTGAat > 2:1819775/1‑149 (MQ=255)
gACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCAAAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:2885421/1‑149 (MQ=255)
cTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTATCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAatat > 2:1694476/1‑149 (MQ=255)
tACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAAtata < 2:2294845/149‑1 (MQ=255)
ccTTCGTTTTTTTGTTTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATAATTAAAAATGAAAAAGACAAGAAACCCAAGCACACAAACAACAATCTACAAAAAAAAAAAAATTACGGGGAGCATTTTATAATTGAAaataaa > 2:1564230/1‑147 (MQ=255)
attCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 2:807957/148‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 2:243835/149‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg > 1:2995893/1‑149 (MQ=255)
tctttttttaCATAAACAATTATTTTATTAACTAAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACACTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:2733252/146‑1 (MQ=255)
ttttttttGTTTAAGAATTATTTTTTTATCGTAATTAAAATTAATATAATTTTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:4442369/148‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt > 2:2967857/1‑149 (MQ=255)
ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAGGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt > 2:4970261/1‑149 (MQ=255)
ttGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTcc < 1:4934572/149‑1 (MQ=255)
taaTGTTTTTTTTATAGTCAGTAATTTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATTAAACCTAAGCACATAATAAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTtaaaa < 1:416363/148‑1 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 2:5170624/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:4879797/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 1:4246018/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:297629/1‑149 (MQ=255)
ttattaTATTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa < 2:3661454/149‑1 (MQ=255)
tattatCGTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag < 2:1027242/149‑1 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag > 1:2638340/1‑149 (MQ=255)
tatCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt < 2:1976406/149‑1 (MQ=255)
tatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt > 2:1002175/1‑149 (MQ=255)
atCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAATTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt < 1:4540434/149‑1 (MQ=255)
atCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt > 1:1785207/1‑149 (MQ=255)
tCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTg > 2:2950761/1‑149 (MQ=255)
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TATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234871‑235166
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
