Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
76 |
110.5 |
2404748 |
96.5% |
2320581 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
512,643 |
A→G |
58.4% |
intergenic (+711/‑6052) |
recR → / → speA_2 |
Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 58.4%
| 138.8
/ 236.8
| 221 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/35); new base G (65/62); total (124/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > USA300TCH1516_ALE/512503‑512783
|
aGGTGTAATTATTAATGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGTta > 2:812260/1‑141 (MQ=255)
agtgtAATATTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa < 2:210355/140‑1 (MQ=255)
gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat < 1:114390/141‑1 (MQ=255)
gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa < 1:916262‑M1/28‑1 (MQ=255)
gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa > 2:908328‑M1/114‑141 (MQ=255)
aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 2:954101/1‑141 (MQ=255)
agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgatccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggtgaaaaaaaaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat < 2:791643‑M1/35‑1 (MQ=255)
gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtcgaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaacaataaactggacaagataaAAAACGTTATTAAATTAAATGCTGATAAAATGtata < 2:530611‑M1/36‑1 (MQ=255)
ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa < 1:106526‑M1/37‑1 (MQ=255)
aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTATTAAAATGTAtaa < 1:846430/141‑1 (MQ=255)
tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 1:954506/141‑1 (MQ=255)
tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 2:1163012/141‑1 (MQ=255)
ttaggggcgctggtagtcgaacttacgttctgctagaggagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGCTATTGCAATAATTGTTTATAAAATGTAtaattaa > 1:880683‑M1/101‑141 (MQ=255)
ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa > 2:1190889‑M1/101‑141 (MQ=255)
ggggcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc > 2:113849‑M1/98‑141 (MQ=255)
tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt < 1:966946/141‑1 (MQ=255)
gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtggaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt < 2:1029497‑M1/46‑1 (MQ=255)
gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTTTTGTc < 2:215299‑M1/49‑1 (MQ=255)
ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 2:518046/1‑141 (MQ=255)
ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAGTCGGTa > 2:131317/1‑141 (MQ=255)
ttGAAAGCCTGAATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACGAAACAACTCAACTTCAGAAGTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTATTCCTTGTCGGTa > 2:1174647/1‑141 (MQ=255)
gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 1:30977‑M1/53‑1 (MQ=255)
tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa < 1:560573‑M1/54‑1 (MQ=255)
tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa > 1:153292‑M1/88‑141 (MQ=255)
agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGtaaa < 2:319190‑M1/55‑2 (MQ=255)
agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:1021982‑M1/87‑141 (MQ=255)
agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:335761‑M1/87‑141 (MQ=255)
acttacgttcagctagaatacaacgttgccaagaagttatttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGAAAAAAAAAt > 2:852271‑M1/81‑141 (MQ=255)
acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 2:1072809‑M1/65‑1 (MQ=255)
acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAAGAAc < 2:471407‑M1/65‑1 (MQ=255)
acgatccgctagaataaaacgttgccaggcagttttttaaacaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc > 2:649693‑M1/77‑141 (MQ=255)
ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 2:370740‑M1/68‑1 (MQ=255)
gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:825973/1‑141 (MQ=255)
tatttatgTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg < 1:22502/141‑1 (MQ=255)
atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGa > 2:892534/1‑141 (MQ=255)
ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTgaaac < 1:1168126‑M1/73‑2 (MQ=255)
ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAAGTATAATTAATTTTTGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 2:496163‑M1/69‑141 (MQ=255)
atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 2:982977/141‑1 (MQ=255)
ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg < 2:724056/141‑1 (MQ=255)
tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 2:282185/1‑141 (MQ=255)
gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa < 1:68202‑M1/81‑1 (MQ=255)
gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa > 2:581203/1‑141 (MQ=255)
ttgccaggcagttttctcaacatattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata > 1:746064‑M1/56‑141 (MQ=255)
ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaagataaagaggaatagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt > 1:811557‑M1/53‑141 (MQ=255)
ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaaaaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt > 2:234147‑M1/53‑141 (MQ=255)
acaagaagtttattaataaaattttggtaaaaaaaaaaaaaggaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt > 1:541962‑M1/53‑141 (MQ=255)
aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc > 2:178784/1‑141 (MQ=255)
aaaacaaCTAAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAGTCGGTGAGAAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTc > 2:92041/1‑141 (MQ=255)
gcagttttttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACAGAATGACAATATGtcacc < 1:717904‑M1/93‑3 (MQ=255)
acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:177919/1‑141 (MQ=255)
acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 2:436275/1‑141 (MQ=255)
acaacTCAACGTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAACCGGGTATTGACTTAACTAAGATGAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:875621/1‑141 (MQ=255)
caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTACTCACTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg < 1:928662/141‑1 (MQ=39)
ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTGTAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa > 2:776792/1‑141 (MQ=255)
ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 1:1036084‑M1/43‑141 (MQ=255)
ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:443165‑M1/99‑1 (MQ=255)
caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 1:535281/1‑141 (MQ=255)
tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:211004/141‑1 (MQ=255)
tAAGAAATAACTTGAATTACCAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:37334/141‑1 (MQ=255)
atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:671718‑M1/38‑141 (MQ=255)
aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa > 1:964273‑M1/34‑141 (MQ=255)
aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa > 2:719110‑M1/34‑141 (MQ=255)
aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc > 1:481575/1‑141 (MQ=255)
tAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt < 2:1045600/141‑1 (MQ=255)
tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 1:392878‑M1/113‑1 (MQ=255)
ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt < 1:100822/141‑1 (MQ=255)
aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 2:637339‑M1/21‑141 (MQ=255)
aaaaaaaatggacaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACATAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGt > 2:59994‑M1/21‑141 (MQ=255)
aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGCAAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 2:248540/1‑141 (MQ=255)
aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa > 2:872612‑M1/16‑141 (MQ=255)
cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:991078/1‑141 (MQ=255)
aatggacaagataaAAGAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa < 1:595798‑M1/127‑1 (MQ=255)
atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc < 2:741314‑M1/128‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTacacact > 2:1079141/1‑140 (MQ=255)
attTTAAAACGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTAAAAACTGAATGATAATATGTGAAGGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa > 2:482703/1‑141 (MQ=25)
ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATACATTACAAACATAATGTAg > 2:546791/1‑141 (MQ=255)
ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:125365/141‑1 (MQ=255)
ttgaAAAAAGGTATTGACTGAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGAATGACAATATTTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg > 2:710383‑M1/5‑141 (MQ=255)
tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAGCGTTAATTCCAAAAGACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 1:574490/1‑141 (MQ=255)
tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt < 1:254830/141‑1 (MQ=255)
taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAACCGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 2:1132377‑M1/4‑141 (MQ=255)
aaaAAAAATTTATTGACTTAAATGTGGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 2:972628‑M1/4‑141 (MQ=255)
aaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAACTATAAGTTACAAAGATTATTTAGTAatt > 2:1000952/1‑141 (MQ=255)
aatgTTATTGACTAAAATGTTAATAAAATAGAAAATTAATTCTTGTCGCTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTa < 2:630533/138‑1 (MQ=18)
aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAATAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg < 1:624711/141‑1 (MQ=255)
aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACAGTATTTAGTATTTATg > 1:967016/1‑141 (MQ=255)
gTTATTGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAGCATTATTTAGTATTTCTGa > 1:85157/1‑141 (MQ=255)
ttATTGCCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGTACATTGAAAACTGTATGACAATCTGTCTTCGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAGGTTACAGACGTTTTTTAGTATTTATgtg > 2:393711/1‑139 (MQ=21)
aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt > 1:187357/1‑141 (MQ=255)
ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa < 2:160806/141‑1 (MQ=255)
ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa < 2:443165/141‑1 (MQ=255)
ttGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa > 2:851343/1‑141 (MQ=255)
tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa > 1:300877/1‑141 (MQ=255)
aaggTTGATAAAATTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca < 2:125091/138‑1 (MQ=255)
tGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcacc > 2:678020/1‑139 (MQ=255)
tGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATCGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc < 1:895832/141‑1 (MQ=255)
agTTAAAAAAATTTATAATTAATTGTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc < 2:148323/140‑1 (MQ=255)
ttAATAAGATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTGATCAAAcatcat > 2:140769/1‑141 (MQ=255)
ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 1:676082/141‑1 (MQ=255)
aatacAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATaa > 1:814579/1‑141 (MQ=255)
|
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > USA300TCH1516_ALE/512503‑512783
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
