Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP009273 |
1,083,443 |
G→T |
100% |
S624* (TCG→TAG) |
pgaB ← |
poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine (PGA) N‑deacetylase outer membrane export lipoprotein |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP009273 | 1,083,443 | 0 | G | T | 98.8%
| 1044.7
/ 2.6
| 327 | S624* (TCG→TAG) | pgaB | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine (PGA) N‑deacetylase outer membrane export lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base T (155/168); total (156/171) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCC > CP009273/1083296‑1083589
|
tAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCtaa > 2:2007201/1‑150 (MQ=255)
aaTCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCtaag > 2:4547120/1‑150 (MQ=255)
ttCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGcc < 1:1211192/150‑1 (MQ=255)
cGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTg < 2:2081768/150‑1 (MQ=255)
gATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGAt < 2:1649010/150‑1 (MQ=255)
tACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGc > 1:4531471/1‑150 (MQ=255)
aCCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCt < 2:3703209/150‑1 (MQ=255)
aGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGAc > 1:666611/1‑150 (MQ=255)
gTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCAttt > 1:1750528/1‑150 (MQ=255)
gAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTc > 2:691614/1‑150 (MQ=255)
aaaaCTCAGGACTAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCt < 2:78742/150‑1 (MQ=255)
aaaCTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTg > 1:2502816/1‑150 (MQ=255)
cTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCa > 2:1845287/1‑150 (MQ=255)
aGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGtt > 2:4445712/1‑150 (MQ=255)
aGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGtt > 2:1285637/1‑150 (MQ=255)
aGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGtt > 1:621191/1‑150 (MQ=255)
ggACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGttt < 1:2153324/150‑1 (MQ=255)
ggACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGttt < 1:2105448/150‑1 (MQ=255)
ggACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGttt < 2:3448313/150‑1 (MQ=255)
gACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGtttt > 2:574449/1‑150 (MQ=255)
aCGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTtg < 1:3181313/150‑1 (MQ=255)
aaTAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTTTGCCAGTTTTGTGc > 2:3778410/1‑150 (MQ=255)
aTAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGcc < 2:2658486/150‑1 (MQ=255)
tAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCt < 1:4921211/150‑1 (MQ=255)
tAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCt < 2:1757970/150‑1 (MQ=255)
tAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCt < 2:669863/150‑1 (MQ=255)
aGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGt < 2:4167811/150‑1 (MQ=255)
ggTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTa < 1:3321063/150‑1 (MQ=255)
gTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTaa > 1:5326443/1‑150 (MQ=255)
gTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTaa < 1:1056023/150‑1 (MQ=255)
cTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCTGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTGTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAAtt < 1:2235659/150‑1 (MQ=255)
tATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTc < 2:2256031/150‑1 (MQ=255)
gttggttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAg < 2:5102852/150‑1 (MQ=255)
gttggttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAg < 1:5092834/150‑1 (MQ=255)
gttggttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGAGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAg > 1:3113833/1‑150 (MQ=255)
ttggttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGa < 1:1616009/150‑1 (MQ=255)
gttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGAttt < 2:3310118/150‑1 (MQ=255)
gttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGAttt < 2:104489/150‑1 (MQ=255)
ttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTg > 2:4905941/1‑150 (MQ=255)
ttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTg > 2:5054297/1‑150 (MQ=255)
tGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCt < 1:4854012/150‑1 (MQ=255)
tGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCt > 1:3645176/1‑150 (MQ=255)
gCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCtt < 1:4604935/150‑1 (MQ=255)
cAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCttt < 1:2620770/150‑1 (MQ=255)
cAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCttt < 2:2712130/150‑1 (MQ=255)
cAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCttt < 2:532109/150‑1 (MQ=255)
cAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCttt < 2:4380739/150‑1 (MQ=255)
aaGAAAATTGTCGTGATAATATCCATATTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCttt < 1:4087272/149‑1 (MQ=255)
gTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAgg < 1:967732/150‑1 (MQ=255)
tCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAggg < 1:2903258/150‑1 (MQ=255)
ggATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATg > 1:3722776/1‑150 (MQ=255)
ataataACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGtt < 1:2996351/150‑1 (MQ=255)
ataataACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGtt < 1:3534496/150‑1 (MQ=255)
taataaCCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGttt < 2:2013628/150‑1 (MQ=255)
taataaCCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGttt < 2:837345/150‑1 (MQ=255)
aataaCCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGtttt < 2:5242807/150‑1 (MQ=255)
ataaCCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGttttt < 2:1858963/150‑1 (MQ=255)
taaCCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTa > 2:3957001/1‑150 (MQ=255)
aaCCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTaa > 1:3334176/1‑150 (MQ=255)
ccATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAAGAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAAtt < 2:5042580/150‑1 (MQ=255)
cATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAAttt < 1:3833460/150‑1 (MQ=255)
gattttCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGAtt < 2:168175/148‑1 (MQ=255)
gTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGAtt > 2:3684846/1‑150 (MQ=255)
gTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGAtt < 1:884032/150‑1 (MQ=255)
ttCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTc > 1:5260055/1‑150 (MQ=255)
tCACTCCATTCAGTTGTAAAAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCAAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTATCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTTGTCa > 2:2925678/1‑150 (MQ=255)
aCTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAAt < 1:3077137/150‑1 (MQ=255)
aCTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAAt > 1:1193033/1‑150 (MQ=255)
cTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAAtt > 1:2269787/1‑150 (MQ=255)
cTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAAtt > 2:2144581/1‑150 (MQ=255)
tCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTg < 1:76905/150‑1 (MQ=255)
cATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTa < 1:1449716/150‑1 (MQ=255)
aTTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTAt < 1:4639104/150‑1 (MQ=255)
tCAGTTGTAATATGATCATCCATTGAGCGAGTTTTTGCTAAGAAATAGCCTTATGCTGACCAATTTTCTGCCATTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATATATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTa < 2:3126960/150‑1 (MQ=255)
aGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAAc > 1:5121883/1‑150 (MQ=255)
gTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGATATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTTATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAAcc < 1:3583171/150‑1 (MQ=255)
gTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAAGTTGATTGGTCAATTGTATTAAcc > 2:867690/1‑150 (MQ=255)
gTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt < 1:2039046/150‑1 (MQ=255)
gTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt < 1:5230250/150‑1 (MQ=255)
aaTAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTgg > 1:2745118/1‑150 (MQ=255)
aaTAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGAGGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTgg > 2:5288472/1‑150 (MQ=255)
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tAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTc > 2:1067282/1‑150 (MQ=255)
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AGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCA > SRR19973062.3799799/1‑150 (MQ=60)
AGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCA > SRR19973062.4345754/1‑150 (MQ=60)
CTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCC > SRR19973062.3345259/1‑150 (MQ=60)
CTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCC > SRR19973062.1145640/1‑150 (MQ=60)
CTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCC > SRR19973062.654820/1‑150 (MQ=60)
TCATACAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGATATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCG < SRR19973062.366068/150‑1 (MQ=60)
CATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGA > SRR19973062.5182738/1‑150 (MQ=60)
CATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGA > SRR19973062.4405645/1‑150 (MQ=60)
ATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGAT > SRR19973062.1819066/1‑150 (MQ=60)
CAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTT < SRR19973062.2050737/150‑1 (MQ=60)
AGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGGCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTT > SRR19973062.2261924/1‑150 (MQ=60)
TGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCT < SRR19973062.4326749/150‑1 (MQ=60)
TGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCT < SRR19973062.4294629/150‑1 (MQ=60)
TGAGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCT < SRR19973062.3929185/150‑1 (MQ=60)
AGCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGC > SRR19973062.4446888/1‑150 (MQ=60)
GCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCG < SRR19973062.1291536/150‑1 (MQ=60)
GCGAGTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCG < SRR19973062.1291318/150‑1 (MQ=60)
GTTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACAC > SRR19973062.4664182/1‑150 (MQ=60)
TTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACC < SRR19973062.3934410/150‑1 (MQ=60)
TTGTTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACC < SRR19973062.3934387/150‑1 (MQ=60)
TTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTC < SRR19973062.5081090/150‑1 (MQ=60)
TTGCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTC < SRR19973062.1245213/150‑1 (MQ=60)
GCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCA > SRR19973062.2391804/1‑150 (MQ=60)
GCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCA > SRR19973062.4352345/1‑150 (MQ=60)
GCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCA > SRR19973062.1678767/1‑150 (MQ=60)
GCTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCA < SRR19973062.921883/150‑1 (MQ=60)
CTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAG > SRR19973062.3173843/1‑150 (MQ=60)
CTAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAG > SRR19973062.3173863/1‑150 (MQ=60)
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ATTAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAG > CP009273/1083294‑1083591
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |